git://source.jalview.org / jalview.git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: fd026de)
JAL-944 - replaced stale PFAM links for 2.7 release. others will require more work
authorjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Tue, 27 Sep 2011 10:19:00 +0000 (11:19 +0100)
committerjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Tue, 27 Sep 2011 10:19:00 +0000 (11:19 +0100)
examples/exampleFeatures.txt patch | blob | history
examples/plantfdx.features patch | blob | history

diff --git a/examples/exampleFeatures.txt b/examples/exampleFeatures.txt
index dc1ba4d..c7b8b64 100755 (executable)
--- a/examples/exampleFeatures.txt
+++ b/examples/exampleFeatures.txt
@@ -30,69 +30,69 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      44      44      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_8</a></html>     FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_CAPAA       -1      3       93      Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_13</a></html>   FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_CAPAN       -1      45      140     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_13</a></html>   FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_SOLLC      -1      45      140     Cath\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_13</a></html>   Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q93XJ9_SOLTU    -1      45      140     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      96      96      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_13</a></html>   FER1_PEA        -1      60      135     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER1_PEA        -1      60      135     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_PEA        -1      50      145     Cath\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 63_13</a></html>   Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 63_13</a></html>       Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q7XA98_TRIPR    -1      53      148     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 59_13</a></html>   FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 59_13</a></html>       FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_MESCR      -1      49      144     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      89      89      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      94      94      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      97      97      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 58_13</a></html>   FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 58_13</a></html>       FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_SPIOL      -1      48      143     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      47      47      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_8</a></html>     FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER3_RAPSA      -1      3       93      Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_8</a></html>     FER_BRANA       -1      8       83      Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER_BRANA       -1      8       83      Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_BRANA       -1      2       96      Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_13</a></html>   FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER2_ARATH      -1      50      145     Cath\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_11</a></html>   Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_11</a></html>       Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q93Z60_ARATH    -1      52      118     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      96      96      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      99      99      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_13</a></html>   FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_MAIZE      -1      50      145     Cath\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 52_12</a></html>   O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 52_12</a></html>       O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  O80429_MAIZE    -1      42      137     Cath\r
 ENDGROUP       uniprot\r
 \r
diff --git a/examples/plantfdx.features b/examples/plantfdx.features
index eb5f0d3..a23d152 100644 (file)
--- a/examples/plantfdx.features
+++ b/examples/plantfdx.features
@@ -14,22 +14,22 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      44      44      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>   FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
 Chloroplast    FER_CAPAN       -1      1       47      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL
 Phosphothreonine       FER_CAPAN       -1      136     136     MOD_RES
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html> FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
 Chloroplast    FER1_SOLLC      -1      1       47      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html> FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
 Evidence: EI4  Q93XJ9_SOLTU    -1      1       48      SIGNAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_130</a></html>     Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html> Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
 Chloroplast    FER1_PEA        -1      1       52      TRANSIT
 L -> I (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      59      59      VARIANT
 I -> L (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      85      85      VARIANT
@@ -38,14 +38,14 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER1_PEA        -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL
 YPTS -> PPPA (in Ref. 2)       FER1_PEA        -1      132     135     CONFLICT
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 63_138</a></html>     Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 63_138</a></html> Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
 Chloroplast    FER1_MESCR      -1      1       51      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 59_134</a></html>     FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 59_134</a></html> FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
 Chloroplast    FER1_SPIOL      -1      1       50      TRANSIT
 STRAND FER1_SPIOL      -1      52      59      STRAND
 TURN   FER1_SPIOL      -1      60      61      TURN
@@ -68,7 +68,7 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)  FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL
 STRAND FER1_SPIOL      -1      130     133     STRAND
 STRAND FER1_SPIOL      -1      135     138     STRAND
 HELIX  FER1_SPIOL      -1      142     144     HELIX
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 58_133</a></html>     FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 58_133</a></html> FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
 I -> V         FER3_RAPSA      -1      8       8       VARIANT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL
@@ -77,25 +77,25 @@ S -> T      FER3_RAPSA      -1      55      55      VARIANT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL
 R -> K         FER3_RAPSA      -1      91      91      VARIANT
 M -> V         FER3_RAPSA      -1      95      95      VARIANT
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>   FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
 Chloroplast    FER1_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      129     129     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_ARATH      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER1_ARATH      -1      60      135     Pfam
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>   FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
 Chloroplast    FER2_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_118</a></html>     Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_118</a></html> Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
 Chloroplast    FER1_MAIZE      -1      1       52      TRANSIT
 STRAND FER1_MAIZE      -1      57      59      STRAND
 STRAND FER1_MAIZE      -1      72      74      STRAND
@@ -113,6 +113,6 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL
 STRAND FER1_MAIZE      -1      132     135     STRAND
 STRAND FER1_MAIZE      -1      137     141     STRAND
 TURN   FER1_MAIZE      -1      142     142     TURN
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 52_127</a></html>     O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 52_127</a></html> O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
 ENDGROUP       uniprot