Merge branch 'JAL-1397' into JAL-1372_referenceseq

JAL-1397 catch other random version strings

patch for regression introduced JAL-1397

Merge branch 'Release_2_8_1_Branch' into JAL-1372_referenceseq

Conflicts:
src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
src/jalview/datamodel/Alignment.java
src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java

resolved without functionality change

Merge branch 'JAL-1397' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1397 JAL-1066 JAL-1233 refactored annotation colours XML parsing code and support per group annotation colours

JAL-1369 JAL-1397 version check to support correct interpretation for older projects where data semantics have changed

formatting

JAL-1233 JAL-1066 fix for JAL-1397 test: allow per group colour by annotation to be stored/recovered in Jalview projects (version compatibility will be 2.8.1 and after)

JAL-1397 (probably buggy) test for recovery of background and per group alignment annotation shading

remove todo

JAL-1492 formatting and squash NPEs

JAL-1092 TODO - allow Jalview/JalviewLite to generate its own user defined colour scheme parameter strings

JAL-1492 JAL-1397 make AnnotatedCollectionI context aware so groups can be coloured based on annotation on their parent alignments.

JAL-1492 JAL-1397 JAL-643 JAL-969 pull up global and group colourscheme logic and regularise interface

JAL-1492 JAL-1397 JAL-643 JAL-969 factory method to clone and apply colour scheme to another alignment/group

JAL-1492 JAL-1397 JAL-643 JAL-969 modifiable flag on colourscheme indicating conservation shading should be applied

javadoc

properly quit so JUnit marks tests as successful

JAL-1497 check to see if tree structure is ready for display, and show a 'tree loading' message if it isn't.

fix for JAL-1495 - initialise menu entry from current state of apply to all groups flag !

fix for JAL-1494 tweaked logic to fix NPEs and modify settings for both background and all defined groups

JAL-969 remove unnecessary overrides

JAL-961 configure conservation worker from alignment viewport

JAL-961 store result of conservation analysis worker on the alignment viewport

make sure valid value for non-gapped calculation with zero symbol data

JAL-643 - abstracted colourscheme components to allow consensus/colouring to be propagated from background to a group

Merge branch 'JAL-1340_redundancy' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1340 mark redundant sequences as soon as redundancy calculation has finished

JAL-1340 simpler and more efficient interactive highlighting of redundant sequences

JAL-1340 ensure slider value wide enough to see three figures

Merge branch 'JAL-1322' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1322 avoid rounding error causing non functional slider and allow slider to reach maximum value for parameter

JAL-1322 allow slider to reach maximum value for parameter

JAL-1322 only update slider when return is pressed

Merge branch 'JAL-952_rnahelix' into Release_2_8_1_Branch

Merge branch 'JAL-1164_regression' into Release_2_8_1_Branch

workaround for JAL-1319 - catch unexpected NPE thrown by JABA client method

JAL-1164 (regression) reinstate 'apply disorder prediction to selection' functionality in 2.8.1+ lost during JabaCalcWorker refactoring

JAL-952 JAL-1268 document TCoffee and RNA helices colourschemes in applet properties

JAL-952 JAL-1268 document RNA Helices and T-Coffee Scores as valid colour scheme names for applet parameters

JAL-952 JAL-1268 add RNA Helices and T-Coffee to list of available colour schemes in jalview preferences

JAL-952 resolve colour scheme as 'RNA Helices'

JAL-952 refactor code to select annotation for colouring the alignment

test for JAL-952

Merge branch 'JAL-1177_prop_rnasecstr' into Release_2_8_1_Branch

fix for JAL-1268

test for JAL-1268

JAL-1177 additional saveState calls to write a dataset only jalview xml document

JAL-1177 patches to loader to cope with dataset only jalview xml documents

JAL-1177 new flag to write a dataset only jalview XML document

JAL-1177 allow jalview alignments to be saved that have no alignment views, to support storage of parent datasets

JAL-1177 propagate sequence associated annotation to dataset sequence

JAL-1177 refactored command line test harness

test for JAL-1177 store and recover RNA secondary structure for a stockholm file with sequence associated RNA structure

JAL-1232 fix - ensure display all columns flag is set if an RNA helix is created on an annotation row.

Merge branch 'JAL-1486_hiddenStartEnd' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1486 todo for 2.8.2 release

Merge branch 'jims_marckhacks' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1458 updated logo for installer

JAL-1383 scrubbed envision GUI and documentation

JAL-1355 keys for colours

fix for JAL-1438

Merge branch 'jims_marckhacks' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1473 define defaults for DNA/Protein PCA calculation

JAL-1485 JAL-1483 show i18n key for different available score models, and limit to those applicable for a protein / DNA

JAL-1473 JAL-1355 i18n for score model submenu

JAL-1485 JAL-1473 use compound i18n messages to construct title of tree using translations of score model and calculation method

JAL-1485

JAL-1484 always update the dataset sequence if 'trimDatasetSeqs' option is not set.

JAL-1466 don't include empty columns if no upstream sequence data available for aligned subsequences

JAL-1355 JAL-1466 i18n for flanking sequence menu entry and tooltip messages

Merge branch 'jims_marckhacks' into Release_2_8_1_Branch

JAL-741 (poss related JAL-971) - fix NPE raised when attempting to sort alignment by feature when lots of groups displayed

JAL-1476 JAL-1016 avoid NPE messiness if structures fail to align for some reason

don't unhook existing group associated annotation JAL-1480

fix for JAL-1478

JAL-1478 test to demonstrate bug

JAL-1477 tooltip

JAL-1476 -  don't send broken commands to Jmol when no columns exist to superimpose structures

JAL-1477 first implementation of 'View all representative structures' option.

JAL-1466 import full length sequence to dataset sequence or trim it to local sequence's length

JAL-1466 flag and jalview_properties setting to control retrieval of full length dataset sequence

JAL-1466 improved test and patched off by one that deleted one dataset residue from flanking alignment

JAL-1466 new calculation menu option to recover the full width sequences either side of the current alignment and append them.

tidy imports

patch v2 for JAL-1474 add the newly recovered dataset sequence to the dataset currently being build/operated on if it isn't already present

patch v1 for JAL-1474 - make sure we actually set the dataset sequence's string

JAL-1474 note about buggy 'merge sequence' operation pointing to relevant issue

JAL-1473 tree calcs performed with ScoreModelI instances

don't finness the alignment annotation modification methods by modifying the vector directly!

patch for JAL-1465 - set min/max thresholds for each disorder annotation row

JAL-1473 menu entries for different score models available for NJ/UPGMA tree building (note - this will not scale well!)

JAL-1473 provide Amino acid physicochemical conservation based score matrices

JAL-1473 show available score matrices for use in PCA calculation

JAL-1473 refactor score matrices and tree score calculations to interface/api and base implementations

JAL-1355 missing message

fix for JAL-1464 avoid NPE with per-sequence annotation with no positional elements as generated by 'extract scores' (related to JAL-1066)

Merge branch 'r281_JAL-1211' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1211 - set annotation panel height according to the amount of annotation present on the alignment and the relative size of the alignment.