Edited wiki page RIO through web user interface.
authorcmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Thu, 20 Dec 2012 18:21:29 +0000 (18:21 +0000)
committercmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Thu, 20 Dec 2012 18:21:29 +0000 (18:21 +0000)
wiki/RIO.wiki

index 04186a7..c1f05a2 100644 (file)
@@ -30,6 +30,10 @@ The species tree ideally is in [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/356/ p
 The species tree is allowed to have nodes with more than two descendants (polytomies), as long as the (slower) GSDIR ([GSDI GSDI] re-rooting) algorithm is used. 
 
 
+==== Note ====
+Since the Java memory default allocation too small for even moderately large data-sets, it is necessary to increase it with the `-Xmx2048m` command line option.
+
+
 === Examples ===
 `rio gene_trees.nh species.xml outtable.tsv log.txt`