git://source.jalview.org / jalview.git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 286a98d)
wrap tooltips and revise layout (JAL-644)
authorjprocter <Jim Procter>
Thu, 9 Sep 2010 15:33:03 +0000 (15:33 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Thu, 9 Sep 2010 15:33:03 +0000 (15:33 +0000)
src/jalview/util/GroupUrlLink.java patch | blob | history
src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java patch | blob | history

diff --git a/src/jalview/util/GroupUrlLink.java b/src/jalview/util/GroupUrlLink.java
index 27b81d4..ef32e99 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/GroupUrlLink.java
+++ b/src/jalview/util/GroupUrlLink.java
@@ -25,6 +25,7 @@ import java.util.Vector;
 
 public class GroupUrlLink
 {
+
   /**
    * Helper class based on the UrlLink class which enables URLs to be
    * constructed from sequences or IDs associated with a group of sequences. URL
@@ -68,6 +69,18 @@ public class GroupUrlLink
       { "SEQUENCEIDS", "SEQUENCES", "DATASETID" };
     }
   }
+  /**
+   * test for GroupURLType bitfield (with default tokens)
+   */
+  public static final int SEQUENCEIDS = 1;
+  /**
+   * test for GroupURLType bitfield (with default tokens)
+   */
+  public static final int SEQUENCES = 2;
+  /**
+   * test for GroupURLType bitfield (with default tokens)
+   */
+  public static final int DATASETID = 4;
 
   // private int idseg = -1, seqseg = -1;
 
diff --git a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java b/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
index 53d5b4a..ae2792c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
+++ b/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
@@ -23,6 +23,7 @@ import jalview.datamodel.SequenceGroup;
 import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.gui.AlignFrame;
 import jalview.gui.Desktop;
+import jalview.gui.JvSwingUtils;
 import jalview.util.GroupUrlLink;
 
 import java.awt.Component;
@@ -35,6 +36,7 @@ import java.io.BufferedReader;
 import java.io.InputStreamReader;
 import java.net.URL;
 import java.util.Hashtable;
+import java.util.Map;
 import java.util.Vector;
 
 import javax.swing.JMenu;
@@ -281,7 +283,7 @@ public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
    */
   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, String descr,
-          final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
+          String dbname, final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
   {
     Component[] jmi = linkMenu.getMenuComponents();
     for (int i = 0; i < jmi.length; i++)
@@ -293,10 +295,20 @@ public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
         return;
       }
     }
+    boolean seqsorids = (urlgenerator.getGroupURLType() & urlgenerator.SEQUENCEIDS) == 0;
+    int i = urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub);
     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
-    item.setToolTipText("Submit ("
-            + urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub)
-            + " seqs) to workflow: " + descr);
+    // 
+    if (dbname==null || dbname.trim().length()==0)
+    {
+      dbname = "";
+    }
+    item.setToolTipText("<html>"
+            + JvSwingUtils.wrapTooltip("Submit " + i + " " +
+                    dbname +" "
+                    + (seqsorids ? "sequence" : "sequence id") + (i > 1 ? "s" : "")
+                    
+            + " to<br/>" + descr) + "</html>");
     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
     {
       public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -388,10 +400,6 @@ public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
     // sequence only URLs
     // ID/regex match URLs
     JMenu groupLinksMenu = new JMenu("Group Link");
-    JMenu[] linkMenus = new JMenu[]
-    { null, new JMenu("IDS"), new JMenu("Sequences"),
-        new JMenu("IDS and Sequences") }; // three types of url that might be
-                                          // created.
     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
     Hashtable commonDbrefs = new Hashtable();
     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
@@ -453,12 +461,12 @@ public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
       }
     }
     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
-    boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
-                             // to user
+    Hashtable<String, JMenu[]> gurlMenus = new Hashtable<String, JMenu[]>();
     for (int i = 0; i < groupURLLinks.size(); i++)
     {
       String link = groupURLLinks.elementAt(i).toString();
       String descr = groupURLdescr.elementAt(i).toString();
+
       // boolean specialCase =
       // additionalPar.elementAt(i).toString().equals(BACKGROUND);
       GroupUrlLink urlLink = null;
@@ -478,6 +486,18 @@ public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
         continue;
       }
       final String label = urlLink.getLabel();
+      // create/recover the sub menus that might be populated for this link.
+      JMenu[] wflinkMenus = gurlMenus.get(label);
+      if (wflinkMenus == null)
+      {
+        // three types of url that might be
+        // created.
+        wflinkMenus = new JMenu[]
+        { null, new JMenu("IDS"), new JMenu("Sequences"),
+            new JMenu("IDS and Sequences") };
+        gurlMenus.put(label, wflinkMenus);
+      }
+
       boolean usingNames = false;
       // Now see which parts of the group apply for this URL
       String ltarget;
@@ -500,30 +520,35 @@ public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
               seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
             }
           }
-          addMenu = addMenu
-                  | createAndAddLinks(linkMenus, false, urlLink, label,
-                          ltarget, descr, ids, seqstr);
+          createAndAddLinks(wflinkMenus, false, urlLink, ltarget, null,
+                  descr, ids, seqstr);
         }
       }
       // also do names only.
       seqstr = idandseqs[1];
       ids = idandseqs[0];
-      addMenu = addMenu
-              | createAndAddLinks(linkMenus, true, urlLink, label, "Names",
-                      descr, ids, seqstr);
+      createAndAddLinks(wflinkMenus, true, urlLink, "Any", null, descr,
+              ids, seqstr);
     }
-    if (addMenu)
+    boolean anyadded = false; // indicates if there are any group links to give
+    // to user
+    for (Map.Entry<String, JMenu[]> menues : gurlMenus.entrySet())
     {
-      groupLinksMenu = new JMenu("Group Links");
-      for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
+      JMenu grouplinkset = new JMenu(menues.getKey());
+      JMenu[] wflinkMenus = menues.getValue();
+      for (int m = 0; m < wflinkMenus.length; m++)
       {
-        if (linkMenus[m] != null
-                && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
+        if (wflinkMenus[m] != null
+                && wflinkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
         {
-          groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
+          anyadded = true;
+          grouplinkset.add(wflinkMenus[m]);
         }
       }
-
+      groupLinksMenu.add(grouplinkset);
+    }
+    if (anyadded)
+    {
       return groupLinksMenu;
     }
     return null;
@@ -542,10 +567,17 @@ public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
       // +" "+((String[])urlset[3])[0]);
       // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
       // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
-      addshowLink(linkMenus[type], label
-              + " "
-              + (usingNames ? (((type & 1) == 1) ? "(Names)" : "") : ("("
-                      + ltarget + ")")), descr, urlLink, urlset);
+      addshowLink(
+              linkMenus[type],
+              label
+                      + " "
+                      + (ltarget == null ? (((type & 1) == 1 ? "ID"
+                              : "Sequence") + (urlLink
+                              .getNumberInvolved(urlset) > 1 ? "s" : ""))
+                              : (usingNames ? (((type & 1) == 1) ? "(Names)"
+                                      : "")
+                                      : ("(" + ltarget + ")"))), descr,
+              usingNames ? null : label, urlLink, urlset);
       return true;
     }
     return false;