Output new alignment bug fixed

ilen and jlen no longer +1

Remove redundancy implemented

colours are right, but not the conservation bit!!

no need to send sequence to determine residue colour

Added for the moment, only used by ClustalxColourScheme

No need to sened sequence to determine residue colour

isGap method implemented in utils, and optimized

isGap method implemented in utils

GSlider replaces GConservationIncrementPanel

no more group editing mode. clustal implemented

Displays full id with the help of nowrap

New class

ColourScheme no longer requires sequence

End of GroupEditing, GroupDefiningMode!!!!!

Register with paintrefresher

If selection altered, update RubberbandGroup

All colours added, also sequence menu added

Right mouse brings up Popupmenu

ColourScheme findColour no longer needs sequence

If selection altered, update Rubberband group also

REpainting after graph panel setVisible fixed

SliderPanel added, edit is by mouse click

Removed, SliderPanel replaces this class

isGap method added to utils

Dont try{}catch the findColour method, lets fix this now

HTML ouput is now identical to onscreen view

Enable PID menuitem

PID Colour scheme now operational!

Add Jims name!

Getcolours is not needed ????

Scalepanel has new constructor

Increment panel must call globalcolour or seqeuncegroup colour

Allow userdefined colours for groups

Can now select groups using column selection

Userdefinedcolours works for groups as well

Hastable is not used anywhere

New class for defining groups and selections

Copy, cut and move now done via popup menu

Selection of sequences is continuous

Drawing of group and rubberband corrected

Sequence selection now done via popup menu

must allow for alignment width

Copy, move and delete now done via Popup menu

AddOrRemove function added, start and end res fixed

If groups doesnt contain group, addition is allowed

Hashtable size must allow for total-start

Choosing sort again reverses the sort order

No longer exclusive to SequenceGroups

Now allows multi coloured HTML output

Colours set globally in viewport

Looks to viewportfor global settings

Addition of rubberband

Now draws group, rubberband

sequence selection modified

SELECTED IDS COLOURED LIGHT GRAY

COnservationSelected and rubberband method setup

Colour scheme new global implementation

Colour etc is now globally set

Check if sequence is in group before adding

Use cross platform lookandfeel

Dont use updateResidueView

Space char added

remove import of jbgui

default gap char is -

wont work at present, renderer is null

remove splashscreenclosing line

Preparing for groupselect mode

av.charWidth is now an int

send SequenceGroup to renderer

charWidth is now an int

Text alignment changes

Allow operation if no groups exist

Colourscheme is null

invalidate and validate after closing splashscreen

Space added

Add globalcolourscheme

Sort groups bug fixed

Now has res start, res end

default gap char is -. Getting ready for group select mode

Search on residue position and within selection

splashscreen activated

removed divider from edit menu

Search menu added

If search results==null, displaySearch is false

When closed, highlightSearchResults( null )

show search results added

showinternal***dialog

search function added

rendergaps(boolean)  function added

showInternalInputDialog

Dont render gaps in overview panel

Brackets moved

Find routine added

Char to string comparison

Gapchar is a char, not string

Set gap chararcter replaces all existing gap chars

Modified output to reduce HTML file size

Find added to edit menu

New class