No more supergroup, set Sequence name / Description

New FEature replaces new group

Threshold is a single element

SetThreshold replaces addGraphLine

FeatureGroups added

Removed SuperGroup

Save sequence description in VAMSAS sequence

Check description and status are not null in mouse over

Keeps up to date with features

Feature replaces new superGroup

Feature Groups added

Graphline is a single line

Features file has startgroup, endgroup

No longer used

Missing brace

Parsing features file - dont adjust for alignment position

Update overview if features updated

Overview displays features

Removed file

Feature Settings added to Applet

If conservation is zero, colour is white

Drop target must initialise sequences

New implementation for holding search results

parseResult takes the title as string. usually null

Make URL input window bigger

FormatAdapter throws exception

Check endRes

Copy dataset annotations for paste(this)

Colour above or below threshold

Report invalid chars

Added graphtype

Graphtype added

Conservation colouring does what it should always have done

Make java 1.1 compatible

Slight adjustments

Fetch sequence(s)

Java 1.1 compatible

Many changes

Save and load graph type

Max size is 100 for conservation

Retrieves PFAM alignments

Slightly bigger for Mac

Tooltip for multiple graph lines updated

set index of new annotation

Allow for non graph annotations in combobox

Reading features files readded as ref to FeatureRenderer is required

has ref to annotation

Add annotation with sequence ref updated

Reads annotation files

Applet draws line graphs

Applet reads in annotation files

AA properties added

AA Properties

New images

Updated images

removed

Removed

Cancel button is now close button

Dont draw origin beyond end of alignment

No need for apply button, just update colours when events occur

Get min and max colour added

Can be used for annotation colouring

Faster paint

Use Antialias flag

Smooth fonts added

Null sequence check

Monospaced indicator

Unix drag and drop implemented

GraphGroups added

Fast paint update

Anti alias flag

Drop annotations onto alignment

Smooth fonts, annotation Colour

Smooth font option

AddAnnotation with start index

New Class

New files

Faster painting

Allow features in overview window

Allow embedded applet

PIR file IO now preserves and parses Modeller style colon-separated fields

DBRefEntry made for sequences retrieved from the PDB

<No Comment Entered>

ensured properties are loaded before loggers are initialised.

refactored Alignframe padGaps code to Alignment and Added AlignmentI method.

Check for null StringBuffer in getPDB

Check for null StringBuffer in getPDB

Jar file 20% smaller

Reduced jar size by 20%

Allow embedded applet

graph now has type, not a boolean

Watch for trim left/right null widths

REGEX CANNOT BE STATIC

Wrapped search scrolls to visible result

Remove import

Annotations.Graph can be bargraph, linegraph

Remove printPoints

Remove main method

Load assocated tree

Todo notes for feature issue:   0011711