improving GSDI, under construction...
authorcmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Fri, 22 Jun 2012 00:38:09 +0000 (00:38 +0000)
committercmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Fri, 22 Jun 2012 00:38:09 +0000 (00:38 +0000)
forester/java/src/org/forester/phylogeny/PhylogenyNode.java
forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java

index 033eceb..d8dd298 100644 (file)
@@ -103,6 +103,7 @@ public final class PhylogenyNode implements PhylogenyNodeI, Comparable<Phylogeny
     }
 
     @Override
+    // this is poor, as it only compares on names!
     final public int compareTo( final PhylogenyNode o ) {
         final PhylogenyNode n = o;
         if ( ( getName() == null ) || ( n.getName() == null ) ) {
@@ -171,7 +172,6 @@ public final class PhylogenyNode implements PhylogenyNodeI, Comparable<Phylogeny
      * 
      */
     final public boolean equals( final Object o ) {
-        System.out.print( " PN___e___ " );
         if ( this == o ) {
             return true;
         }
@@ -576,7 +576,6 @@ public final class PhylogenyNode implements PhylogenyNodeI, Comparable<Phylogeny
 
     @Override
     final public int hashCode() {
-        System.out.print( " PNh " );
         final NodeData data = getNodeData();
         if ( ( getName().length() < 1 ) && !data.isHasSequence() && !data.isHasTaxonomy() ) {
             return super.hashCode();
index 6947910..b038947 100644 (file)
@@ -27,10 +27,10 @@ package org.forester.sdi;
 
 import java.util.ArrayList;
 import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
 import java.util.List;
 import java.util.Map;
-import java.util.SortedSet;
-import java.util.TreeSet;
+import java.util.Set;
 
 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
@@ -71,7 +71,7 @@ public final class GSDI extends SDI {
     private int                                   _speciations_sum;
     private final List<PhylogenyNode>             _stripped_gene_tree_nodes;
     private final List<PhylogenyNode>             _stripped_species_tree_nodes;
-    private final SortedSet<PhylogenyNode>        _mapped_species_tree_nodes;
+    private final Set<PhylogenyNode>              _mapped_species_tree_nodes;
 
     /**
      * Constructor which sets the gene tree and the species tree to be compared.
@@ -115,7 +115,7 @@ public final class GSDI extends SDI {
         _strip_species_tree = strip_species_tree;
         _stripped_gene_tree_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
         _stripped_species_tree_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
-        _mapped_species_tree_nodes = new TreeSet<PhylogenyNode>();
+        _mapped_species_tree_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
         getSpeciesTree().preOrderReId();
         linkNodesOfG();
         geneTreePostOrderTraversal( getGeneTree().getRoot() );
@@ -382,7 +382,7 @@ public final class GSDI extends SDI {
         }
     }
 
-    public SortedSet<PhylogenyNode> getMappedExternalSpeciesTreeNodes() {
+    public Set<PhylogenyNode> getMappedExternalSpeciesTreeNodes() {
         return _mapped_species_tree_nodes;
     }