Merge branch 'patch/JAL-4317_enablefeaturewhenadjustingstyle' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4260_fix_up_select_via_ruler_in_wrapped' into develop

JAL-4260 encapsulate logic for resolving nearest column and do better using it in wrapped mode for drags/clicks/popups on alignment

JAL-4260 reinstate annotation auto-id-width for wrapped view in headless mode (JAL-244) whilst still right-aligning labels

JAL-4260 fix up click/drags on ruler area in wrapped mode.

JAL-4260 right align the annotation labels regardless of width in wrapped mode.

JAL-244 noticed NPE exception was possible when visibility was adjusted in wrapped mode

JAL-244 knock on - make sure alignPanel is laid out properly after adjusting height. Probably a better

JAL-4319 Downgrade shadow(Jar) module to stop triggering clover

JAL-4317 enable display of feature when showing its colour or filter settings dialog, and restore original visibility if cancel is pressed.

Merge branch 'patch/JAL-4311_import_pLDDT_scores_from_nonAlphaFold_sources' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4313_cme_in_tests' into patch/JAL-4311_import_pLDDT_scores_from_nonAlphaFold_sources

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4289_group_boundary_not_drawn_properly_in_fastpaint_or_paint

JAL-4312 defend against ConcurrentModificationException

JAL-4312 call AlignFrame.setAnnotationsVisibility on AWT thread from Commands

JAL-4311 fix ranking so models with like scores are sorted in their own group - AlphaFold 2 now selected as highest scoring model (58) over levyLab (50)

JAL-4311 failing test case for 3d-beacons epas1_human including levyLab alphaFold2 pLDDT scored result

JAL-4310 let the user know when model pages are not available for a 3d-beacons structure (and log URLs when they are opened).

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4124_dont_duplacate_PAE_data_acrossviews

JAL-4090 release weds 25th Oct 23 - JAL-4308 release notes

Merge branch 'feature/JAL-4307_hetatm_showhide' into develop

Merge branch 'improvement/JAL-4308_smalleridtooltip' into develop

JAL-4090 defensive check for featureSettings redraws when feature filter attrbute is null (noticed whilst testing)

JAL-4308 reduce number of refs to 5, always have canonical reference first.

JAL-4153 avoid use of invokeAndWait, increase wait time and add timeout for the cache update test

JAL-1551 errant tab and import

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into develop

 Conflicts:
src/jalview/gui/Console.java
still needs some tidying up

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into develop

Merge branch 'jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup' into develop

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4

Merge branch 'jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup' into develop

JAL-4090 update docs for changed gradle -P options for testng

JAL-1332 JAL-4298 JAL-3772 rejig the quit handler so we have a JVM-exit safe way of closing Jalview and all its merry console threads for test suite and when used as plugin

Merge branch 'patch/JAL-4110_stdout_for_tests' into jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4110 allow configuration of stdout/err test output via -Ptest_output=1 and update building.md

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4110_stdout_for_tests

JAL-4298 Update help docs to reflect Groovy changes

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4298 Remove a stray return in the processGroovyScript method. Mildy improve a groovy example. Ensure consistent setting of groovy variables with JalviewObjectI fields. Update the currentAlFrame when run from Calculate menu.

JAL-4298 reuse existing log level preference method

JAL-4307 also report molecule name in tooltip for show/hide HETATM

JAL-4298 another implicated line

Merge branch 'feature/JAL-4307_hetatm_showhide' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into develop

JAL-4307 some models return null for hetatm list

JAL-4298 try much harder to avoid modifying console gui anywhere outside swing worker threads

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-629 Fix --nodebug turning off debug mode from properties

JAL-4298 comment markers

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4298 avoid deadlock waiting to update doc when doc is being used by gui thread waiting for thread to update the doc

JAL-4305 Isolate and unify the Jalview object from all the gubbins in jalview.bin.Jalview or jalview.gui.Desktop with a JalviewObject interface. Adjust/fix some example groovy scripts.

JAL-4307 View->Ligands submenu, implementation for Jmol and documentation

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-629 Run non-alignframe linked groovy scripts.  Use multiple specified groovy scripts.  Don't add a warning for image and output if not asked for

JAL-4262 Fix the nonblockingdialog so that Jalview desktop isn't left set to alwaysOnTop

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-4303 as known defect

Merge branch 'bug/JAL-4302_treeheightrendererbroke' into develop

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-4302 marked as known defect

JAL-4134 TODO printNode update for columnTrees

JAL-4134 JAL-4302 remove unnecessary casts

JAL-4090 JAL-4089 document use of selected columns for superposition, and add links to Pymol for individual viewer capabilities

Merge branch 'bug/JAL-4089_selectedcolshiddenregions' into develop

JAL-4089 selected columns are reported in absolute column numbers, not visible columns

Merge branch 'bug/JAL-4295_hangjmolandmouseovers' into develop

JAL-3783 Updated groovy jars.  Requires javaparser-core library to run too

JAL-4295 concatenate all mouseover highlights into one call to jmolScript - so we don’t need to invoke scriptWait and risk blocking UI

JAL-3783 Updated build process to allow multiple groovy-* jars to work within the shadowJar.  Updated groovy jars to 2.5.23.

JAL-3772 Fix the logic of prompt to save URL loaded alignments preference

JAL-629 null check and neatening code

JAL-629 correct a timeout.  Correct passing html flag.

JAL-629 Add a timeout to modal dialogs for command line warning

JAL-629 Change getdown not to add -open argument

JAL-629 Remove argfiles from the hashset of used argfiles once it has been used.  More like (though not) a stack of argfiles

JAL-3772 Preference to NOT prompt to save remotely loaded alignments

JAL-4298 Added diagnostics and minor dimension changes to Java Console.  Added a --javaconsole Arg.

JAL-4298 Fixed initial log level to see .jalview_properties setting. Moved Java Console startup to before Desktop startup.

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-3858 paedocs

JAL-4001 Only use acquireDialogQueue and releaseDialogQueue when SplashScreen is transient. Fixes macOS About dialog

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4289_group_boundary_not_drawn_properly_in_fastpaint_or_paint

JAL-4217 move CommandsTest to testTask3 involving structure image export and random NPE in commandsOpen test on osx

Merge branch 'patch/JAL-4062_sort_and_merge_contiguousregions' into develop

JAL-4090 fix up release notes and what’s new (inc removing 2.11.2 cruft from template)

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

JAL-4061 JAL-4062 update find box image and docs in help

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

Merge branch 'bug/JAL-244_interactingpngexportnotwysiwig' into develop

JAL-4090 tweak pae doc

JAL-4090 more JAL-3858 docs

JAL-4289 In fastPaint(), don't render one more than necessary sequence when scrolling up or down.  Adjust transY for this one fewer sequence render.  Draw group lower boundary within the sequence boundary -- makes things much simple, and also is visible on bottom row.  Don't use -1 for lower boundary y-value.

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

JAL-4090 JAL-3855 updated figure and doc.. a little

JAL-244 ensure background is completely filled with white

JAL-4090 JAL-4291 disable failing test and note as new knowndefect

JAL-244 attempt to fix broken test - still needs to be fixed!

JAL-244 export image with full width IDs regardless of UI

JAL-244 JAL-4091 allow calculation of label id width off screen including sequence ids for sequence associated annotation