javadoc and constraint to ensure annotation labels are not wider than alignment frame
authorjprocter <Jim Procter>
Mon, 30 Jun 2008 10:49:49 +0000 (10:49 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Mon, 30 Jun 2008 10:49:49 +0000 (10:49 +0000)
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
src/jalview/gui/IdPanel.java

index 326ac07..95b4220 100755 (executable)
@@ -154,9 +154,9 @@ public class AlignmentPanel
   }
 
   /**
-   * DOCUMENT ME!
+   * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names and any bounds on label width set in preferences.
    *
-   * @return DOCUMENT ME!
+   * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel that should be used.
    */
   public Dimension calculateIdWidth()
   {
@@ -166,7 +166,8 @@ public class AlignmentPanel
         new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));
 
     AlignmentI al = av.getAlignment();
-
+    int afwidth = (alignFrame!=null ? alignFrame.getWidth() : 300); 
+    int maxwidth = Math.max(20,Math.min(afwidth-200,(int) 2*afwidth/3));  
     int i = 0;
     int idWidth = 0;
     String id;
@@ -205,7 +206,7 @@ public class AlignmentPanel
       }
     }
 
-    return new Dimension(idWidth, 12);
+    return new Dimension(Math.min(maxwidth, idWidth), 12);
   }
 
   /**
index b9366ae..d4e7c77 100755 (executable)
-/*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
- * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- *\r
- * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
- * of the License, or (at your option) any later version.\r
- *\r
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
- * GNU General Public License for more details.\r
- *\r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
- * along with this program; if not, write to the Free Software\r
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
- */\r
-package jalview.gui;\r
-\r
-import java.awt.*;\r
-import java.awt.event.*;\r
-import javax.swing.*;\r
-\r
-import jalview.datamodel.*;\r
-\r
-/**\r
- * DOCUMENT ME!\r
- *\r
- * @author $author$\r
- * @version $Revision$\r
- */\r
-public class IdPanel\r
-    extends JPanel implements MouseListener,\r
-    MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
-{\r
-  protected IdCanvas idCanvas;\r
-  protected AlignViewport av;\r
-  protected AlignmentPanel alignPanel;\r
-  ScrollThread scrollThread = null;\r
-  int offy;\r
-  int width;\r
-  int lastid = -1;\r
-  boolean mouseDragging = false;\r
-\r
-  /**\r
-   * Creates a new IdPanel object.\r
-   *\r
-   * @param av DOCUMENT ME!\r
-   * @param parent DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
-  {\r
-    this.av = av;\r
-    alignPanel = parent;\r
-    idCanvas = new IdCanvas(av);\r
-    setLayout(new BorderLayout());\r
-    add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
-    addMouseListener(this);\r
-    addMouseMotionListener(this);\r
-    addMouseWheelListener(this);\r
-    ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param e DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
-  {\r
-    int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));\r
-    String tmp;\r
-    if (seq > -1 && seq < av.alignment.getHeight())\r
-    {\r
-      SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(seq);\r
-      StringBuffer tip = new StringBuffer();\r
-      tip.append("<i>");\r
-\r
-      int maxWidth = 0;\r
-      if (sequence.getDescription() != null)\r
-      {\r
-        tmp = sequence.getDescription();\r
-        tip.append("<br>"+tmp);\r
-        maxWidth = Math.max(maxWidth, tmp.length());\r
-      }\r
-\r
-      DBRefEntry[] dbrefs = sequence.getDatasetSequence().getDBRef();\r
-      if (dbrefs != null)\r
-      {\r
-        for (int i = 0; i < dbrefs.length; i++)\r
-        {\r
-          tip.append("<br>");\r
-          tmp = dbrefs[i].getSource() + " " + dbrefs[i].getAccessionId();\r
-          tip.append(tmp);\r
-          maxWidth = Math.max(maxWidth, tmp.length());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-\r
-      //ADD NON POSITIONAL SEQUENCE INFO\r
-      SequenceFeature[] features = sequence.getDatasetSequence().\r
-          getSequenceFeatures();\r
-      if (features != null)\r
-      {\r
-        for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
-        {\r
-          if (features[i].begin == 0 && features[i].end == 0)\r
-          {\r
-            tmp = features[i].featureGroup\r
-                       + " " + features[i].getType() + " " +\r
-                       features[i].description;\r
-            tip.append("<br>" + tmp);\r
-            maxWidth = Math.max(maxWidth, tmp.length());\r
-          }\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      if(maxWidth > 60)\r
-      {\r
-         tip.insert(0, "<table width=350 border=0><tr><td><i>");\r
-         tip.append("</i></td></tr></table>");\r
-      }\r
-\r
-      tip.append("</html>");\r
-\r
-      setToolTipText("<html>"+sequence.getDisplayId(true)+tip.toString());\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param e DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
-  {\r
-    mouseDragging = true;\r
-\r
-    int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));\r
-\r
-    if (seq < lastid)\r
-    {\r
-      selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
-    }\r
-    else if (seq > lastid)\r
-    {\r
-      selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
-    }\r
-\r
-    lastid = seq;\r
-    alignPanel.paintAlignment(true);\r
-  }\r
-\r
-  public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
-  {\r
-    e.consume();\r
-      if (e.getWheelRotation() > 0)\r
-      {\r
-        alignPanel.scrollUp(false);\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        alignPanel.scrollUp(true);\r
-      }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param e DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
-  {\r
-    if (e.getClickCount() < 2)\r
-    {\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    java.util.Vector links = Preferences.sequenceURLLinks;\r
-    if (links == null || links.size() < 1)\r
-    {\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
-\r
-    //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
-\r
-    String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
-    if (id.indexOf("|") > -1)\r
-    {\r
-      id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
-    }\r
-\r
-    String url = links.elementAt(0).toString();\r
-    url = url.substring(url.indexOf("|") + 1);\r
-\r
-    int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
-    url = url.substring(0, index) + id + url.substring(index + 13);\r
-\r
-    try\r
-    {\r
-      jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);\r
-    }\r
-    catch (Exception ex)\r
-    {\r
-      JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
-                                            "Unixers: Couldn't find default web browser."\r
-                                            +\r
-          "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",\r
-                                            "Web browser not found",\r
-                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
-      ex.printStackTrace();\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param e DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
-  {\r
-    if (scrollThread != null)\r
-    {\r
-      scrollThread.running = false;\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param e DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mouseExited(MouseEvent e)\r
-  {\r
-    if (av.getWrapAlignment())\r
-    {\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))\r
-    {\r
-      scrollThread = new ScrollThread(true);\r
-    }\r
-\r
-    if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight()) &&\r
-        (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
-    {\r
-      scrollThread = new ScrollThread(false);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param e DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mousePressed(MouseEvent e)\r
-  {\r
-    if (e.getClickCount() == 2)\r
-    {\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
-\r
-    if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
-    {\r
-      jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
-          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq),\r
-          Preferences.sequenceURLLinks);\r
-      pop.show(this, e.getX(), e.getY());\r
-\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    if ( (av.getSelectionGroup() == null) ||\r
-        ( (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))\r
-    {\r
-      av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
-      av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
-      av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
-    }\r
-\r
-    if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))\r
-    {\r
-      selectSeqs(lastid, seq);\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      selectSeq(seq);\r
-    }\r
-\r
-    alignPanel.paintAlignment(true);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param seq DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  void selectSeq(int seq)\r
-  {\r
-    lastid = seq;\r
-\r
-    SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
-    av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param start DOCUMENT ME!\r
-   * @param end DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  void selectSeqs(int start, int end)\r
-  {\r
-    if (av.getSelectionGroup() == null)\r
-    {\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    if (end >= av.getAlignment().getHeight())\r
-    {\r
-      end = av.getAlignment().getHeight() - 1;\r
-    }\r
-\r
-    lastid = start;\r
-\r
-    if (end < start)\r
-    {\r
-      int tmp = start;\r
-      start = end;\r
-      end = tmp;\r
-      lastid = end;\r
-    }\r
-\r
-    for (int i = start; i <= end; i++)\r
-    {\r
-      av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i),\r
-                                         true);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param e DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
-  {\r
-    if (scrollThread != null)\r
-    {\r
-      scrollThread.running = false;\r
-    }\r
-\r
-    mouseDragging = false;\r
-    PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param found DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
-  {\r
-    idCanvas.setHighlighted(found);\r
-\r
-    if (found == null)\r
-    {\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.get(0));\r
-\r
-    // do we need to scroll the panel?\r
-    if ( (av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))\r
-    {\r
-      alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
-  class ScrollThread\r
-      extends Thread\r
-  {\r
-    boolean running = false;\r
-    boolean up = true;\r
-\r
-    public ScrollThread(boolean up)\r
-    {\r
-      this.up = up;\r
-      start();\r
-    }\r
-\r
-    public void stopScrolling()\r
-    {\r
-      running = false;\r
-    }\r
-\r
-    public void run()\r
-    {\r
-      running = true;\r
-\r
-      while (running)\r
-      {\r
-        if (alignPanel.scrollUp(up))\r
-        {\r
-          // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
-          int seq = av.getStartSeq();\r
-\r
-          if (!up)\r
-          {\r
-            seq = av.getEndSeq();\r
-          }\r
-\r
-          if (seq < lastid)\r
-          {\r
-            selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
-          }\r
-          else if (seq > lastid)\r
-          {\r
-            selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
-          }\r
-\r
-          lastid = seq;\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          running = false;\r
-        }\r
-\r
-        alignPanel.paintAlignment(false);\r
-\r
-        try\r
-        {\r
-          Thread.sleep(100);\r
-        }\r
-        catch (Exception ex)\r
-        {\r
-        }\r
-      }\r
-    }\r
-  }\r
-}\r
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
+ * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ *
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ */
+package jalview.gui;
+
+import java.awt.*;
+import java.awt.event.*;
+import javax.swing.*;
+
+import jalview.datamodel.*;
+
+/**
+ * DOCUMENT ME!
+ *
+ * @author $author$
+ * @version $Revision$
+ */
+public class IdPanel
+    extends JPanel implements MouseListener,
+    MouseMotionListener, MouseWheelListener
+{
+  protected IdCanvas idCanvas;
+  protected AlignViewport av;
+  protected AlignmentPanel alignPanel;
+  ScrollThread scrollThread = null;
+  int offy;
+  // int width;
+  int lastid = -1;
+  boolean mouseDragging = false;
+
+  /**
+   * Creates a new IdPanel object.
+   *
+   * @param av DOCUMENT ME!
+   * @param parent DOCUMENT ME!
+   */
+  public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
+  {
+    this.av = av;
+    alignPanel = parent;
+    idCanvas = new IdCanvas(av);
+    setLayout(new BorderLayout());
+    add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);
+    addMouseListener(this);
+    addMouseMotionListener(this);
+    addMouseWheelListener(this);
+    ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param e DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mouseMoved(MouseEvent e)
+  {
+    int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
+    String tmp;
+    if (seq > -1 && seq < av.alignment.getHeight())
+    {
+      SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(seq);
+      StringBuffer tip = new StringBuffer();
+      tip.append("<i>");
+
+      int maxWidth = 0;
+      if (sequence.getDescription() != null)
+      {
+        tmp = sequence.getDescription();
+        tip.append("<br>"+tmp);
+        maxWidth = Math.max(maxWidth, tmp.length());
+      }
+
+      DBRefEntry[] dbrefs = sequence.getDatasetSequence().getDBRef();
+      if (dbrefs != null)
+      {
+        for (int i = 0; i < dbrefs.length; i++)
+        {
+          tip.append("<br>");
+          tmp = dbrefs[i].getSource() + " " + dbrefs[i].getAccessionId();
+          tip.append(tmp);
+          maxWidth = Math.max(maxWidth, tmp.length());
+        }
+      }
+
+
+      //ADD NON POSITIONAL SEQUENCE INFO
+      SequenceFeature[] features = sequence.getDatasetSequence().
+          getSequenceFeatures();
+      if (features != null)
+      {
+        for (int i = 0; i < features.length; i++)
+        {
+          if (features[i].begin == 0 && features[i].end == 0)
+          {
+            tmp = features[i].featureGroup
+                       + " " + features[i].getType() + " " +
+                       features[i].description;
+            tip.append("<br>" + tmp);
+            maxWidth = Math.max(maxWidth, tmp.length());
+          }
+        }
+      }
+
+      if(maxWidth > 60)
+      {
+         tip.insert(0, "<table width=350 border=0><tr><td><i>");
+         tip.append("</i></td></tr></table>");
+      }
+
+      tip.append("</html>");
+
+      setToolTipText("<html>"+sequence.getDisplayId(true)+tip.toString());
+    }
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param e DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mouseDragged(MouseEvent e)
+  {
+    mouseDragging = true;
+
+    int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
+
+    if (seq < lastid)
+    {
+      selectSeqs(lastid - 1, seq);
+    }
+    else if (seq > lastid)
+    {
+      selectSeqs(lastid + 1, seq);
+    }
+
+    lastid = seq;
+    alignPanel.paintAlignment(true);
+  }
+
+  public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
+  {
+    e.consume();
+      if (e.getWheelRotation() > 0)
+      {
+        alignPanel.scrollUp(false);
+      }
+      else
+      {
+        alignPanel.scrollUp(true);
+      }
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param e DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mouseClicked(MouseEvent e)
+  {
+    if (e.getClickCount() < 2)
+    {
+      return;
+    }
+
+    java.util.Vector links = Preferences.sequenceURLLinks;
+    if (links == null || links.size() < 1)
+    {
+      return;
+    }
+
+    int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
+
+    //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
+
+    String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();
+    if (id.indexOf("|") > -1)
+    {
+      id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);
+    }
+
+    String url = links.elementAt(0).toString();
+    url = url.substring(url.indexOf("|") + 1);
+
+    int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");
+    url = url.substring(0, index) + id + url.substring(index + 13);
+
+    try
+    {
+      jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
+    }
+    catch (Exception ex)
+    {
+      JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
+                                            "Unixers: Couldn't find default web browser."
+                                            +
+          "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",
+                                            "Web browser not found",
+                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+      ex.printStackTrace();
+    }
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param e DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mouseEntered(MouseEvent e)
+  {
+    if (scrollThread != null)
+    {
+      scrollThread.running = false;
+    }
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param e DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mouseExited(MouseEvent e)
+  {
+    if (av.getWrapAlignment())
+    {
+      return;
+    }
+
+    if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
+    {
+      scrollThread = new ScrollThread(true);
+    }
+
+    if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight()) &&
+        (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))
+    {
+      scrollThread = new ScrollThread(false);
+    }
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param e DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mousePressed(MouseEvent e)
+  {
+    if (e.getClickCount() == 2)
+    {
+      return;
+    }
+
+    int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
+
+    if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
+    {
+      jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,
+          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq),
+          Preferences.sequenceURLLinks);
+      pop.show(this, e.getX(), e.getY());
+
+      return;
+    }
+
+    if ( (av.getSelectionGroup() == null) ||
+        ( (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))
+    {
+      av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
+      av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
+      av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);
+    }
+
+    if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))
+    {
+      selectSeqs(lastid, seq);
+    }
+    else
+    {
+      selectSeq(seq);
+    }
+
+    alignPanel.paintAlignment(true);
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param seq DOCUMENT ME!
+   */
+  void selectSeq(int seq)
+  {
+    lastid = seq;
+
+    SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
+    av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param start DOCUMENT ME!
+   * @param end DOCUMENT ME!
+   */
+  void selectSeqs(int start, int end)
+  {
+    if (av.getSelectionGroup() == null)
+    {
+      return;
+    }
+
+    if (end >= av.getAlignment().getHeight())
+    {
+      end = av.getAlignment().getHeight() - 1;
+    }
+
+    lastid = start;
+
+    if (end < start)
+    {
+      int tmp = start;
+      start = end;
+      end = tmp;
+      lastid = end;
+    }
+
+    for (int i = start; i <= end; i++)
+    {
+      av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i),
+                                         true);
+    }
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param e DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mouseReleased(MouseEvent e)
+  {
+    if (scrollThread != null)
+    {
+      scrollThread.running = false;
+    }
+
+    mouseDragging = false;
+    PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param found DOCUMENT ME!
+   */
+  public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)
+  {
+    idCanvas.setHighlighted(found);
+
+    if (found == null)
+    {
+      return;
+    }
+
+    int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.get(0));
+
+    // do we need to scroll the panel?
+    if ( (av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))
+    {
+      alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);
+    }
+  }
+
+  // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
+  class ScrollThread
+      extends Thread
+  {
+    boolean running = false;
+    boolean up = true;
+
+    public ScrollThread(boolean up)
+    {
+      this.up = up;
+      start();
+    }
+
+    public void stopScrolling()
+    {
+      running = false;
+    }
+
+    public void run()
+    {
+      running = true;
+
+      while (running)
+      {
+        if (alignPanel.scrollUp(up))
+        {
+          // scroll was ok, so add new sequence to selection
+          int seq = av.getStartSeq();
+
+          if (!up)
+          {
+            seq = av.getEndSeq();
+          }
+
+          if (seq < lastid)
+          {
+            selectSeqs(lastid - 1, seq);
+          }
+          else if (seq > lastid)
+          {
+            selectSeqs(lastid + 1, seq);
+          }
+
+          lastid = seq;
+        }
+        else
+        {
+          running = false;
+        }
+
+        alignPanel.paintAlignment(false);
+
+        try
+        {
+          Thread.sleep(100);
+        }
+        catch (Exception ex)
+        {
+        }
+      }
+    }
+  }
+}