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authorcmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Fri, 29 Jun 2012 19:22:16 +0000 (19:22 +0000)
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index c3673aa..13c8c4e 100644 (file)
@@ -16,9 +16,7 @@ path/to/forester.jar org.forester.application.gsdi [-options] <gene tree in phyl
 
   * -g: to allow stripping of gene tree nodes without a matching species in the species tree
  
-  * -m: use most parimonious duplication model for GSDI:
-     assign nodes as speciations which would otherwise be assiged
-     as potential duplications due tp polytomies in the species tree
+  * -m: use most parimonious duplication model for GSDI: assign nodes as speciations which would otherwise be assiged as potential duplications due tp polytomies in the species tree
   * -q: to allow species tree in other formats than phyloXML (i.e. Newick, NHX, Nexus)
   * -b: to use SDIse algorithm instead of GSDI algorithm (for binary species trees)