Merge branch 'improvement/JAL-4206_improve_JalviewFileChooser_for_flatlaf' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'bug/JAL-4214_system_freeze_when_opening_file_using_gui_in_linux' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'improvement/JAL-4212_remove_macos_test_java_icons' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'feature/JAL-244_Automatically_adjust_left_margin_to_avoid_cropping_annotation_labels' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'bug/JAL-4242_exception_when_pressing_escape_in_fetch_from_URL_dialog' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-3416 Remove full height separators between new curved tabs

JAL-3416 flatlaf and flatlaf-extras 3.2 jars

JAL-4242 null check on getValue() return

Merge branch 'feature/JAL-629_--output_-_means_output_to_STDOUT' into improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode

JAL-3830 JAL-4160 Remove --noheadless as --gui does this. Simplifies wrapper scripts

JAL-4090 JAL-4243 bio.tools json file release notes

JAL-3830 JAL-3421 Conda launch script for 2.11.3 and new CLI with OS compatibility from installer launch script

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode

JAL-4160 JAL-3830 Improvements to the jalview.sh bash script especially when not in .app bundle on mac.

JAL-3820 JAL-4189 Use the same LaunchUtils methods to check java executable symlinks in getdown.

JAL-3820 JAL-4189 Move checks for java executable symlinks to LaunchUtils ready for use in getdown

JAL-629 Much better way of dealing with list of filenames/URLs without an --open argument. Added tests for these and fixed multiple STDOUT files.

JAL-629 more tests for stdout

JAL-629 STDOUT documentation.  Opt.STDOUT narrower option.  Fix for subvals and STDOUT detection.

JAL-629 Change all stdout and stderr output to use Console.outPrintln and Console.errPrintln. Fix command line tests.  Add test for STDOUT output file.

JAL-629 Method to use for printStackTrace

JAL-629 Move more stdout messages to stderr when outputting file to stdout

JAL-629 Default to FASTA if no format given for output to STDOUT

JAL-629 Enable output to STDOUT when specifying output filename as '-'.  Must check other output is suppressed.

JAL-244 Fix window size narrow adjustment not becoming a manual adjustment clash

JAL-244 Added light grey marks to indicate regions to resize the margins

JAL-244 Fix mismatched vertical positioning of sequences and their labels in wrap mode with margin adjustment enabled

JAL-244 Avoid working on the Ids Graphics object when we don't mean to

JAL-244 Adjust wrapped alignment widths to always maintain a visible wrapped sequence width (and also avoid zero divisions)

JAL-244 Fix buglet with automatic change in id column width not being recorded. More tests includeing wrapped format.

JAL-244 More control of automatic idWidth adjustments.  Added tests.

Merge branch 'develop' into feature/JAL-244_Automatically_adjust_left_margin_to_avoid_cropping_annotation_labels

JAL-4064 Added more recognisable display names to macOS DMG architectures

Merge branch 'develop' into feature/JAL-244_Automatically_adjust_left_margin_to_avoid_cropping_annotation_labels

JAL-244 Allow wrap manual adjustments to be smaller than the actual id widths.

JAL-244 Allow adjusting Id column width in wrap mode. Set Id column width in gui and image output with --wrap mode.

JAL-244 testing without AlignFrame for --wrap

JAL-4243 Jalview 2.11.2.7’s biotool record as JSON complete with update instructions as a README

JAL-244 Fixed idWidth labels in headless mode for non-wrap alignments

JAL-244 More accurate width calculation, allow increased id width adjustment after manual adjustment

JAL-244 test files

JAL-3855 tree title for PAE matrix tree is PAE Matrix (method) for (structure) (sequence)

JAL-3855 auto select clusters and fix up colouring/propagation on calculation & tree display

JAL-244 Changes to Annotation labels width now adjusts the overall idWidth if larger than the alignment idWidth. Will not shrink the width if a manual adjustment has been made.  Can be overridden by preference.  Also fixed buglet of scroll bar not adjusting with manual changes to idWidth.

Merge branch 'patch/JAL-3855_fixup_pae' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-3855_fixup_pae

JAL-4153 comments re patch incorrectly committed under JAL-4513

JAL-4513 move comments

JAL-4513 now re-add the SwingUtilities.invokeAndWait() with minimal sleep

JAL-3855 PAE matrices are transposed on import from JSON so returned contact vectors correspond to errors predicted when superposing at a given column position

JAL-3855 JAL-4124 test checks asymmetric matrices are stored and restored correctly

JAL-3858 fix off-by-one in matrix visualisation and interactive tooltip

JAL-3858 flip diagonal so matrix visualisation is top left to bottom right

JAL-3858 annotation .height is bigger than graphHeight so adjacent PAE matrices are clearly separated

JAL-4513 reduce wait to invoke fail

JAL-4513 add a SwingUtilities.invokeAndWait() to see what happens

JAL-3599 Updated default eclipse to 'latest' and made jalviewjsLaunchTest timeouts a bit more flexible

JAL-4119 TRACE level console message reporting download URL for sifts. Also more informative message when ‘Sifts Mapping Failed’ is reported as an exception - since this message can be reported when some chains in the PDB file do not match sequences being associated (but others do!!).

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4223 add testdata for test

JAL-4090 mark JAL-4178 and JAL-4142 as known issues

JAL-4217 move Commands.structureImageTest to testTask1

JAL-4223 - test and patch to ensure numbering matches sequence data from RNAML file

Merge branch 'improvement/JAL-4212_remove_macos_test_java_icons' into develop

Merge branch 'improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe' into develop

JAL-4217 JAL-629 built in 25s time out waiting for structure viewer to load data before attempting to grab an image.

JAL-4090 update 2.11.3.0 release notes (with in-progress bits too) and what's new

Merge branch 'patch/JAL-4119_sifts_ftp_split' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe

JAL-4195 add exception handling for all other CommandsTest tests and remove errant class-level @Test tag

JAL-4221 update description when transferring annotation and no description already set

JAL-629 even more console debug for --structureviewer opening arguments

JAL-629 liberal defensive coding, comments about refactoring and DEBUG output for --structureimage

JAL-629 make —structure image work again after threading it off

JAL-4217 catch case when the structure viewer doesn't get added to the desktop window (possible knock on for flatlaf JAL-3416)

JAL-4217 interruptedExceptions should also break any wait loops

JAL-2292 verify mixed case alignment actually aligns

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in a separate thread and hang around until it completes…

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in an invokeAndWait

Merge branch 'patch/JAL-2292_caseSensitivePAE' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4213_addref_with_selection' into develop

Merge branch 'merge/from_2_11_2_7_to_2_11_3_0' into develop

JAL-4117 JAL-1551 source licensing

JAL-4117 Fri June 30th release of 2.11.2.7 with Jalview Plausible analytics

JAL-4217 try really hard to shut down and dispose of Desktop resources and any lurking threads

JAL-4216 release notes

JAL-4216 compute size of annotation using start/end of sequence and given length. This might not work...

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop

JAL-4001 Added a random id to User-Agent to ensure separate visits recorded in Plausible.  Changed default URL to self-hosted site

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop

JAL-4117 JAL-4001 plausible analytics release notes and privacy docs

JAL-4090 update from 2.11.2.7 JAL-4117 - version bump and release notes for JAL-4116

JAL-4001 analytics url provided by https://jalview.org/services/config/analytics/url

JAL-4001 change Plausible discovery URL

JAL-4001 remove stray --headless mode analytic

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode

JAL-3820 add java and java.exe from JAVAHOME to list of likely JVMs