JAL-2114 corrected Javadoc
authorgmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Thu, 9 Jun 2016 13:46:35 +0000 (14:46 +0100)
committergmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Thu, 9 Jun 2016 13:46:35 +0000 (14:46 +0100)
src/jalview/util/DnaUtils.java

index f6514e5..9ab4fda 100644 (file)
@@ -35,15 +35,14 @@ public class DnaUtils
 
     /*
      * try to parse m..n (or simply m)
-     * also handles <m..n or m..>n (discarding < or >)
      */
     String[] range = location.split("\\.\\.");
     if (range.length == 1 || range.length == 2)
     {
       try
       {
-        int start = parseRangeEnd(range[0]);
-        int end = range.length == 1 ? start : parseRangeEnd(range[1]);
+        int start = Integer.valueOf(range[0]);
+        int end = range.length == 1 ? start : Integer.valueOf(range[1]);
         return Collections.singletonList(new int[] { start, end });
       } catch (NumberFormatException e)
       {
@@ -65,22 +64,6 @@ public class DnaUtils
   }
 
   /**
-   * Returns the integer value of a locus, discarding any < or > prefix
-   * 
-   * @throws NumberFormatException
-   *           if value is not numeric
-   */
-  static int parseRangeEnd(String loc)
-  {
-
-    if (loc.startsWith("<") || loc.startsWith(">"))
-    {
-      loc = loc.substring(1);
-    }
-    return Integer.valueOf(loc);
-  }
-
-  /**
    * Parses a complement(locationSpec) into a list of start-end ranges
    * 
    * @param location