git://source.jalview.org / jalview.git / commitdiff
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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (from parent 1: a968160)
new files
authoramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Fri, 11 Aug 2006 14:19:46 +0000 (14:19 +0000)
committeramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Fri, 11 Aug 2006 14:19:46 +0000 (14:19 +0000)
help/html/calculations/consensus.html [new file with mode: 0644] patch | blob
help/html/features/das.jpg [new file with mode: 0644] patch | blob
help/html/features/dassettings.html [new file with mode: 0644] patch | blob

diff --git a/help/html/calculations/consensus.html b/help/html/calculations/consensus.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ce11687
--- /dev/null
+++ b/help/html/calculations/consensus.html
@@ -0,0 +1,13 @@
+<html>\r
+<head><title>Alignment Consensus Annotation</title></head>\r
+<body>\r
+<p><strong>Alignment Consensus Annotation</strong></p>\r
+<p>The consensus displayed below the alignment is the percentage of the modal \r
+  residue per column. By default this calculation takes includes gaps in column. \r
+  You can choose to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label \r
+  &quot;Consensus&quot; to the left of the consensus bar chart. \r
+<p>If the modal value is shared by more than 1 residue, a &quot;+&quot; symbol \r
+  is used in the display for the simple reason that it is not possible to display \r
+  multiple characters in a single character space.\r
+</body>\r
+</html>\r
diff --git a/help/html/features/das.jpg b/help/html/features/das.jpg
new file mode 100644 (file)
index 0000000..78e061b
Binary files /dev/null and b/help/html/features/das.jpg differ
diff --git a/help/html/features/dassettings.html b/help/html/features/dassettings.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..4e89532
--- /dev/null
+++ b/help/html/features/dassettings.html
@@ -0,0 +1,26 @@
+<html>\r
+\r
+<head><title>DAS Settings</title></head>\r
+\r
+<body>\r
+<p><strong>DAS Settings</strong></p>\r
+<p>Jalview can retrieve features from multiple <a href="http://biodas.org/">DAS</a> \r
+  sources. The DAS sources are selected in the DAS settings panel.</p>\r
+<p><img src="das.jpg" width="497" height="365">\r
+<p>On start up of the DAS Settings panel, Jalview will use the registry URL (default \r
+  is http://das.sanger.ac.uk/registry/das1/sources/) to retrieve a list of currently \r
+  available DAS sources. These are all listed in the table using the sources' \r
+  Nickname as an identifier. <br>\r
+  Click on a Nickname in the table to reveal more information about that service \r
+  in the panel to the right of the table. \r
+<p>You can filter the visible DAS sources by authority, type and &quot;label&quot;. \r
+  You should read the DAS documentation to understand more about these values.\r
+<p>Tick the box &quot;Use Source&quot; so that Jalview will use a particular source \r
+  when fetching features. \r
+<p>You can add your own DAS source to the list by clicking the &quot;Add Local \r
+  Source&quot; button. Enter the URL and nickname of your additional service. \r
+  It should be noted that Jalview 2.1 will not query additional sources for more \r
+  information, but this will be implemented in future editions. \r
+<p>&nbsp;\r
+</body>\r
+</html>\r