Merge branch 'develop' of http://source.jalview.org/git/jalview into develop
authorJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Thu, 26 May 2016 14:21:24 +0000 (15:21 +0100)
committerJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Thu, 26 May 2016 14:21:24 +0000 (15:21 +0100)
examples/exampleFeatures.txt
examples/plantfdx.features
help/html/features/featuresettings.html
help/html/features/mmcif.html [new file with mode: 0644]
help/html/features/seqmappings.html
help/html/features/sifts_mapping_output.png [new file with mode: 0644]
help/html/features/siftsmapping.html [new file with mode: 0644]
help/html/features/viewingpdbs.html
src/jalview/analysis/Conservation.java
src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
test/jalview/io/FeaturesFileTest.java

index 2dc4b6d..c0098a9 100755 (executable)
@@ -26,73 +26,74 @@ BETA-TURN-IIL       8b5b50
 ST-MOTIF       ac25a1
 
 STARTGROUP     uniprot
+<html><a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam family</a></html>     FER_CAPAA       -1      0       0       Pfam
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      44      44      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html>     FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_CAPAA       -1      3       93      Cath
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>   FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_CAPAN       -1      45      140     Cath
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>   FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_SOLLC      -1      45      140     Cath
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>   Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q93XJ9_SOLTU    -1      45      140     Cath
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>   FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_PEA        -1      50      145     Cath
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 63_13</a></html>       Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 63_13</a></html>   Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q7XA98_TRIPR    -1      53      148     Cath
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 59_13</a></html>       FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 59_13</a></html>   FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_MESCR      -1      49      144     Cath
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      89      89      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      94      94      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      97      97      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 58_13</a></html>       FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 58_13</a></html>   FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_SPIOL      -1      48      143     Cath
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      47      47      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html>     FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER3_RAPSA      -1      3       93      Cath
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html>     FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_BRANA       -1      2       96      Cath
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>   FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER2_ARATH      -1      50      145     Cath
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_11</a></html>       Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_11</a></html>   Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q93Z60_ARATH    -1      52      118     Cath
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>   FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_MAIZE      -1      50      145     Cath
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 52_12</a></html>       O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 52_12</a></html>   O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  O80429_MAIZE    -1      42      137     Cath
 ENDGROUP       uniprot
 
index a23d152..872dadc 100644 (file)
@@ -14,22 +14,22 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      44      44      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>   FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
 Chloroplast    FER_CAPAN       -1      1       47      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL
 Phosphothreonine       FER_CAPAN       -1      136     136     MOD_RES
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html> FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
 Chloroplast    FER1_SOLLC      -1      1       47      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html> FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
 Evidence: EI4  Q93XJ9_SOLTU    -1      1       48      SIGNAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html> Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html>     Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
 Chloroplast    FER1_PEA        -1      1       52      TRANSIT
 L -> I (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      59      59      VARIANT
 I -> L (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      85      85      VARIANT
@@ -38,14 +38,14 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER1_PEA        -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL
 YPTS -> PPPA (in Ref. 2)       FER1_PEA        -1      132     135     CONFLICT
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 63_138</a></html> Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 63_138</a></html>     Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
 Chloroplast    FER1_MESCR      -1      1       51      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 59_134</a></html> FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 59_134</a></html>     FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
 Chloroplast    FER1_SPIOL      -1      1       50      TRANSIT
 STRAND FER1_SPIOL      -1      52      59      STRAND
 TURN   FER1_SPIOL      -1      60      61      TURN
@@ -68,7 +68,7 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)  FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL
 STRAND FER1_SPIOL      -1      130     133     STRAND
 STRAND FER1_SPIOL      -1      135     138     STRAND
 HELIX  FER1_SPIOL      -1      142     144     HELIX
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 58_133</a></html> FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 58_133</a></html>     FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
 I -> V         FER3_RAPSA      -1      8       8       VARIANT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL
@@ -77,25 +77,25 @@ S -> T      FER3_RAPSA      -1      55      55      VARIANT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL
 R -> K         FER3_RAPSA      -1      91      91      VARIANT
 M -> V         FER3_RAPSA      -1      95      95      VARIANT
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>   FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
 Chloroplast    FER1_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      129     129     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER1_ARATH      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_ARATH      -1      60      135     Pfam
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>   FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
 Chloroplast    FER2_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_118</a></html> Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_118</a></html>     Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
 Chloroplast    FER1_MAIZE      -1      1       52      TRANSIT
 STRAND FER1_MAIZE      -1      57      59      STRAND
 STRAND FER1_MAIZE      -1      72      74      STRAND
@@ -113,6 +113,6 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL
 STRAND FER1_MAIZE      -1      132     135     STRAND
 STRAND FER1_MAIZE      -1      137     141     STRAND
 TURN   FER1_MAIZE      -1      142     142     TURN
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 52_127</a></html> O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 52_127</a></html>     O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
 ENDGROUP       uniprot
index 9164afd..200fc8f 100755 (executable)
     the bottom of the list is rendered <em>below</em> a feature higher
     up in the list.<br> <em><strong>You can change
         the order of a feature by dragging it up and down the list with
-        the mouse</strong></em>.
+        the mouse (not applet)</strong></em>.
   </p>
   <p>
     The <strong><em>Optimise order</em></strong> button (currently only
diff --git a/help/html/features/mmcif.html b/help/html/features/mmcif.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6df0fd4
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,28 @@
+<!DOCTYPE html>
+<html>
+<head>
+<meta charset="UTF-8">
+<title>mmCIF File Format</title>
+</head>
+<body>
+       <strong>mmCIF File Format</strong>
+       <p>The mmCIF file format (macromolecular Crystallographic
+               Information) was developed under the auspices of the International Union of Crystallography (IUCr) to extend the Crystallographic Information
+               File (CIF) data representation used for describing small molecule
+               structures and associated diffraction experiments.</p>
+       <strong>Merits of mmCIF file format</strong>
+       <ul>
+               <li>Large structures (containing >62 chains and/or 99999 ATOM
+                       records) that cannot be fully represented in the PDB file format are
+                       available in the PDB archive as single PDBx/mmCIF files.</li>
+               <li>PDBx/mmCIF file format provides richer data annotation</li>         
+               <li>PDBx/mmCIF became the standard PDB archive format in 2014.
+                       Since 2016 the PDB File Format is no longer being modified or
+                       extended to support new content.
+               </li>
+       </ul>
+
+       <em>mmCIF file format support for importing 3D structure data from
+               flat file and EMBL-PDBe via mmCIF was added in Jalview 2.9.1</em>
+</body>
+</html>
\ No newline at end of file
index ac63c9e..60ac6ab 100644 (file)
@@ -42,5 +42,7 @@
     retrieved by the <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>, and
     allows sequence features to be mapped directly from Uniprot das
     sources to their coding region on EMBL sequence records.
+  </p>
+   <p>In Jalview 2.9.1 <a href="siftsmapping.html">SIFTS Mapping</a> was added as a better means for explicitly identifying the coordinates corresponding to a displayed sequence when viewing a PDB structure associated with a sequence </p>
 </body>
 </html>
diff --git a/help/html/features/sifts_mapping_output.png b/help/html/features/sifts_mapping_output.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3c28b81
Binary files /dev/null and b/help/html/features/sifts_mapping_output.png differ
diff --git a/help/html/features/siftsmapping.html b/help/html/features/siftsmapping.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c344a20
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,45 @@
+<!DOCTYPE html>
+<html>
+<head>
+<meta charset="UTF-8">
+<title>SIFTS Mapping</title>
+</head>
+<body>
+  <p><strong>SIFTS Mapping</strong></p>
+  
+  <p>
+       SIFTS (Structure integration with function, taxonomy
+       and sequences) provides an up-to-date resource for residue-level
+       mapping between Uniprot and PDB entries. The information is updated and
+       released weekly simultaneously with the release of new PDB entries.
+       SIFTS Entries are published as XML files and made publicly available via an FTP
+       site hosted at the European Bioinformatics Institute. 
+  </p>
+       
+  <p>
+    At the point of viewing a PDB structure, Jalview downloads a SIFTS file 
+       for the target entry and uses it to accurately map the sequence residues with the 
+       structure residue. Prior to SIFTS integration, Jalview uses Needleman and Wunsch 
+       Alignment algorithm to  map sequence residues to structure residues, and that may not 
+       always result to a correct mapping since it is computational determined.        
+  </p>
+  
+  <p>
+       The default method for 'Sequence &harr; Structure' mapping can be configured 
+       in the Structure tab in the <strong>Tools &rarr; Preferences</strong> dialog box. When 'SIFTS' 
+       is enabled as the default, all mappings between 'Sequence &harr; Structure' is 
+       performed via SIFTS provided that there is a valid SIFTS entry for PDB structure. If no 
+       valid SIFTS resource is available, then the 'Sequence &harr; Structure' mapping falls 
+       back to Needleman and Wunsch Alignment algorithm.
+  </p>
+       
+  <p>To verify the mapping method used, you can view the mapping output via the structure viewer menu <strong>File &rarr; View mapping.</strong> A sample mapping output can be seen in the screenshot below. The highlighted position shows the method used. </p>     
+  <p>
+       <img src="sifts_mapping_output.png" align="left" alt="SIFTS mapping output" />
+  </p>
+       
+  <p><em>SIFTS Mapping integration was added in Jalview 2.9.1</em></p>
+       
+</body>
+</html>
\ No newline at end of file
index 4d35516..d4819f1 100755 (executable)
   </p>
 
   <p>
+    <strong>Importing PDB Entries or files in mmCIF format</strong><br>
+    <a href="mmcif.html">mmCIF file format</a> provides an alternative means for 
+    importing 3D structure data from flat file and EMBL-PDBe 
+    web-service. To enable mmCIF as the default format for 
+    importing PBD sequences from the PDB sequence fetcher, add or modify the 
+    property  
+    <code>DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT=mmCIF</code> in Jalview properties file. 
+    Once this is done, the steps followed in retrieving PDB format files above can 
+    be followed to obtain the same data with mmCIF. <em>mmCIF format file support was added in Jalview 2.9.1.</em></p>
+    
+   
+
+  <p>
     <strong>Associating a large number of PDB files to
       sequences in an alignment</strong><br /> It is often the case when working
     with structure alignments that you will have a directory of PDB
index d4ae57d..7b3ce25 100755 (executable)
@@ -235,10 +235,7 @@ public class Conservation
               c = '-';
             }
 
-            if (!canonicaliseAa && 'a' <= c && c <= 'z')
-            {
-              c -= (32); // 32 = 'a' - 'A'
-            }
+            c = toUpperCase(c);
           }
           values[c]++;
         }
@@ -326,6 +323,7 @@ public class Conservation
       }
       else
       {
+        c = toUpperCase(c);
         nres++;
 
         if (nres == 1)
@@ -347,6 +345,22 @@ public class Conservation
   }
 
   /**
+   * Returns the upper-cased character if between 'a' and 'z', else the
+   * unchanged value
+   * 
+   * @param c
+   * @return
+   */
+  char toUpperCase(char c)
+  {
+    if ('a' <= c && c <= 'z')
+    {
+      c -= (32); // 32 = 'a' - 'A'
+    }
+    return c;
+  }
+
+  /**
    * Calculates the conservation sequence
    * 
    * @param consflag
index e567d20..71c8a39 100755 (executable)
@@ -407,6 +407,10 @@ public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 
+    /*
+     * open the database tree
+     */
+    database.waitForInput();
   }
 
   private void pdbSourceAction()
index 81d5b05..73d8826 100644 (file)
@@ -104,7 +104,7 @@ public class FeaturesFileTest
     sf = sfs[4];
     assertEquals("Fer2 Status: True Positive Pfam 8_8%LINK%",
             sf.description);
-    assertEquals("Pfam 8_8|http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111",
+    assertEquals("Pfam 8_8|http://pfam.xfam.org/family/PF00111",
             sf.links.get(0).toString());
     assertEquals(8, sf.begin);
     assertEquals(83, sf.end);
@@ -428,7 +428,7 @@ public class FeaturesFileTest
             + "STARTGROUP\tuniprot\n"
             + "Iron\tFER_CAPAA\t-1\t39\t39\tMETAL\n"
             + "Turn\tFER_CAPAA\t-1\t36\t38\tGAMMA-TURN\n"
-            + "<html>Pfam domain<a href=\"http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111\">Pfam_3_4</a></html>\tFER_CAPAA\t-1\t20\t20\tPfam\n"
+            + "<html>Pfam domain<a href=\"http://pfam.xfam.org/family/PF00111\">Pfam_3_4</a></html>\tFER_CAPAA\t-1\t20\t20\tPfam\n"
             + "ENDGROUP\tuniprot\n";
     FeaturesFile featuresFile = new FeaturesFile(features,
             FormatAdapter.PASTE);
@@ -478,7 +478,7 @@ public class FeaturesFileTest
             + "\nSTARTGROUP\tuniprot\n"
             + "Iron\tFER_CAPAA\t-1\t39\t39\tMETAL\t0.0\n"
             + "Turn\tFER_CAPAA\t-1\t36\t38\tGAMMA-TURN\t0.0\n"
-            + "<html>Pfam domain<a href=\"http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111\">Pfam_3_4</a></html>\tFER_CAPAA\t-1\t20\t20\tPfam\t0.0\n"
+            + "<html>Pfam domain<a href=\"http://pfam.xfam.org/family/PF00111\">Pfam_3_4</a></html>\tFER_CAPAA\t-1\t20\t20\tPfam\t0.0\n"
             + "ENDGROUP\tuniprot\n";
     assertEquals(expected, exported);
   }