JAL-629 slight tidy up
authorBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Thu, 2 Mar 2023 23:02:27 +0000 (23:02 +0000)
committerBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Thu, 2 Mar 2023 23:02:27 +0000 (23:02 +0000)
src/jalview/ws/dbsources/EBIAlfaFold.java

index 8609046..8592bd3 100644 (file)
@@ -154,20 +154,12 @@ public class EBIAlfaFold extends EbiFileRetrievedProxy
   @Override
   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
   {
-    // used by the SequenceFetcher. Put forSequencesOnly to true (don't open
-    // structure viewer later)
-    return getSequenceRecords(queries, null, true);
+    return getSequenceRecords(queries, null);
   }
 
   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries, String retrievalUrl)
           throws Exception
   {
-    return getSequenceRecords(queries, retrievalUrl, false);
-  }
-
-  public AlignmentI getSequenceRecords(String queries, String retrievalUrl,
-          boolean forSequencesOnly) throws Exception
-  {
     AlignmentI pdbAlignment = null;
     String chain = null;
     String id = null;
@@ -226,8 +218,6 @@ public class EBIAlfaFold extends EbiFileRetrievedProxy
       stopQuery();
       throw (ex);
     }
-    // distinguish between AlphaFold cif/pdb opened as structure file or fetched
-    // as sequence/alignment
     return pdbAlignment;
   }