gsdi work

diff --git a/forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java b/forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java
index 44d3280..7ce94fc 100644 (file)
--- a/forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java
+++ b/forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java
@@ -158,8 +158,10 @@ public final class GSDI extends SDI {
         // Determine the sum of traversals.
         int traversals_sum = 0;
         int max_traversals = 0;
+       
         PhylogenyNode max_traversals_node = null;
         if ( !s.isExternal() ) {
+            
             for( int i = 0; i < s.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
                 final PhylogenyNode current_node = s.getChildNode( i );
                 final int traversals = getTraversalCount( current_node );
@@ -168,6 +170,7 @@ public final class GSDI extends SDI {
                     max_traversals = traversals;
                     max_traversals_node = current_node;
                 }
+               
             }
         }
         // System.out.println( " sum=" + traversals_sum );
@@ -200,6 +203,7 @@ public final class GSDI extends SDI {
                 event = createDuplicationEvent();
                 //   _transversal_counts.clear();
             }
+            normalizeTcounts( s );
         }
         else {
             event = createSpeciationEvent();
@@ -207,6 +211,23 @@ public final class GSDI extends SDI {
         g.getNodeData().setEvent( event );
     }
 
+    private void normalizeTcounts( final PhylogenyNode s ) {
+        int min_traversals = Integer.MAX_VALUE;
+        for( int i = 0; i < s.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
+            final PhylogenyNode current_node = s.getChildNode( i );
+            final int traversals = getTraversalCount( current_node );
+          
+            if ( traversals < min_traversals ) {
+                min_traversals = traversals;
+                
+            }
+        }
+        for( int i = 0; i < s.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
+            final PhylogenyNode current_node = s.getChildNode( i );
+            _transversal_counts.put( current_node, getTraversalCount( current_node  ) - min_traversals );
+        }
+    }
+
     /**
      * Traverses the subtree of PhylogenyNode g in postorder, calculating the
      * mapping function M, and determines which nodes represent speciation
@@ -229,7 +250,7 @@ public final class GSDI extends SDI {
                 }
             }
             if ( all_ext ) {
-                _transversal_counts.clear();
+                //_transversal_counts.clear();
             }
             for( int i = 0; i < g.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
                 geneTreePostOrderTraversal( g.getChildNode( i ) );

diff --git a/forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java b/forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java
index adf9833..18ce53f 100644 (file)
--- a/forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java
+++ b/forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java
@@ -28,6 +28,7 @@ package org.forester.sdi;
 import java.io.IOException;
 
 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
+import org.forester.development.DevelopmentTools;
 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
@@ -649,574 +650,574 @@ public final class TestGSDI {
             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
                 return false;
             }
-            //            final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
-            //            final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
-            //            if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
-            //            final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
-            //            if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
-            //            final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
-            //            if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
-            //            final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
-            //            if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
-            //            final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
-            //            if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
-            //            final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
-            //            if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
-            //            final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
-            //            if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
-            //            final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
-            //            if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
-            //            final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
-            //            if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
-            //            final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
-            //            if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
+                        final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
+                        final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
+                        if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
+                        final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
+                        if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
+                        final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
+                        if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
+                        final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
+                        if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
+                        final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
+                        if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
+                        final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
+                        if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
+                        final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
+                        if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
+                        final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
+                        if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
+                        final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
+                        if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
+                        final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
+                        if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
             //            //-
-            //            final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
-            //            final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false );
-            //            Archaeopteryx.createApplication( g2_33_d );
-            //            //  Archaeopteryx.createApplication( s2 );
-            //            //-
-            //            final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
-            //            final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
-            //            Archaeopteryx.createApplication( g2_33 );
-            //            // Archaeopteryx.createApplication( s2 );
-            //            if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
-            //            final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
-            //            if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
-            //            final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
-            //            if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
-            //            final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
-            //            if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
-            //            final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
-            //            if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
-            //            final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
-            //            if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
-            //            final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
-            //            if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
-            //            final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
-            //            if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
-            //            DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
-            //            final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
-            //                            + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
-            //                            + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
-            //                            + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
-            //                            + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
-            //                            + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
-            //                            + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
-            //                            + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
-            //                            + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
-            //                            + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
-            //                            + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
-            //                            + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
-            //            final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
-            //            if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
-            //                    .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
-            //                            + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
-            //                            + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
-            //                            + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
-            //                            + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
-            //                            + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
-            //                            + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
-            //                            + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
-            //                            + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
-            //                            + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
-            //                            + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
-            //                            + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
-            //                            + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
-            //            final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
-            //            if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
-            //                return false;
-            //            }
-            //            if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
-            //                return false;
-            //            }
+                        final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
+                        final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false );
+                        Archaeopteryx.createApplication( g2_33_d );
+                        //  Archaeopteryx.createApplication( s2 );
+                        //-
+                        final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
+                        final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
+                        Archaeopteryx.createApplication( g2_33 );
+                        // Archaeopteryx.createApplication( s2 );
+                        if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
+                        final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
+                        if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
+                        final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
+                        if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
+                        final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
+                        if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
+                        final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
+                        if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
+                        final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
+                        if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
+                        final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
+                        if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
+                        final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
+                        if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
+                        DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
+                        final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
+                                        + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
+                                        + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
+                                        + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
+                                        + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
+                                        + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
+                                        + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
+                                        + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
+                                        + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
+                                        + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
+                                        + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
+                                        + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
+                        final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
+                        if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
+                            return false;
+                        }
+                        final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
+                                .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
+                                        + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
+                                        + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
+                                        + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
+                                        + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
+                                        + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
+                                        + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
+                                        + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
+                                        + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
+                                        + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
+                                        + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
+                                        + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
+                                        + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
+                        final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
+                        if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
+                            return false;
+                        }
+                        if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
+                            return false;
+                        }
             //---------------------
-            // final String g2_0_ =
-            // "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
-            // final Phylogeny g2_0 = factory.create( g2_0_, new NHXParser() )[
-            // 0 ];
-            // g2_0.setRooted( true );
-            // final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
-            // if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            // return false;
-            // }
-            // final String g2_1_= "";
-            // final Phylogeny g2_1 = factory.create( g2_1_, new NHXParser() )[
-            // 0 ];
-            // g2_1.setRooted( true );
-            // final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
-            // if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
-            // return false;
-            // }
+//             final String g2_0_ =
+//             "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
+//             final Phylogeny g2_0 = factory.create( g2_0_, new NHXParser() )[
+//             0 ];
+//             g2_0.setRooted( true );
+//             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
+//             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+//             return false;
+//             }
+//             final String g2_1_= "";
+//             final Phylogeny g2_1 = factory.create( g2_1_, new NHXParser() )[
+//             0 ];
+//             g2_1.setRooted( true );
+//             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
+//             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+//             return false;
+//             }
         }
         catch ( final Exception e ) {
             e.printStackTrace( System.out );