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authorcmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Fri, 29 Jun 2012 19:33:14 +0000 (19:33 +0000)
committercmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
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index 0801de9..4d83100 100644 (file)
@@ -29,8 +29,8 @@ Must be in phyloXML format unless option -q is used.
 === Output ===
 
 Besides the main output of a gene tree with duplications and speciations assigned to all of its internal nodes, this program also produces the following:
-  * a log file, ending in `_gsdi_log.txt`
-  * a species tree file which only contains external nodes with were needed for the reconciliation, ending in '_species_tree_used.xml'
+  * a log file, ending in `"_gsdi_log.txt"`
+  * a species tree file which only contains external nodes with were needed for the reconciliation, ending in `_species_tree_used.xml`
   * if the gene tree contains species with scientific species names such as "Pyrococcus horikoshii strain ATCC 700860" and if a mapping cannot be establish bases on these, GSDI will attempt to map by removing the "strain" (or "subspecies") information, these will be listed in a file ending in '_gsdi_remapped.txt'.
 
 === Example ===