new help
authoramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Thu, 8 Dec 2005 10:58:27 +0000 (10:58 +0000)
committeramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Thu, 8 Dec 2005 10:58:27 +0000 (10:58 +0000)
help/html/keys.html [new file with mode: 0755]
help/html/releases.html [new file with mode: 0755]

diff --git a/help/html/keys.html b/help/html/keys.html
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..83de379
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,20 @@
+<html>\r
+<head><title>Key Strokes</title></head>\r
+<body>\r
+<p><strong>Key Strokes</strong></p>\r
+<p>Jalview recognises the following keystrokes.</p>\r
+<p>Escape - Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted \r
+  residues</p>\r
+<p>Control 'A' - Selects all sequences in the alignment.</p>\r
+<p>Control 'C' - Copies the selected region, in Fasta format (Not applet, as no \r
+  clipboard is available)</p>\r
+<p>Control 'V' - Pastes the selected file (Can be external to Jalview) to a new \r
+  alignment window.</p>\r
+<p>Control 'X' - Cuts the selected region from the alignment window.</p>\r
+<p>Control 'Z' - Undoes the last sequence edit. </p>\r
+<p>Control 'F' - Launches the search window. </p>\r
+<p>Up Arrow - Moves selected sequence(s) up the alignment</p>\r
+<p>Down Arrow - Moves selected sequence(s) down the alignment.</p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+</body>\r
+</html>\r
diff --git a/help/html/releases.html b/help/html/releases.html
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..38a5624
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,130 @@
+<html>\r
+<head><title>Release History</title></head>\r
+<body>\r
+<p><strong>Release History</strong> </p>\r
+<table border="1">\r
+  <tr> \r
+    <td><div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div></td>\r
+    <td><div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div></td>\r
+    <td><div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr> \r
+    <td><div align="center"><strong>2.07</strong><br>\r
+        7/12/05</div></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>\r
+        <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>\r
+        <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for file output</li>\r
+        <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>\r
+      </ul></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>HTML output writes groups and features</li>\r
+        <li>Group editing is Control and mouse click</li>\r
+        <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for HTML \r
+          form input</li>\r
+      </ul></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr> \r
+    <td><div align="center"><strong>2.06</strong><br>\r
+        28/9/05</div></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>View annotations in wrapped mode</li>\r
+        <li>More options for PCA viewer</li>\r
+      </ul></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>GUI bugs resolved</li>\r
+        <li>Runs with -nodisplay from command line</li>\r
+      </ul></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr> \r
+    <td height="63">\r
+<div align="center"><strong>2.05b</strong><br>\r
+        15/9/05</div></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Choose EPS export as lineart or text</li>\r
+        <li>Jar files are executable</li>\r
+        <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>\r
+      </ul></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>\r
+        <li>Overview window calculated more efficiently</li>\r
+        <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
+      </ul></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr> \r
+    <td><div align="center"><strong>2.05</strong><br>\r
+        30/8/05</div></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>\r
+      </ul></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
+      </ul></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr> \r
+    <td><div align="center"><strong>2.04</strong><br>\r
+        24/8/05</div></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>\r
+      </ul></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Improved JPred client reliability</li>\r
+        <li>Improved loading of Jalview files</li>\r
+      </ul></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr> \r
+    <td> <div align="center"><strong>2.03</strong><br>\r
+        18/8/05</div></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>\r
+        <li>Multiple URL links from sequence ids</li>\r
+        <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to Colour Menu</li>\r
+        <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>\r
+        <li>Unix users can set default web browser</li>\r
+        <li>Runs without GUI for batch processing</li>\r
+        <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>\r
+      </ul></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>\r
+      </ul></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr> \r
+    <td> <div align="center"><strong>2.02</strong><br>\r
+        18/7/05</div></td>\r
+    <td>&nbsp;</td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment order.</li>\r
+      </ul></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr> \r
+    <td><div align="center"><strong>2.01</strong><br>\r
+        12/7/05</div></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Use delete key for deleting selection.</li>\r
+        <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>\r
+        <li>Help file updated to describe how to add alignment annotations.</li>\r
+        <li>Version and build date written to build properties file.</li>\r
+        <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch of Jalview.</li>\r
+      </ul></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>Delete gaps bug fixed.</li>\r
+        <li>FileChooser sorts columns.</li>\r
+        <li>Can remove groups one by one.</li>\r
+        <li>Filechooser icons installed.</li>\r
+        <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate \r
+          a search.<br>\r
+        </li>\r
+      </ul></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr> \r
+    <td> <div align="center"><strong>2.0</strong><br>\r
+        20/6/05</div></td>\r
+    <td ><ul>\r
+        <li> New codebase</li>\r
+      </ul></td>\r
+    <td >&nbsp;</td>\r
+  </tr>\r
+</table>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+</body>\r
+</html>\r