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-<head><title>Colour Schemes</title></head>\r
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+<title>Colour Schemes</title>\r
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+td {\r
+ font-family: "Courier New", Courier, mono;\r
+ font-style: normal;\r
+ font-size: medium;\r
+}\r
+-->\r
+</style>\r
+</head>\r
<body>\r
<p><strong>Colour schemes</strong></p>\r
<p>Jalview allows the user to set a background colour for the whole alignment\r
menu.</p>\r
<p>To change the colour of a group, right click on any residue within a group\r
and use the popup menu to define the group colour. </p>\r
-<p>At the top of the "Colour" menu the tick box "Apply Background\r
- Colour to all groups". This is automatically ticked as default and means\r
- the chosen colour will be applied to all existing groups. If you wish to maintain\r
- the colour scheme for defined groups, make sure you deselect this option before\r
+<p>At the top of the "Colour" menu the tick box "Apply Background \r
+ Colour to all groups". This is automatically ticked as default and means \r
+ the chosen colour will be applied to all existing groups. If you wish to maintain \r
+ the colour scheme for defined groups, make sure you deselect this option before \r
changing the background colour.</p>\r
-<p> </p>\r
-<p> </p>\r
-<p> </p>\r
-<p> </p>\r
+ \r
+<div align="center">\r
+ <p> </p><table border="1">\r
+ <tr> \r
+ <td><table border="0">\r
+ <tr> \r
+ <td nowrap></td>\r
+ <td>A</td>\r
+ <td>R</td>\r
+ <td>N</td>\r
+ <td>D</td>\r
+ <td>C</td>\r
+ <td>Q</td>\r
+ <td>E</td>\r
+ <td>G</td>\r
+ <td>H</td>\r
+ <td>I</td>\r
+ <td>L</td>\r
+ <td>K</td>\r
+ <td>M</td>\r
+ <td>F</td>\r
+ <td>P</td>\r
+ <td>S</td>\r
+ <td>T</td>\r
+ <td>W</td>\r
+ <td>Y</td>\r
+ <td>V</td>\r
+ <td>B</td>\r
+ <td>X</td>\r
+ <td>Z</td>\r
+ </tr>\r
+ <tr> \r
+ <td height="24">Zappo</td>\r
+ <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
+ <td bgcolor="#6464ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
+ <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
+ <td bgcolor="#ffff00"></td>\r
+ <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
+ <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
+ <td bgcolor="#ff00ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#6464ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
+ <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
+ <td bgcolor="#6464ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
+ <td bgcolor="#ffc800"></td>\r
+ <td bgcolor="#ff00ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
+ <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
+ <td bgcolor="#ffc800"></td>\r
+ <td bgcolor="#ffc800"></td>\r
+ <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
+ <td></td>\r
+ <td></td>\r
+ <td></td>\r
+ </tr>\r
+ <tr> \r
+ <td>Taylor</td>\r
+ <td bgcolor="#ccff00"></td>\r
+ <td bgcolor="#0000ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#cc00ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
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+ <td bgcolor="#ff0066"></td>\r
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+ <td bgcolor="#00ff66"></td>\r
+ <td bgcolor="#ffcc00"></td>\r
+ <td bgcolor="#ff3300"></td>\r
+ <td bgcolor="#ff6600"></td>\r
+ <td bgcolor="#00ccff"></td>\r
+ <td bgcolor="#00ffcc"></td>\r
+ <td bgcolor="#99ff00"></td>\r
+ <td></td>\r
+ <td></td>\r
+ <td></td>\r
+ </tr>\r
+ <tr> \r
+ <td>Hydrophobicity</td>\r
+ <td bgcolor="#ad0052"></td>\r
+ <td bgcolor="#0000ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
+ <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
+ <td bgcolor="#c2003d"></td>\r
+ <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
+ <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
+ <td bgcolor="#6a0095"></td>\r
+ <td bgcolor="#1500ea"></td>\r
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+ <td bgcolor="#0000ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#b0004f"></td>\r
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+ <td bgcolor="#4f00b0"></td>\r
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+ <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
+ <td bgcolor="#680097"></td>\r
+ <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
+ </tr>\r
+ <tr> \r
+ <td>Helix Propensity</td>\r
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+ <td bgcolor="#6f906f"></td>\r
+ <td bgcolor="#1be41b"></td>\r
+ <td bgcolor="#778877"></td>\r
+ <td bgcolor="#23dc23"></td>\r
+ <td bgcolor="#926d92"></td>\r
+ <td bgcolor="#ff00ff"></td>\r
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+ <td bgcolor="#758a75"></td>\r
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+ <td bgcolor="#47b847"></td>\r
+ <td bgcolor="#8a758a"></td>\r
+ <td bgcolor="#21de21"></td>\r
+ <td bgcolor="#857a85"></td>\r
+ <td bgcolor="#49b649"></td>\r
+ <td bgcolor="#758a75"></td>\r
+ <td bgcolor="#c936c9"></td>\r
+ </tr>\r
+ <tr> \r
+ <td nowrap>Strand Propensity</td>\r
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+ <td bgcolor="#4343bc"></td>\r
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+ </tr>\r
+ <tr> \r
+ <td>Turn Propensity</td>\r
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+ <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
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+ <td bgcolor="#738c8c"></td>\r
+ <td bgcolor="#9d6262"></td>\r
+ <td bgcolor="#07f8f8"></td>\r
+ <td bgcolor="#f30c0c"></td>\r
+ <td bgcolor="#7c8383"></td>\r
+ <td bgcolor="#5ba4a4"></td>\r
+ </tr>\r
+ <tr> \r
+ <td>Buried Index</td>\r
+ <td bgcolor="#00a35c"></td>\r
+ <td bgcolor="#00fc03"></td>\r
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+ <td bgcolor="#00eb14"></td>\r
+ <td bgcolor="#0000ff"></td>\r
+ <td bgcolor="#00f10e"></td>\r
+ <td bgcolor="#00f10e"></td>\r
+ <td bgcolor="#009d62"></td>\r
+ <td bgcolor="#00d52a"></td>\r
+ <td bgcolor="#0054ab"></td>\r
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+ <td bgcolor="#00d52a"></td>\r
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+ </tr>\r
+ </table></td>\r
+ </tr>\r
+ </table>\r
+</div>\r
+<p align="center"> </p>\r
+<p align="center"> </p>\r
</body>\r
</html>\r
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