Edited wiki page PhyloBioRuby through web user interface.
authorcmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Sun, 27 Feb 2011 04:23:29 +0000 (04:23 +0000)
committercmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Sun, 27 Feb 2011 04:23:29 +0000 (04:23 +0000)
wiki/PhyloBioRuby.wiki

index 856e7d5..80d1927 100644 (file)
@@ -15,12 +15,16 @@ Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in !BioRuby -
 
 === Reading in a Multiple Sequence Alignment from a File ===
 
-_... to be done_
+Reading in a clustalw formatted multiple sequence alignment:
 
 {{{
 #!/usr/bin/env ruby
 require 'bio'
 
+# Reads in a clustalw formatted multiple sequence alignment
+# from a file named "infile_clustalw.aln" and stores it in 'report'.
+report = Bio::ClustalW::Report.new(File.read('infile_clustalw.aln'))
+
 }}}