JAL-629 change --renderer to --textrenderer to be more specific
authorBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Tue, 9 May 2023 09:26:36 +0000 (10:26 +0100)
committerBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Tue, 9 May 2023 09:26:36 +0000 (10:26 +0100)
src/jalview/bin/Commands.java
src/jalview/bin/argparser/Arg.java

index 7e33b17..a0209fd 100644 (file)
@@ -495,7 +495,6 @@ public class Commands
           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
           String paeFilepath = subVals.getWithSubstitutions(argParser, id,
                   "paematrix");
-          String paeLabel = subVals.get("paelabel");
           ArgValue paeAv = getArgAssociatedWithStructure(Arg.PAEMATRIX, avm,
                   af, structureFilepath);
           if (paeFilepath == null && paeAv != null)
@@ -503,7 +502,6 @@ public class Commands
             SubVals sv = paeAv.getSubVals();
             File paeFile = new File(sv.getContent());
 
-            paeLabel = sv.get("label");
             try
             {
               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
@@ -652,7 +650,7 @@ public class Commands
         File file = new File(fileName);
         String name = af.getName();
         String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
-                Arg.RENDERER, subVal);
+                Arg.TEXTRENDERER, subVal);
         if (renderer == null)
           renderer = "text";
         String type = "png"; // default
index f83f267..763a6f2 100644 (file)
@@ -14,7 +14,7 @@ public enum Arg
   DISPLAY, NEWS, SORTBYTREE, USAGESTATS, APPEND, OPEN, PROPS, QUESTIONNAIRE,
   SETPROP, TREE, VDOC, VSESS, OUTPUT, SSANNOTATIONS, NOTEMPFAC, TEMPFAC,
   TITLE, PAEMATRIX, WRAP, NOSTRUCTURE, STRUCTURE, STRUCTUREVIEWER, IMAGE,
-  TYPE, FORMAT, OVERWRITE, RENDERER, QUIT, CLOSE, DEBUG("d"), TRACE,
+  TYPE, FORMAT, OVERWRITE, TEXTRENDERER, QUIT, CLOSE, DEBUG("d"), TRACE,
   QUIET("q"), ARGFILE, NEW, NPP("n++"), SUBSTITUTIONS, INITSUBSTITUTIONS,
   NIL, SPLASH, SETARGFILE, UNSETARGFILE, WEBSERVICEDISCOVERY, ALL, BACKUPS,
   TESTOUTPUT;
@@ -120,7 +120,7 @@ public enum Arg
             Opt.ALLOWALL, Opt.REQUIREINPUT);
     TYPE.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.ALLOWALL);
     FORMAT.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.ALLOWALL);
-    RENDERER.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.ALLOWALL);
+    TEXTRENDERER.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.ALLOWALL);
     QUIT.setOptions(Opt.UNARY);
     OVERWRITE.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.LINKED, Opt.ALLOWALL);
     BACKUPS.setOptions(true, Opt.BOOLEAN, Opt.LINKED, Opt.ALLOWALL);