JAL-4090 fix url to new cli docs
authorJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Fri, 29 Sep 2023 11:59:53 +0000 (12:59 +0100)
committerJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Fri, 29 Sep 2023 11:59:53 +0000 (12:59 +0100)
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index dbafc08..cf91e3a 100644 (file)
@@ -17,7 +17,7 @@ Jalview 2's original command line interface (CLI) allowed alignments to be impor
   * 3D structure data shown in Jmol can be exported as PNG
   * Scale factors and dimensions can be specified, allowing high resolution image exports
 
-In addition to these new functionality, next generation CLI operations can be applied to a range of files and directories through the use of wild-cards. This allows faster and more efficient processing of large numbers of alignments. It also facilitates modularisation of operations through the use of ['command-line argument files'](../features/clarguments-argfiles.html). 
+In addition to these new functionality, next generation CLI operations can be applied to a range of files and directories through the use of wild-cards. This allows faster and more efficient processing of large numbers of alignments. It also facilitates modularisation of operations through the use of ['command-line argument files'](features/clarguments-argfiles.html). 
 
 All new CLI parameters are preceded by '--', as opposed to an optional single '-' which was used in Jalview's old CLI. Old style arguments can still be used, so existing scripts will still work as before, but old-style operations cannot be mixed with new operations in the same CLI call. Use of old command line operations will also raise a warning, and we plan to completely remove support in Jalview's next major release (2.12).