JAL-4473 whatsNew 2.11.4.1 patch/fix_JAL-4470_JAL-4471_for_2_11_4_1
authorJim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
Fri, 4 Oct 2024 16:06:44 +0000 (17:06 +0100)
committerJim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
Fri, 4 Oct 2024 16:06:44 +0000 (17:06 +0100)
help/markdown/whatsnew/whatsnew-2_11_4_1.md [new file with mode: 0644]

diff --git a/help/markdown/whatsnew/whatsnew-2_11_4_1.md b/help/markdown/whatsnew/whatsnew-2_11_4_1.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c102c29
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,26 @@
+The 2.11.4 series is the fourth in the minor-release trilogy planned for Jalview's 2.11 series. 
+
+This release adds new capabilities for visualisation and clustering of protein secondary structure annotations, 
+along with enhanced control of the display and analysis of secondary structure from different 
+sources of 3D structure and prediction. 
+
+The <a href="calculations/calculations.html">Calculations dialog</a> has also been revised to accommodate a new implementation of 
+the spatial clustering method <a href="calculations/pasimap.html">PASiMap</a> 
+([Su et al. 2022 <i>Comp. Struc. Biotech.</i>](https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.09.034)) 
+which was added to Jalview by Thomas Morell and Jennifer Fleming.
+
+Jalview 2.11.4 also has new installers and command line scripts that bring several 
+minor improvements, and also makes it easier for IT admins to manage Jalview installations
+on computers used by many different people. New installations of Jalview will by default 
+store updates in user's home directories, Automatic updates can also be disabled, and 
+updates instead carried out using a new jalview_update command line tool.
+
+<a name="experimental"/>
+
+<strong>Experimental features</strong>
+
+This release includes experimental support (enabled in the Tools menu) for
+handling drag'n'drop of alignment, tree, annotations and feature file(s) 
+onto the Jalview Desktop. They can also be dragged onto the Jalview icon.
+
\ No newline at end of file