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authorcmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Fri, 29 Jun 2012 19:40:11 +0000 (19:40 +0000)
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index cf2ec2f..aeadf5d 100644 (file)
@@ -32,7 +32,7 @@ Must be in phyloXML format unless option -q is used.
 Besides the main output of a gene tree with duplications and speciations assigned to all of its internal nodes, this program also produces the following:
   * a log file, ending in `"_gsdi_log.txt"`
   * a species tree file which only contains external nodes with were needed for the reconciliation, ending in `"_species_tree_used.xml"`
-  * if the gene tree contains species with scientific species names such as "Pyrococcus horikoshii strain ATCC 700860" and if a mapping cannot be establish bases on these, GSDI will attempt to map by removing the "strain" (or "subspecies") information, these will be listed in a file ending in `"_gsdi_remapped.txt"`.
+  * if the gene tree contains species with scientific species names such as "Pyrococcus horikoshii strain ATCC 700860" and if a mapping cannot be establish based on these, GSDI will attempt to map by removing the "strain" (or "subspecies") information, these will be listed in a file ending in `"_gsdi_remapped.txt"`.
 
 === Example ===
 `gsdi -g -q gene_tree.xml tree_of_life.nwk out.xml`