JAL-1177 allow jalview alignments to be saved that have no alignment views, to suppor...
authorJim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
Fri, 25 Apr 2014 13:20:42 +0000 (14:20 +0100)
committerJim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
Fri, 25 Apr 2014 13:20:42 +0000 (14:20 +0100)
88 files changed:
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src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
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src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java

index 5631def..eb10ae1 100755 (executable)
@@ -27,7 +27,7 @@
                        <xs:element name="version" type="xs:string" />
                        <xs:element name="vamsasModel" type="vamsas:VAMSAS" />
                        <xs:sequence>
-                               <xs:element name="JSeq" maxOccurs="unbounded">
+                               <xs:element name="JSeq" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
                                        <xs:complexType>
                                                <xs:sequence>
                                                        <xs:element name="features"
                                                </xs:attribute>
                                        </xs:complexType>
                                </xs:element>
-                               <xs:element name="Viewport" maxOccurs="unbounded">
+                               <xs:element name="Viewport" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
                                        <xs:complexType>
                                                <xs:sequence>
                                                        <xs:element name="AnnotationColours"
index af45e9d..f307b15 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-#Thu Oct 17 10:35:33 BST 2013
+#Fri Apr 25 13:56:18 BST 2014
 jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine=jalview.schemabinding.version2.descriptors.ThresholdLineDescriptor
 jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties=jalview.schemabinding.version2.descriptors.SequenceSetPropertiesDescriptor
 jalview.schemabinding.version2.StructureState=jalview.schemabinding.version2.descriptors.StructureStateDescriptor
index 025de4d..f423223 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*
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  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
+ * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ ******************************************************************************/
+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
 //---------------------------------/
index 923a17a..f5654e9 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
 //---------------------------------/
index 9e1850d..d3fde76 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+ * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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+ ******************************************************************************/
+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
 //---------------------------------/
index 475aef1..98c202e 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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+ * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ ******************************************************************************/
+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
 //---------------------------------/
index a8a10c6..e20bbc4 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*
+/*******************************************************************************
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
+ * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ ******************************************************************************/
+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
 
 package jalview.schemabinding.version2;
 
-  //---------------------------------/
- //- Imported classes and packages -/
+//---------------------------------/
+//- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -31,461 +38,478 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class AnnotationColours implements java.io.Serializable {
-
-
-      //--------------------------/
-     //- Class/Member Variables -/
-    //--------------------------/
-
-    /**
-     * Field _aboveThreshold.
-     */
-    private int _aboveThreshold;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _aboveThreshold
-     */
-    private boolean _has_aboveThreshold;
-
-    /**
-     * Field _annotation.
-     */
-    private java.lang.String _annotation;
-
-    /**
-     * Field _minColour.
-     */
-    private int _minColour;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _minColour
-     */
-    private boolean _has_minColour;
-
-    /**
-     * Field _maxColour.
-     */
-    private int _maxColour;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _maxColour
-     */
-    private boolean _has_maxColour;
-
-    /**
-     * Field _colourScheme.
-     */
-    private java.lang.String _colourScheme;
-
-    /**
-     * Field _threshold.
-     */
-    private float _threshold;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _threshold
-     */
-    private boolean _has_threshold;
-
-    /**
-     * Field _perSequence.
-     */
-    private boolean _perSequence;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _perSequence
-     */
-    private boolean _has_perSequence;
-
-    /**
-     * Field _predefinedColours.
-     */
-    private boolean _predefinedColours;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _predefinedColours
-     */
-    private boolean _has_predefinedColours;
-
-
-      //----------------/
-     //- Constructors -/
-    //----------------/
-
-    public AnnotationColours() {
-        super();
-    }
-
-
-      //-----------/
-     //- Methods -/
-    //-----------/
-
-    /**
-     */
-    public void deleteAboveThreshold(
-    ) {
-        this._has_aboveThreshold= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteMaxColour(
-    ) {
-        this._has_maxColour= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteMinColour(
-    ) {
-        this._has_minColour= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deletePerSequence(
-    ) {
-        this._has_perSequence= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deletePredefinedColours(
-    ) {
-        this._has_predefinedColours= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteThreshold(
-    ) {
-        this._has_threshold= false;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'aboveThreshold'.
-     * 
-     * @return the value of field 'AboveThreshold'.
-     */
-    public int getAboveThreshold(
-    ) {
-        return this._aboveThreshold;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'annotation'.
-     * 
-     * @return the value of field 'Annotation'.
-     */
-    public java.lang.String getAnnotation(
-    ) {
-        return this._annotation;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'colourScheme'.
-     * 
-     * @return the value of field 'ColourScheme'.
-     */
-    public java.lang.String getColourScheme(
-    ) {
-        return this._colourScheme;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'maxColour'.
-     * 
-     * @return the value of field 'MaxColour'.
-     */
-    public int getMaxColour(
-    ) {
-        return this._maxColour;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'minColour'.
-     * 
-     * @return the value of field 'MinColour'.
-     */
-    public int getMinColour(
-    ) {
-        return this._minColour;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'perSequence'.
-     * 
-     * @return the value of field 'PerSequence'.
-     */
-    public boolean getPerSequence(
-    ) {
-        return this._perSequence;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'predefinedColours'.
-     * 
-     * @return the value of field 'PredefinedColours'.
-     */
-    public boolean getPredefinedColours(
-    ) {
-        return this._predefinedColours;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'threshold'.
-     * 
-     * @return the value of field 'Threshold'.
-     */
-    public float getThreshold(
-    ) {
-        return this._threshold;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasAboveThreshold.
-     * 
-     * @return true if at least one AboveThreshold has been added
-     */
-    public boolean hasAboveThreshold(
-    ) {
-        return this._has_aboveThreshold;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasMaxColour.
-     * 
-     * @return true if at least one MaxColour has been added
-     */
-    public boolean hasMaxColour(
-    ) {
-        return this._has_maxColour;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasMinColour.
-     * 
-     * @return true if at least one MinColour has been added
-     */
-    public boolean hasMinColour(
-    ) {
-        return this._has_minColour;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasPerSequence.
-     * 
-     * @return true if at least one PerSequence has been added
-     */
-    public boolean hasPerSequence(
-    ) {
-        return this._has_perSequence;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasPredefinedColours.
-     * 
-     * @return true if at least one PredefinedColours has been added
-     */
-    public boolean hasPredefinedColours(
-    ) {
-        return this._has_predefinedColours;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasThreshold.
-     * 
-     * @return true if at least one Threshold has been added
-     */
-    public boolean hasThreshold(
-    ) {
-        return this._has_threshold;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'perSequence'.
-     * 
-     * @return the value of field 'PerSequence'.
-     */
-    public boolean isPerSequence(
-    ) {
-        return this._perSequence;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'predefinedColours'.
-     * 
-     * @return the value of field 'PredefinedColours'.
-     */
-    public boolean isPredefinedColours(
-    ) {
-        return this._predefinedColours;
-    }
-
-    /**
-     * Method isValid.
-     * 
-     * @return true if this object is valid according to the schema
-     */
-    public boolean isValid(
-    ) {
-        try {
-            validate();
-        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
-            return false;
-        }
-        return true;
-    }
-
-    /**
-     * 
-     * 
-     * @param out
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
-     * object is an invalid instance according to the schema
-     */
-    public void marshal(
-            final java.io.Writer out)
-    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
-        Marshaller.marshal(this, out);
-    }
-
-    /**
-     * 
-     * 
-     * @param handler
-     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
-     * marshaling
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
-     * object is an invalid instance according to the schema
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
-     */
-    public void marshal(
-            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
-        Marshaller.marshal(this, handler);
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'aboveThreshold'.
-     * 
-     * @param aboveThreshold the value of field 'aboveThreshold'.
-     */
-    public void setAboveThreshold(
-            final int aboveThreshold) {
-        this._aboveThreshold = aboveThreshold;
-        this._has_aboveThreshold = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'annotation'.
-     * 
-     * @param annotation the value of field 'annotation'.
-     */
-    public void setAnnotation(
-            final java.lang.String annotation) {
-        this._annotation = annotation;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'colourScheme'.
-     * 
-     * @param colourScheme the value of field 'colourScheme'.
-     */
-    public void setColourScheme(
-            final java.lang.String colourScheme) {
-        this._colourScheme = colourScheme;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'maxColour'.
-     * 
-     * @param maxColour the value of field 'maxColour'.
-     */
-    public void setMaxColour(
-            final int maxColour) {
-        this._maxColour = maxColour;
-        this._has_maxColour = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'minColour'.
-     * 
-     * @param minColour the value of field 'minColour'.
-     */
-    public void setMinColour(
-            final int minColour) {
-        this._minColour = minColour;
-        this._has_minColour = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'perSequence'.
-     * 
-     * @param perSequence the value of field 'perSequence'.
-     */
-    public void setPerSequence(
-            final boolean perSequence) {
-        this._perSequence = perSequence;
-        this._has_perSequence = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'predefinedColours'.
-     * 
-     * @param predefinedColours the value of field
-     * 'predefinedColours'.
-     */
-    public void setPredefinedColours(
-            final boolean predefinedColours) {
-        this._predefinedColours = predefinedColours;
-        this._has_predefinedColours = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'threshold'.
-     * 
-     * @param threshold the value of field 'threshold'.
-     */
-    public void setThreshold(
-            final float threshold) {
-        this._threshold = threshold;
-        this._has_threshold = true;
-    }
-
-    /**
-     * Method unmarshal.
-     * 
-     * @param reader
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
-     * object is an invalid instance according to the schema
-     * @return the unmarshaled
-     * jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours
-     */
-    public static jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours unmarshal(
-            final java.io.Reader reader)
-    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
-        return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class, reader);
-    }
-
-    /**
-     * 
-     * 
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
-     * object is an invalid instance according to the schema
-     */
-    public void validate(
-    )
-    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
-        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-        validator.validate(this);
-    }
+public class AnnotationColours implements java.io.Serializable
+{
+
+  // --------------------------/
+  // - Class/Member Variables -/
+  // --------------------------/
+
+  /**
+   * Field _aboveThreshold.
+   */
+  private int _aboveThreshold;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _aboveThreshold
+   */
+  private boolean _has_aboveThreshold;
+
+  /**
+   * Field _annotation.
+   */
+  private java.lang.String _annotation;
+
+  /**
+   * Field _minColour.
+   */
+  private int _minColour;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _minColour
+   */
+  private boolean _has_minColour;
+
+  /**
+   * Field _maxColour.
+   */
+  private int _maxColour;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _maxColour
+   */
+  private boolean _has_maxColour;
+
+  /**
+   * Field _colourScheme.
+   */
+  private java.lang.String _colourScheme;
+
+  /**
+   * Field _threshold.
+   */
+  private float _threshold;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _threshold
+   */
+  private boolean _has_threshold;
+
+  /**
+   * Field _perSequence.
+   */
+  private boolean _perSequence;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _perSequence
+   */
+  private boolean _has_perSequence;
+
+  /**
+   * Field _predefinedColours.
+   */
+  private boolean _predefinedColours;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _predefinedColours
+   */
+  private boolean _has_predefinedColours;
+
+  // ----------------/
+  // - Constructors -/
+  // ----------------/
+
+  public AnnotationColours()
+  {
+    super();
+  }
+
+  // -----------/
+  // - Methods -/
+  // -----------/
+
+  /**
+     */
+  public void deleteAboveThreshold()
+  {
+    this._has_aboveThreshold = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteMaxColour()
+  {
+    this._has_maxColour = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteMinColour()
+  {
+    this._has_minColour = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deletePerSequence()
+  {
+    this._has_perSequence = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deletePredefinedColours()
+  {
+    this._has_predefinedColours = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteThreshold()
+  {
+    this._has_threshold = false;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'aboveThreshold'.
+   * 
+   * @return the value of field 'AboveThreshold'.
+   */
+  public int getAboveThreshold()
+  {
+    return this._aboveThreshold;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'annotation'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Annotation'.
+   */
+  public java.lang.String getAnnotation()
+  {
+    return this._annotation;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'colourScheme'.
+   * 
+   * @return the value of field 'ColourScheme'.
+   */
+  public java.lang.String getColourScheme()
+  {
+    return this._colourScheme;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'maxColour'.
+   * 
+   * @return the value of field 'MaxColour'.
+   */
+  public int getMaxColour()
+  {
+    return this._maxColour;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'minColour'.
+   * 
+   * @return the value of field 'MinColour'.
+   */
+  public int getMinColour()
+  {
+    return this._minColour;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'perSequence'.
+   * 
+   * @return the value of field 'PerSequence'.
+   */
+  public boolean getPerSequence()
+  {
+    return this._perSequence;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'predefinedColours'.
+   * 
+   * @return the value of field 'PredefinedColours'.
+   */
+  public boolean getPredefinedColours()
+  {
+    return this._predefinedColours;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'threshold'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Threshold'.
+   */
+  public float getThreshold()
+  {
+    return this._threshold;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasAboveThreshold.
+   * 
+   * @return true if at least one AboveThreshold has been added
+   */
+  public boolean hasAboveThreshold()
+  {
+    return this._has_aboveThreshold;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasMaxColour.
+   * 
+   * @return true if at least one MaxColour has been added
+   */
+  public boolean hasMaxColour()
+  {
+    return this._has_maxColour;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasMinColour.
+   * 
+   * @return true if at least one MinColour has been added
+   */
+  public boolean hasMinColour()
+  {
+    return this._has_minColour;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasPerSequence.
+   * 
+   * @return true if at least one PerSequence has been added
+   */
+  public boolean hasPerSequence()
+  {
+    return this._has_perSequence;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasPredefinedColours.
+   * 
+   * @return true if at least one PredefinedColours has been added
+   */
+  public boolean hasPredefinedColours()
+  {
+    return this._has_predefinedColours;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasThreshold.
+   * 
+   * @return true if at least one Threshold has been added
+   */
+  public boolean hasThreshold()
+  {
+    return this._has_threshold;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'perSequence'.
+   * 
+   * @return the value of field 'PerSequence'.
+   */
+  public boolean isPerSequence()
+  {
+    return this._perSequence;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'predefinedColours'.
+   * 
+   * @return the value of field 'PredefinedColours'.
+   */
+  public boolean isPredefinedColours()
+  {
+    return this._predefinedColours;
+  }
+
+  /**
+   * Method isValid.
+   * 
+   * @return true if this object is valid according to the schema
+   */
+  public boolean isValid()
+  {
+    try
+    {
+      validate();
+    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
+    {
+      return false;
+    }
+    return true;
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param out
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   */
+  public void marshal(final java.io.Writer out)
+          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    Marshaller.marshal(this, out);
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param handler
+   * @throws java.io.IOException
+   *           if an IOException occurs during marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   */
+  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+          throws java.io.IOException,
+          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    Marshaller.marshal(this, handler);
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'aboveThreshold'.
+   * 
+   * @param aboveThreshold
+   *          the value of field 'aboveThreshold'.
+   */
+  public void setAboveThreshold(final int aboveThreshold)
+  {
+    this._aboveThreshold = aboveThreshold;
+    this._has_aboveThreshold = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'annotation'.
+   * 
+   * @param annotation
+   *          the value of field 'annotation'.
+   */
+  public void setAnnotation(final java.lang.String annotation)
+  {
+    this._annotation = annotation;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'colourScheme'.
+   * 
+   * @param colourScheme
+   *          the value of field 'colourScheme'.
+   */
+  public void setColourScheme(final java.lang.String colourScheme)
+  {
+    this._colourScheme = colourScheme;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'maxColour'.
+   * 
+   * @param maxColour
+   *          the value of field 'maxColour'.
+   */
+  public void setMaxColour(final int maxColour)
+  {
+    this._maxColour = maxColour;
+    this._has_maxColour = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'minColour'.
+   * 
+   * @param minColour
+   *          the value of field 'minColour'.
+   */
+  public void setMinColour(final int minColour)
+  {
+    this._minColour = minColour;
+    this._has_minColour = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'perSequence'.
+   * 
+   * @param perSequence
+   *          the value of field 'perSequence'.
+   */
+  public void setPerSequence(final boolean perSequence)
+  {
+    this._perSequence = perSequence;
+    this._has_perSequence = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'predefinedColours'.
+   * 
+   * @param predefinedColours
+   *          the value of field 'predefinedColours'.
+   */
+  public void setPredefinedColours(final boolean predefinedColours)
+  {
+    this._predefinedColours = predefinedColours;
+    this._has_predefinedColours = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'threshold'.
+   * 
+   * @param threshold
+   *          the value of field 'threshold'.
+   */
+  public void setThreshold(final float threshold)
+  {
+    this._threshold = threshold;
+    this._has_threshold = true;
+  }
+
+  /**
+   * Method unmarshal.
+   * 
+   * @param reader
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours
+   */
+  public static jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours unmarshal(
+          final java.io.Reader reader)
+          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) Unmarshaller
+            .unmarshal(
+                    jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class,
+                    reader);
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   */
+  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+    validator.validate(this);
+  }
 
 }
index f86908c..a558e86 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*
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+ * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
 //---------------------------------/
index b758899..aab1434 100644 (file)
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-/*
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
 //---------------------------------/
index d4d0f60..70409b6 100644 (file)
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
 //---------------------------------/
index f9d0ce5..de43ff4 100644 (file)
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-/*
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+ * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ ******************************************************************************/
+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
 //---------------------------------/
index 612c9b1..d7deeff 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*
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+ * $Id$
  */
 
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
-  //---------------------------------/
- //- Imported classes and packages -/
+//---------------------------------/
+//- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours;
@@ -30,468 +37,556 @@ import jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class AnnotationColoursDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {
-
-
-      //--------------------------/
-     //- Class/Member Variables -/
-    //--------------------------/
-
-    /**
-     * Field _elementDefinition.
-     */
-    private boolean _elementDefinition;
-
-    /**
-     * Field _nsPrefix.
-     */
-    private java.lang.String _nsPrefix;
-
-    /**
-     * Field _nsURI.
-     */
-    private java.lang.String _nsURI;
-
-    /**
-     * Field _xmlName.
-     */
-    private java.lang.String _xmlName;
-
-
-      //----------------/
-     //- Constructors -/
-    //----------------/
-
-    public AnnotationColoursDescriptor() {
-        super();
-        _nsURI = "www.jalview.org";
-        _xmlName = "AnnotationColours";
-        _elementDefinition = true;
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;
-        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;
-        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;
-        //-- initialize attribute descriptors
-        
-        //-- _aboveThreshold
-        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_aboveThreshold", "aboveThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
-        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
-            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
-                throws IllegalStateException
-            {
-                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                if (!target.hasAboveThreshold()) { return null; }
-                return new java.lang.Integer(target.getAboveThreshold());
-            }
-            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
-                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-            {
-                try {
-                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                    // if null, use delete method for optional primitives 
-                    if (value == null) {
-                        target.deleteAboveThreshold();
-                        return;
-                    }
-                    target.setAboveThreshold( ((java.lang.Integer) value).intValue());
-                } catch (java.lang.Exception ex) {
-                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
-                }
-            }
-            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
-                return null;
-            }
-        };
-        desc.setHandler(handler);
-        desc.setMultivalued(false);
-        addFieldDescriptor(desc);
-        
-        //-- validation code for: _aboveThreshold
-        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-        { //-- local scope
-            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
-            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
-            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
-            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
-            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
-        }
-        desc.setValidator(fieldValidator);
-        //-- _annotation
-        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_annotation", "annotation", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
-        desc.setImmutable(true);
-        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
-            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
-                throws IllegalStateException
-            {
-                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                return target.getAnnotation();
-            }
-            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
-                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-            {
-                try {
-                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                    target.setAnnotation( (java.lang.String) value);
-                } catch (java.lang.Exception ex) {
-                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
-                }
-            }
-            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
-                return null;
-            }
-        };
-        desc.setHandler(handler);
-        desc.setMultivalued(false);
-        addFieldDescriptor(desc);
-        
-        //-- validation code for: _annotation
-        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-        { //-- local scope
-            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
-            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
-            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
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+public class AnnotationColoursDescriptor extends
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
+{
+
+  // --------------------------/
+  // - Class/Member Variables -/
+  // --------------------------/
+
+  /**
+   * Field _elementDefinition.
+   */
+  private boolean _elementDefinition;
+
+  /**
+   * Field _nsPrefix.
+   */
+  private java.lang.String _nsPrefix;
+
+  /**
+   * Field _nsURI.
+   */
+  private java.lang.String _nsURI;
+
+  /**
+   * Field _xmlName.
+   */
+  private java.lang.String _xmlName;
+
+  // ----------------/
+  // - Constructors -/
+  // ----------------/
+
+  public AnnotationColoursDescriptor()
+  {
+    super();
+    _nsURI = "www.jalview.org";
+    _xmlName = "AnnotationColours";
+    _elementDefinition = true;
+    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
+    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
+    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
+    // -- initialize attribute descriptors
+
+    // -- _aboveThreshold
+    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
+            java.lang.Integer.TYPE, "_aboveThreshold", "aboveThreshold",
+            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
+    {
+      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
+              throws IllegalStateException
+      {
+        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+        if (!target.hasAboveThreshold())
+        {
+          return null;
         }
-        desc.setValidator(fieldValidator);
-        //-- _minColour
-        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_minColour", "minColour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
-        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
-            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
-                throws IllegalStateException
-            {
-                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                if (!target.hasMinColour()) { return null; }
-                return new java.lang.Integer(target.getMinColour());
-            }
-            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
-                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-            {
-                try {
-                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                    // if null, use delete method for optional primitives 
-                    if (value == null) {
-                        target.deleteMinColour();
-                        return;
-                    }
-                    target.setMinColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());
-                } catch (java.lang.Exception ex) {
-                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
-                }
-            }
-            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
-                return null;
-            }
-        };
-        desc.setHandler(handler);
-        desc.setMultivalued(false);
-        addFieldDescriptor(desc);
-        
-        //-- validation code for: _minColour
-        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-        { //-- local scope
-            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
-            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
-            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
-            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
-            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
+        return new java.lang.Integer(target.getAboveThreshold());
+      }
+
+      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
+              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+      {
+        try
+        {
+          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+          // if null, use delete method for optional primitives
+          if (value == null)
+          {
+            target.deleteAboveThreshold();
+            return;
+          }
+          target.setAboveThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
+        } catch (java.lang.Exception ex)
+        {
+          throw new IllegalStateException(ex.toString());
         }
-        desc.setValidator(fieldValidator);
-        //-- _maxColour
-        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_maxColour", "maxColour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
-        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
-            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
-                throws IllegalStateException
-            {
-                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                if (!target.hasMaxColour()) { return null; }
-                return new java.lang.Integer(target.getMaxColour());
-            }
-            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
-                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-            {
-                try {
-                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                    // if null, use delete method for optional primitives 
-                    if (value == null) {
-                        target.deleteMaxColour();
-                        return;
-                    }
-                    target.setMaxColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());
-                } catch (java.lang.Exception ex) {
-                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
-                }
-            }
-            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
-                return null;
-            }
-        };
-        desc.setHandler(handler);
-        desc.setMultivalued(false);
-        addFieldDescriptor(desc);
-        
-        //-- validation code for: _maxColour
-        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-        { //-- local scope
-            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
-            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
-            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
-            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
-            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
+      }
+
+      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
+      {
+        return null;
+      }
+    };
+    desc.setHandler(handler);
+    desc.setMultivalued(false);
+    addFieldDescriptor(desc);
+
+    // -- validation code for: _aboveThreshold
+    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+    { // -- local scope
+      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
+      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
+      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
+      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
+    }
+    desc.setValidator(fieldValidator);
+    // -- _annotation
+    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
+            java.lang.String.class, "_annotation", "annotation",
+            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+    desc.setImmutable(true);
+    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
+    {
+      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
+              throws IllegalStateException
+      {
+        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+        return target.getAnnotation();
+      }
+
+      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
+              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+      {
+        try
+        {
+          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+          target.setAnnotation((java.lang.String) value);
+        } catch (java.lang.Exception ex)
+        {
+          throw new IllegalStateException(ex.toString());
         }
-        desc.setValidator(fieldValidator);
-        //-- _colourScheme
-        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_colourScheme", "colourScheme", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
-        desc.setImmutable(true);
-        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
-            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
-                throws IllegalStateException
-            {
-                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                return target.getColourScheme();
-            }
-            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
-                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-            {
-                try {
-                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                    target.setColourScheme( (java.lang.String) value);
-                } catch (java.lang.Exception ex) {
-                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
-                }
-            }
-            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
-                return null;
-            }
-        };
-        desc.setHandler(handler);
-        desc.setMultivalued(false);
-        addFieldDescriptor(desc);
-        
-        //-- validation code for: _colourScheme
-        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-        { //-- local scope
-            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
-            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
-            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
-            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
+      }
+
+      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
+      {
+        return null;
+      }
+    };
+    desc.setHandler(handler);
+    desc.setMultivalued(false);
+    addFieldDescriptor(desc);
+
+    // -- validation code for: _annotation
+    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+    { // -- local scope
+      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
+      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
+      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
+    }
+    desc.setValidator(fieldValidator);
+    // -- _minColour
+    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
+            java.lang.Integer.TYPE, "_minColour", "minColour",
+            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
+    {
+      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
+              throws IllegalStateException
+      {
+        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+        if (!target.hasMinColour())
+        {
+          return null;
         }
-        desc.setValidator(fieldValidator);
-        //-- _threshold
-        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
-        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
-            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
-                throws IllegalStateException
-            {
-                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                if (!target.hasThreshold()) { return null; }
-                return new java.lang.Float(target.getThreshold());
-            }
-            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
-                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-            {
-                try {
-                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                    // if null, use delete method for optional primitives 
-                    if (value == null) {
-                        target.deleteThreshold();
-                        return;
-                    }
-                    target.setThreshold( ((java.lang.Float) value).floatValue());
-                } catch (java.lang.Exception ex) {
-                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
-                }
-            }
-            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
-                return null;
-            }
-        };
-        desc.setHandler(handler);
-        desc.setMultivalued(false);
-        addFieldDescriptor(desc);
-        
-        //-- validation code for: _threshold
-        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-        { //-- local scope
-            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;
-            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();
-            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
-            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);
-            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);
+        return new java.lang.Integer(target.getMinColour());
+      }
+
+      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
+              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+      {
+        try
+        {
+          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+          // if null, use delete method for optional primitives
+          if (value == null)
+          {
+            target.deleteMinColour();
+            return;
+          }
+          target.setMinColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
+        } catch (java.lang.Exception ex)
+        {
+          throw new IllegalStateException(ex.toString());
         }
-        desc.setValidator(fieldValidator);
-        //-- _perSequence
-        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_perSequence", "perSequence", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
-        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
-            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
-                throws IllegalStateException
-            {
-                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                if (!target.hasPerSequence()) { return null; }
-                return (target.getPerSequence() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);
-            }
-            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
-                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-            {
-                try {
-                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                    // if null, use delete method for optional primitives 
-                    if (value == null) {
-                        target.deletePerSequence();
-                        return;
-                    }
-                    target.setPerSequence( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
-                } catch (java.lang.Exception ex) {
-                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
-                }
-            }
-            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
-                return null;
-            }
-        };
-        desc.setHandler(handler);
-        desc.setMultivalued(false);
-        addFieldDescriptor(desc);
-        
-        //-- validation code for: _perSequence
-        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-        { //-- local scope
-            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
-            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
-            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+      }
+
+      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
+      {
+        return null;
+      }
+    };
+    desc.setHandler(handler);
+    desc.setMultivalued(false);
+    addFieldDescriptor(desc);
+
+    // -- validation code for: _minColour
+    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+    { // -- local scope
+      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
+      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
+      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
+      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
+    }
+    desc.setValidator(fieldValidator);
+    // -- _maxColour
+    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
+            java.lang.Integer.TYPE, "_maxColour", "maxColour",
+            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
+    {
+      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
+              throws IllegalStateException
+      {
+        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+        if (!target.hasMaxColour())
+        {
+          return null;
         }
-        desc.setValidator(fieldValidator);
-        //-- _predefinedColours
-        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_predefinedColours", "predefinedColours", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
-        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
-            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
-                throws IllegalStateException
-            {
-                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                if (!target.hasPredefinedColours()) { return null; }
-                return (target.getPredefinedColours() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);
-            }
-            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
-                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-            {
-                try {
-                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
-                    // if null, use delete method for optional primitives 
-                    if (value == null) {
-                        target.deletePredefinedColours();
-                        return;
-                    }
-                    target.setPredefinedColours( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
-                } catch (java.lang.Exception ex) {
-                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
-                }
-            }
-            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
-                return null;
-            }
-        };
-        desc.setHandler(handler);
-        desc.setMultivalued(false);
-        addFieldDescriptor(desc);
-        
-        //-- validation code for: _predefinedColours
-        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-        { //-- local scope
-            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
-            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
-            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+        return new java.lang.Integer(target.getMaxColour());
+      }
+
+      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
+              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+      {
+        try
+        {
+          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+          // if null, use delete method for optional primitives
+          if (value == null)
+          {
+            target.deleteMaxColour();
+            return;
+          }
+          target.setMaxColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
+        } catch (java.lang.Exception ex)
+        {
+          throw new IllegalStateException(ex.toString());
         }
-        desc.setValidator(fieldValidator);
-        //-- initialize element descriptors
-        
-    }
+      }
 
+      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
+      {
+        return null;
+      }
+    };
+    desc.setHandler(handler);
+    desc.setMultivalued(false);
+    addFieldDescriptor(desc);
 
-      //-----------/
-     //- Methods -/
-    //-----------/
+    // -- validation code for: _maxColour
+    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+    { // -- local scope
+      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
+      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
+      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
+      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
+    }
+    desc.setValidator(fieldValidator);
+    // -- _colourScheme
+    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
+            java.lang.String.class, "_colourScheme", "colourScheme",
+            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+    desc.setImmutable(true);
+    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
+    {
+      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
+              throws IllegalStateException
+      {
+        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+        return target.getColourScheme();
+      }
+
+      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
+              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+      {
+        try
+        {
+          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+          target.setColourScheme((java.lang.String) value);
+        } catch (java.lang.Exception ex)
+        {
+          throw new IllegalStateException(ex.toString());
+        }
+      }
 
-    /**
-     * Method getAccessMode.
-     * 
-     * @return the access mode specified for this class.
-     */
-    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(
-    ) {
+      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
+      {
         return null;
-    }
+      }
+    };
+    desc.setHandler(handler);
+    desc.setMultivalued(false);
+    addFieldDescriptor(desc);
 
-    /**
-     * Method getIdentity.
-     * 
-     * @return the identity field, null if this class has no
-     * identity.
-     */
-    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(
-    ) {
-        return super.getIdentity();
+    // -- validation code for: _colourScheme
+    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+    { // -- local scope
+      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
+      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
+      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
     }
+    desc.setValidator(fieldValidator);
+    // -- _threshold
+    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
+            java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",
+            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
+    {
+      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
+              throws IllegalStateException
+      {
+        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+        if (!target.hasThreshold())
+        {
+          return null;
+        }
+        return new java.lang.Float(target.getThreshold());
+      }
 
-    /**
-     * Method getJavaClass.
-     * 
-     * @return the Java class represented by this descriptor.
-     */
-    public java.lang.Class getJavaClass(
-    ) {
-        return jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class;
-    }
+      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
+              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+      {
+        try
+        {
+          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+          // if null, use delete method for optional primitives
+          if (value == null)
+          {
+            target.deleteThreshold();
+            return;
+          }
+          target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());
+        } catch (java.lang.Exception ex)
+        {
+          throw new IllegalStateException(ex.toString());
+        }
+      }
 
-    /**
-     * Method getNameSpacePrefix.
-     * 
-     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
-     */
-    public java.lang.String getNameSpacePrefix(
-    ) {
-        return _nsPrefix;
-    }
+      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
+      {
+        return null;
+      }
+    };
+    desc.setHandler(handler);
+    desc.setMultivalued(false);
+    addFieldDescriptor(desc);
 
-    /**
-     * Method getNameSpaceURI.
-     * 
-     * @return the namespace URI used when marshaling and
-     * unmarshaling as XML.
-     */
-    public java.lang.String getNameSpaceURI(
-    ) {
-        return _nsURI;
+    // -- validation code for: _threshold
+    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+    { // -- local scope
+      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;
+      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();
+      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);
+      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);
     }
+    desc.setValidator(fieldValidator);
+    // -- _perSequence
+    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
+            java.lang.Boolean.TYPE, "_perSequence", "perSequence",
+            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
+    {
+      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
+              throws IllegalStateException
+      {
+        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+        if (!target.hasPerSequence())
+        {
+          return null;
+        }
+        return (target.getPerSequence() ? java.lang.Boolean.TRUE
+                : java.lang.Boolean.FALSE);
+      }
 
-    /**
-     * Method getValidator.
-     * 
-     * @return a specific validator for the class described by this
-     * ClassDescriptor.
-     */
-    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(
-    ) {
-        return this;
-    }
+      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
+              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+      {
+        try
+        {
+          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+          // if null, use delete method for optional primitives
+          if (value == null)
+          {
+            target.deletePerSequence();
+            return;
+          }
+          target.setPerSequence(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
+        } catch (java.lang.Exception ex)
+        {
+          throw new IllegalStateException(ex.toString());
+        }
+      }
 
-    /**
-     * Method getXMLName.
-     * 
-     * @return the XML Name for the Class being described.
-     */
-    public java.lang.String getXMLName(
-    ) {
-        return _xmlName;
+      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
+      {
+        return null;
+      }
+    };
+    desc.setHandler(handler);
+    desc.setMultivalued(false);
+    addFieldDescriptor(desc);
+
+    // -- validation code for: _perSequence
+    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+    { // -- local scope
+      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
+      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
+      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
     }
+    desc.setValidator(fieldValidator);
+    // -- _predefinedColours
+    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
+            java.lang.Boolean.TYPE, "_predefinedColours",
+            "predefinedColours", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
+    {
+      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
+              throws IllegalStateException
+      {
+        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+        if (!target.hasPredefinedColours())
+        {
+          return null;
+        }
+        return (target.getPredefinedColours() ? java.lang.Boolean.TRUE
+                : java.lang.Boolean.FALSE);
+      }
 
-    /**
-     * Method isElementDefinition.
-     * 
-     * @return true if XML schema definition of this Class is that
-     * of a global
-     * element or element with anonymous type definition.
-     */
-    public boolean isElementDefinition(
-    ) {
-        return _elementDefinition;
+      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
+              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+      {
+        try
+        {
+          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;
+          // if null, use delete method for optional primitives
+          if (value == null)
+          {
+            target.deletePredefinedColours();
+            return;
+          }
+          target.setPredefinedColours(((java.lang.Boolean) value)
+                  .booleanValue());
+        } catch (java.lang.Exception ex)
+        {
+          throw new IllegalStateException(ex.toString());
+        }
+      }
+
+      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
+      {
+        return null;
+      }
+    };
+    desc.setHandler(handler);
+    desc.setMultivalued(false);
+    addFieldDescriptor(desc);
+
+    // -- validation code for: _predefinedColours
+    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+    { // -- local scope
+      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
+      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
+      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
     }
+    desc.setValidator(fieldValidator);
+    // -- initialize element descriptors
+
+  }
+
+  // -----------/
+  // - Methods -/
+  // -----------/
+
+  /**
+   * Method getAccessMode.
+   * 
+   * @return the access mode specified for this class.
+   */
+  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
+  {
+    return null;
+  }
+
+  /**
+   * Method getIdentity.
+   * 
+   * @return the identity field, null if this class has no identity.
+   */
+  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
+  {
+    return super.getIdentity();
+  }
+
+  /**
+   * Method getJavaClass.
+   * 
+   * @return the Java class represented by this descriptor.
+   */
+  public java.lang.Class getJavaClass()
+  {
+    return jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class;
+  }
+
+  /**
+   * Method getNameSpacePrefix.
+   * 
+   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
+   */
+  public java.lang.String getNameSpacePrefix()
+  {
+    return _nsPrefix;
+  }
+
+  /**
+   * Method getNameSpaceURI.
+   * 
+   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
+   */
+  public java.lang.String getNameSpaceURI()
+  {
+    return _nsURI;
+  }
+
+  /**
+   * Method getValidator.
+   * 
+   * @return a specific validator for the class described by this
+   *         ClassDescriptor.
+   */
+  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
+  {
+    return this;
+  }
+
+  /**
+   * Method getXMLName.
+   * 
+   * @return the XML Name for the Class being described.
+   */
+  public java.lang.String getXMLName()
+  {
+    return _xmlName;
+  }
+
+  /**
+   * Method isElementDefinition.
+   * 
+   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
+   *         element or element with anonymous type definition.
+   */
+  public boolean isElementDefinition()
+  {
+    return _elementDefinition;
+  }
 
 }
index cdad97f..eac9bc7 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index a45b335..24a90b9 100644 (file)
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 4c73612..007175c 100644 (file)
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 506c081..a8a2cf5 100644 (file)
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 4ddb77d..514e2d3 100644 (file)
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index a7368c0..403e432 100644 (file)
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 79303a6..75586b6 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 72daa76..498d18d 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 12b6af6..4082f2c 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 06cf7ab..8be5479 100644 (file)
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 63fc0dc..31127fa 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
@@ -253,13 +261,11 @@ public class JalviewModelDescriptor extends
     desc.setContainer(true);
     desc.setClassDescriptor(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.JalviewModelSequenceDescriptor());
     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
-    desc.setRequired(true);
     desc.setMultivalued(false);
     addFieldDescriptor(desc);
 
     // -- validation code for: _jalviewModelSequence
     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);
     { // -- local scope
     }
     desc.setValidator(fieldValidator);
index eb51911..01b416c 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
@@ -122,13 +130,12 @@ public class JalviewModelSequenceDescriptor extends
     };
     desc.setHandler(handler);
     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
-    desc.setRequired(true);
     desc.setMultivalued(true);
     addFieldDescriptor(desc);
 
     // -- validation code for: _JSeqList
     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);
+    fieldValidator.setMinOccurs(0);
     { // -- local scope
     }
     desc.setValidator(fieldValidator);
@@ -233,13 +240,12 @@ public class JalviewModelSequenceDescriptor extends
     };
     desc.setHandler(handler);
     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
-    desc.setRequired(true);
     desc.setMultivalued(true);
     addFieldDescriptor(desc);
 
     // -- validation code for: _viewportList
     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);
+    fieldValidator.setMinOccurs(0);
     { // -- local scope
     }
     desc.setValidator(fieldValidator);
index b0283b2..c70f679 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*
+/*******************************************************************************
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 788c8b7..9aa7542 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index b75aadb..efdf00f 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*
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+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index f83c882..8402449 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 5d5999f..1d57dd5 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index f9e0749..b192ad8 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index 3161f09..69ae032 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
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+ * $Id$
  */
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 //---------------------------------/
index d45ee1e..001c3e5 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
 //---------------------------------/
index ab5ba35..5748515 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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