Edited wiki page RIO through web user interface.
authorcmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Wed, 28 Nov 2012 23:19:29 +0000 (23:19 +0000)
committercmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Wed, 28 Nov 2012 23:19:29 +0000 (23:19 +0000)
wiki/RIO.wiki

index 578c2f8..954f6e3 100644 (file)
@@ -32,7 +32,7 @@ path/to/forester.jar org.forester.application.rio [options] <gene trees file> <s
   * 2: super orthologies > orthologies
 
 ==== Gene trees ====
-The gene trees ideally are in [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/356/ phyloXML] format, with taxonomy and sequence data in appropriate fields; but can also be in New Hamphshire (Newick) or Nexus format as long as species information can be extracted from the gene names (e.g. "HUMAN" from "BCL2_HUMAN").
+The gene trees ideally are in [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/356/ phyloXML] format, with taxonomy and sequence data in appropriate fields; but can also be in New Hamphshire (Newick) or Nexus format, as long as species information can be extracted from the gene names (e.g. "HUMAN" from "BCL2_HUMAN").
 
 ==== Species tree ====
 Must be in [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/356/ phyloXML] format ([http://forester.googlecode.com/files/species.xml example]).