upgrade vamsas client to 0.1 (selections)

Google Analytics tracking backport

new jalview paper

patch to fix occasional arrayoutofbounds exception when working with hidden columns and ragged annotation rows

documented fix to sequencefetcher for multiple ID retrieval

fix to ensure multiple accessions can be fetched for sources like the PDB (see jalview-discuss thread)

noting updates to continuous build of 2.4.0

rewording and clarification

fix for recovery of dna/protein sequence mappings in jar file (mantis bug id 40124)

bugfix db ref retrieve routine so it removes dead query strings properly

implemented embl validation properly

application specific validIOformat method

bugfix for transfer of user defined colourscheme from applet to application via jnlp launch

application specific validIOformat method

fixed sequence associated annotation reading bug where only first annotation is associated with sequence when more than one follow a SEQUENCE_REF

added bugfix note for 2.4

java 1.1 compatibility

fix exception raised when JNet concise files with no sequence content are parsed (c.f. TarO Jnet concise files)

more exclusion of build products

ensure all URL links on the features under the residue get an entry in the 'links' menu

quickfix for applet when opening relative URLs from feature file : https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=37023

fix jnlp in help and help address

licencing and format applied (eclipse)

ignore thumbnails

ignore deployment products

todo OOM

use OOMwarning to warn user when out of Memory occurs

always output to stderr for out of memory - (no dependence on OOM dialog here (for sake of modularity))

OOM warning dialog

pass OutOfMemory errors upstream from EBI fetch client

sensibly sized example for PFAM source

added d martin to authors and fixed faq/discuss message

bugfix for Jmol and new classloader reading capability

author list and jalview discuss mailing list update in splash and banner

bugfix for applet examples with 1gaq where new classloader jmol connection is used

Throw exception for unknown protocols in case of carbon-unit error

applied copyright 2008

fix vamas homedir link

added keystore config properties

added Release_2_4_branch

update and test release build system

2.4 release documentation update menus, service refs, new features and releases

update Jpred3 service referenec

allow '|' to be entered in URL text box and added regex extension form to instructions

set title of viewer frame after file has been loaded (if possible) so Desktop window list entry is correct

future bug fix todo

new thread for initting of DBRefFetcher with latest SequenceFetcher

uses shared singleton from jalview.gui.SequenceFetcher (consider revising so an instance of jalview.ws.SequenceFetcher is passed to constructor)

added singleton access method to retrieve the latest shared instance of the jalview.ws.SequenceFetcher

bugfix todo for the 'edit sequence' command

tooltip for fetch db refs and more generic regex for 'Extract scores...'

pdb xrefs added as dbrefs and as PDB file links

ensure successive matches to a regex have distinct annotation name (indice suffix increases by one each time)

Use 0f rather than NaN to specify non-valued annotation elements.

tooltip displays formatted annotation row description including sequence reference name (if any)

beginning of fix for embl/cds/highlighting IO in https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36199

fix for arrayoutofbounds bug when secondary structure element extends whole width of alignment (eg. PF00037 stockholm file)

better check for molecule type when identifying internal sequence cross-references

regex links for launching URL from single click on sequence ID

update text and version checker

dialog size on macs

check for crossreferences every time the menus are updated

catch invalid URL link exception properly

increase height of dialog

allow '|' in regex for URL links to be recovered from properties file properly

safer copy constructor

xrefs retrieved from Uniprot

added castor back onto classpath

check for null viewport on dataset recovery

ensure input data can be recovered for tree and PCA even if alignment view was closed

do not try to cancel jobs that cannot be cancelled

ascii comment

mac logo resourcelocation hack

fix artefacts (again)

corrected target name in documentation

URL help update

added nojmol parameter to disable check for jmol

simpler regex-replace for path

fixing paths

regex blah

trailing slash regexed out

path fixing

resources are relative to root of jalview install path

update to InstallAnywhere 2008 VP1

regular expression based URL link generation

Ensure 'None' translates into no colour scheme applied

Upgraded to IA Standard 2008 VP1

Upgraded to InstallAnywhere 2008 Standard ValuePack 1

migration to automated build test

fix default build path

exclude any InstallAnywhere build artefacts

installanywhere to a destination location

updating installAnywhere autobuild

headless build of InstallAnywhere installer

generation of additional URLs for DBRefs on a sequence that match the URL link name.

extra checks for datasetsequence for when getDbRefs is called

getDBRefs now always returns DBRefArray if it exists on this sequence or dataset sequence

vamsas documentation

new vamsas session does not open a dialog box

web services and sequence fetcher added to contents