typo - Muscle->JNet

Jpred to JNet

2_03 build project

Proceed with upperCase residue

various case sensitivity bugs fixed in residue comparison functions.

Use aa index for aboveThreshold as well as colour index

Client threads for discovered web services.

GUI modifications for service discovery.

Gui Modifications for Service Discovery.

<No Comment Entered>

Has version, Groups are optional, trees added to schema

Add attribute schemeName

Add buildPropertiesFile to applet jar

Read in version from build details file in applet jar

Web Services moved from Calculate

Capitalise menus

Maintain list of webservices and query any Service Discovery services.

Simple Registry Service stubs

Fixed basic name to sequence ID matching (bug dragonfly.compbio.dundee.ac.uk/mantis/view.php?id=9227)
and improved code robustness when dealing with badly formed IDs (null strings).

No basicDirectoryModel on the Mac

Set size for mac users

Error reply is kept separate from file type

Add names to schemes

New image

Check default colour is not null

Remove user colour menu item

Check default >0, not <1

Conservation group colour saved

Add SRS as default

Return white userColourScheme, not null colourscheme

Use getDefault for exampleFile

Advice on proxy servers

Rebuilt with new schema

Put basic file chooser test in try catch loop

Scheme name added

User colours have scheme name

User colours

No score colour scheme, group colours saved if conservation applied

Calculation - consensus

updateUserColourMenu

Discover user colours

Remove redundant imports

Jalview Version:

Output java version, os version on startup

Remove null check

Sparc for Solaris

Use default fileChooser for now

super.setconsensus

Percentage precalculated in aafrequency

isGap slightly more efficient

Add taylor to default colour check

Hashtable now in array, not vector

IgnoreGapsConsensus

Dont color Checking... red

Declare variables outside loops

Calculate gap and nogap ratio here

fixed leafMapping bug for Id's like SequenceX (where X=14 matches all X=1,10,11,12,13).
Fixes Mantis 0009227

Add notes on proxy settings

InstallAnywhere readme

New classes

Cache.getDefault

Proxy server, default browser, multiple links added

cache.getDefault

Try/catch loading default icons

Splash screen is repainted when checking latest version

Handle multiple url links

Can give a name to new browser window

Properties file is used in preference to viewport/cache/preferences replicating defaults

Edit/add/delete a sequence link

Applet handles multiple sequence links

Add docs in build

Fix for user entering number in search window

Version 2.02

1 & -1

Trees aren't save in headless state in this version

Loading thread moved to io.FileLoader

Use Container to get fontMetrics

FileLoading removed from desktop

Can run headless=true

Use font.getName, not font.getFontName

Remove ref to ServletGUI

use 1 & -1 if start/end not specified

if endRes <1, calc the endRes

Correct label for end res in copy

v2.02

backslash irrelevant in java

Copy seq ordering bug fixed

Output redirected to output.txt

Remove .txt, add command line instruction

homepage must have http:// at beginning

put jalview.jar first in jnlp

Version changes

Jnlp info updated

Must check if group.sequences are null in remove gaps

Consume if enter pressed

Listen for return key

check groupsize is non zero

setIconImage

typo

image changed