in progress
authorcmzmasek <cmzmasek@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Mon, 1 Apr 2013 06:26:00 +0000 (06:26 +0000)
committercmzmasek <cmzmasek@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Mon, 1 Apr 2013 06:26:00 +0000 (06:26 +0000)
forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file
forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file_1

index 2e91967..645d671 100644 (file)
@@ -312,76 +312,75 @@ fastme_local:                           /bin/fastme
 raxml_local:                            /bin/raxml
 
 
-#  Application Specific Settings
-#  -----------------------------
 
 #  Species colors
 #  --------------
 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
-species_color: BRAFL      0x00FFFF
-species_color: SPHGR      0x9620F0
-species_color: STRPU      0x9620F0
-species_color: CIOIN      0xFF1CAE
-species_color: CIOSA      0xFF2CAE
-species_color: BOVIN      0x5C3317
-species_color: CANFA      0x8B2323
-species_color: HUMAN      0xFF2400
-species_color: PANTR      0xCC2400
-species_color: MOUSE      0xFF7F00
-species_color: RAT        0xFFEF00
-species_color: MONDO      0xEE9A49
-species_color: ORNAN      0xCD853F
-species_color: XENLA      0x6BAA23
-species_color: XENTR      0x6BAA23
-species_color: CHICK      0xFFC125
-species_color: FUGRU      0x0000FF
-species_color: BRARE      0x0000DD
-species_color: DANRE      0x0000BB
-species_color: TETNG      0x0000AA
-species_color: ORYLA      0x000088
-species_color: GASAC      0x000066
-species_color: CAEEL      0xA0A0A0
-species_color: CAEBR      0xB0B0B0
-species_color: DROME      0x706F00
-species_color: DROPS      0x504F00
-species_color: APIME      0x7A7700
-species_color: AEDAE      0x8C5900
-species_color: TRICA      0x918E00
-species_color: NEMVE      0xAABADD
-species_color: HYDAT      0x7C9BCF
-species_color: LUBBA      0xF7B5CB
-species_color: GEOCY      0xF5A0BD
-species_color: SUBDO      0xC790B9
-species_color: MONBE      0xFC0FC0
-species_color: DICPU      0x23238E
-species_color: DICDI      0x4D4DFF
-species_color: ENTHI      0x5959AB
-species_color: ARATH      0x00FF00
-species_color: POPTR      0x006400
-species_color: VITVI      0x00CD00
-species_color: GLYMA      0x00FF7F
-species_color: ORYSA      0x008B00
-species_color: ORYSJ      0x008C00
-species_color: SORBI      0x00EE76
-species_color: SELMO      0x238E23
-species_color: PHYPA      0x09F911
-species_color: OSTLU      0x7FFF00
-species_color: OSTTA      0x7FFF00
-species_color: OSTRC      0x7FFF00
-species_color: MICPU      0x66CD00
-species_color: MIC99      0x66CD00
-species_color: CHLRE      0xB3EE3A
-species_color: VOLCA      0xC0FF3E
-species_color: CHLSP      0x6B8E23
-species_color: CYAME      0xD02090
-species_color: YEAST      0xAAAAAA
-species_color: BACFR      0xFF0000
-species_color: BACTN      0xFFFF00
-species_color: MYXXD      0x0000FF
-species_color: STIAU      0x00FFFF
-species_color: BACOV      0x8C5900
-species_color: BACUN      0x66CD00
-species_color: PORGI      0x918E00
+species_color: BRAFL        0x00FFFF
+species_color: SPHGR        0x9620F0
+species_color: STRPU        0x9620F0
+species_color: CIOIN        0xFF1CAE
+species_color: CIOSA        0xFF2CAE
+species_color: BOVIN        0x5C3317
+species_color: CANFA        0x8B2323
+species_color: HUMAN        0xFF2400
+species_color: Homo_sapiens 0xFF2400
+species_color: PANTR        0xCC2400
+species_color: MOUSE        0xFF7F00
+species_color: RAT          0xFFEF00
+species_color: MONDO        0xEE9A49
+species_color: ORNAN        0xCD853F
+species_color: XENLA        0x6BAA23
+species_color: XENTR        0x6BAA23
+species_color: CHICK        0xFFC125
+species_color: FUGRU        0x0000FF
+species_color: BRARE        0x0000DD
+species_color: DANRE        0x0000BB
+species_color: TETNG        0x0000AA
+species_color: ORYLA        0x000088
+species_color: GASAC        0x000066
+species_color: CAEEL        0xA0A0A0
+species_color: CAEBR        0xB0B0B0
+species_color: DROME        0x706F00
+species_color: DROPS        0x504F00
+species_color: APIME        0x7A7700
+species_color: AEDAE        0x8C5900
+species_color: TRICA        0x918E00
+species_color: NEMVE        0xAABADD
+species_color: HYDAT        0x7C9BCF
+species_color: LUBBA        0xF7B5CB
+species_color: GEOCY        0xF5A0BD
+species_color: SUBDO        0xC790B9
+species_color: MONBE        0xFC0FC0
+species_color: DICPU        0x23238E
+species_color: DICDI        0x4D4DFF
+species_color: ENTHI        0x5959AB
+species_color: ARATH        0x00FF00
+species_color: POPTR        0x006400
+species_color: VITVI        0x00CD00
+species_color: GLYMA        0x00FF7F
+species_color: ORYSA        0x008B00
+species_color: ORYSJ        0x008C00
+species_color: SORBI        0x00EE76
+species_color: SELMO        0x238E23
+species_color: PHYPA        0x09F911
+species_color: OSTLU        0x7FFF00
+species_color: OSTTA        0x7FFF00
+species_color: OSTRC        0x7FFF00
+species_color: MICPU        0x66CD00
+species_color: MIC99        0x66CD00
+species_color: CHLRE        0xB3EE3A
+species_color: VOLCA        0xC0FF3E
+species_color: CHLSP        0x6B8E23
+species_color: CYAME        0xD02090
+species_color: YEAST        0xAAAAAA
+species_color: BACFR        0xFF0000
+species_color: BACTN        0xFFFF00
+species_color: MYXXD        0x0000FF
+species_color: STIAU        0x00FFFF
+species_color: BACOV        0x8C5900
+species_color: BACUN        0x66CD00
+species_color: PORGI        0x918E00
 # rank: Class
 species_color: Mammalia       0xFF0000
 species_color: mammals        0xFF0000
index 36be8fa..432efba 100644 (file)
@@ -292,76 +292,74 @@ use_tabbed_display:      yes
 
 
 
-#  Application Specific Settings
-#  -----------------------------
-
 #  Species colors
 #  --------------
 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
-species_color: BRAFL      0x00FFFF
-species_color: SPHGR      0x9620F0
-species_color: STRPU      0x9620F0
-species_color: CIOIN      0xFF1CAE
-species_color: CIOSA      0xFF2CAE
-species_color: BOVIN      0x5C3317
-species_color: CANFA      0x8B2323
-species_color: HUMAN      0xFF2400
-species_color: PANTR      0xCC2400
-species_color: MOUSE      0xFF7F00
-species_color: RAT        0xFFEF00
-species_color: MONDO      0xEE9A49
-species_color: ORNAN      0xCD853F
-species_color: XENLA      0x6BAA23
-species_color: XENTR      0x6BAA23
-species_color: CHICK      0xFFC125
-species_color: FUGRU      0x0000FF
-species_color: BRARE      0x0000DD
-species_color: DANRE      0x0000BB
-species_color: TETNG      0x0000AA
-species_color: ORYLA      0x000088
-species_color: GASAC      0x000066
-species_color: CAEEL      0xA0A0A0
-species_color: CAEBR      0xB0B0B0
-species_color: DROME      0x706F00
-species_color: DROPS      0x504F00
-species_color: APIME      0x7A7700
-species_color: AEDAE      0x8C5900
-species_color: TRICA      0x918E00
-species_color: NEMVE      0xAABADD
-species_color: HYDAT      0x7C9BCF
-species_color: LUBBA      0xF7B5CB
-species_color: GEOCY      0xF5A0BD
-species_color: SUBDO      0xC790B9
-species_color: MONBE      0xFC0FC0
-species_color: DICPU      0x23238E
-species_color: DICDI      0x4D4DFF
-species_color: ENTHI      0x5959AB
-species_color: ARATH      0x00FF00
-species_color: POPTR      0x006400
-species_color: VITVI      0x00CD00
-species_color: GLYMA      0x00FF7F
-species_color: ORYSA      0x008B00
-species_color: ORYSJ      0x008C00
-species_color: SORBI      0x00EE76
-species_color: SELMO      0x238E23
-species_color: PHYPA      0x09F911
-species_color: OSTLU      0x7FFF00
-species_color: OSTTA      0x7FFF00
-species_color: OSTRC      0x7FFF00
-species_color: MICPU      0x66CD00
-species_color: MIC99      0x66CD00
-species_color: CHLRE      0xB3EE3A
-species_color: VOLCA      0xC0FF3E
-species_color: CHLSP      0x6B8E23
-species_color: CYAME      0xD02090
-species_color: YEAST      0xAAAAAA
-species_color: BACFR      0xFF0000
-species_color: BACTN      0xFFFF00
-species_color: MYXXD      0x0000FF
-species_color: STIAU      0x00FFFF
-species_color: BACOV      0x8C5900
-species_color: BACUN      0x66CD00
-species_color: PORGI      0x918E00
+species_color: BRAFL        0x00FFFF
+species_color: SPHGR        0x9620F0
+species_color: STRPU        0x9620F0
+species_color: CIOIN        0xFF1CAE
+species_color: CIOSA        0xFF2CAE
+species_color: BOVIN        0x5C3317
+species_color: CANFA        0x8B2323
+species_color: HUMAN        0xFF2400
+species_color: Homo_sapiens 0xFF2400
+species_color: PANTR        0xCC2400
+species_color: MOUSE        0xFF7F00
+species_color: RAT          0xFFEF00
+species_color: MONDO        0xEE9A49
+species_color: ORNAN        0xCD853F
+species_color: XENLA        0x6BAA23
+species_color: XENTR        0x6BAA23
+species_color: CHICK        0xFFC125
+species_color: FUGRU        0x0000FF
+species_color: BRARE        0x0000DD
+species_color: DANRE        0x0000BB
+species_color: TETNG        0x0000AA
+species_color: ORYLA        0x000088
+species_color: GASAC        0x000066
+species_color: CAEEL        0xA0A0A0
+species_color: CAEBR        0xB0B0B0
+species_color: DROME        0x706F00
+species_color: DROPS        0x504F00
+species_color: APIME        0x7A7700
+species_color: AEDAE        0x8C5900
+species_color: TRICA        0x918E00
+species_color: NEMVE        0xAABADD
+species_color: HYDAT        0x7C9BCF
+species_color: LUBBA        0xF7B5CB
+species_color: GEOCY        0xF5A0BD
+species_color: SUBDO        0xC790B9
+species_color: MONBE        0xFC0FC0
+species_color: DICPU        0x23238E
+species_color: DICDI        0x4D4DFF
+species_color: ENTHI        0x5959AB
+species_color: ARATH        0x00FF00
+species_color: POPTR        0x006400
+species_color: VITVI        0x00CD00
+species_color: GLYMA        0x00FF7F
+species_color: ORYSA        0x008B00
+species_color: ORYSJ        0x008C00
+species_color: SORBI        0x00EE76
+species_color: SELMO        0x238E23
+species_color: PHYPA        0x09F911
+species_color: OSTLU        0x7FFF00
+species_color: OSTTA        0x7FFF00
+species_color: OSTRC        0x7FFF00
+species_color: MICPU        0x66CD00
+species_color: MIC99        0x66CD00
+species_color: CHLRE        0xB3EE3A
+species_color: VOLCA        0xC0FF3E
+species_color: CHLSP        0x6B8E23
+species_color: CYAME        0xD02090
+species_color: YEAST        0xAAAAAA
+species_color: BACFR        0xFF0000
+species_color: BACTN        0xFFFF00
+species_color: MYXXD        0x0000FF
+species_color: STIAU        0x00FFFF
+species_color: BACOV        0x8C5900
+species_color: BACUN        0x66CD00
+species_color: PORGI        0x918E00
 # rank: Class
 species_color: Mammalia       0xFF0000
 species_color: mammals        0xFF0000