JAL-1667 JAL-1668 updated reviewed and updated docs
authortcofoegbu <tcnofoegbu@dundee.ac.uk>
Wed, 15 Jul 2015 13:25:15 +0000 (14:25 +0100)
committertcofoegbu <tcnofoegbu@dundee.ac.uk>
Wed, 15 Jul 2015 13:25:15 +0000 (14:25 +0100)
help/html/features/pdbsequencefetcher.html
help/html/features/structurechooser.html

index 15dc2c6..990a1c9 100644 (file)
 <body>
 
        <strong>PDB Sequence Fetcher</strong>
-       <p>From Jalview 2.x.x a speciliased interface was introduced for
+       <p>From Jalview 2.9 a specialised interface was introduced for
                fast and efficient discovery/retrieval of sequence data from the PDB
                database. The introduced interface enables live querying of PDB data
                on-the-fly thereby eliminating the need to memorise database accession
-               or to cross-reference other bioinformatics websites before retrieving
-               a sequence data in jalview. The underlying technology is provided by
+               or to manually cross-reference other bioinformatics websites before retrieving
+               sequence data in Jalview. The underlying technology is provided by
                EBI and is based on Apache Solr which is a text based search engine.</p>
        <p>
                The PDB Sequence Fetcher interface can be opened by selecting <strong>PDB</strong>
        </p>
        <p>
                <img src="pdbseqfetcher.png" align="left"
-                       alt="PDB sequence fetcher (introduced in Jalview 2.x.x)">
+                       alt="PDB sequence fetcher (introduced in Jalview 2.9)">
        </p>
 
-       <strong>Searching the PDB Database</strong>
-       <br> Once the interface is opened, typing in the search text box
-       will execute a live query to the PDB database and display the results
-       on-the-fly as seen in the screen-shot above. Use the drop-down menu to
-       select a specific field to search by in the PDB database, the default
-       option is
-       <strong>'ALL'</strong>. Furthermore, the PDB search interface also
-       provides the following functionalities:
+       <p><strong>Searching the PDB Database</strong></p>
+       <p>When the interface is opened, a live query to the PDB database is 
+       executed every time a character is typed into the search text box, and 
+       a result is displayed on-the-fly as seen in the screenshot above.</p>
+       
+       <p>Use the drop-down menu to select a specific field to search by in the PDB database, the default
+       option is <strong>'ALL'</strong>.</p>
+       
+       <p> Furthermore, the PDB search interface also provides the following functionalities:</p>
        <ul>
                <li>Retrieving a unique chain for a PDB entry: <br>To
                        retrieve a specific chain for a PDB entry, append the PDB ID with a
        <p>
                <strong>Importing Sequence</strong><br> After querying the PDB
                database, to import the found data into Jalview, select the entries
-               you wish to import then click the ok button at the bottom of the
+               you wish to import then click the 'Ok' button at the bottom of the
                interface.
        </p>
        <p>
                <em>The PDB Sequence Fetcher interface was introduced in Jalview
-                       2.x.x.</em>
+                       2.9</em>
        </p>
 </body>
 </html>
\ No newline at end of file
index 7dd69c1..039fdb0 100644 (file)
        </ul>
 
        <p>
-               <em>The Structure Chooser interface was introduced in Jalview 2.x.x.
+               <em>The Structure Chooser interface was introduced in Jalview 2.9.
                </em>
        </p>
 </body>