notes re JAL-623 and JAL-583, new api methods for adding several structure/seq mappings at once

notes re JAL-629

fixed various null pointer exceptions that occur when PDB files imported into Jmol which do not map to a sequence. Notes re JAL-623

fixed various null pointer exceptions that occur when PDB files imported into Jmol which do not map to a sequence

added URL display for parameters/options and debugged parameter set switching

utilities for cloning and manipulating JabaWS parameter objects.

refactored seq/str binding methods and ensured that structures added to existing view get loaded first

patch for structures with multiple models, and refactored seq/str binding methods

1.2 compatibility

revised sequence/structure binding so one structure associated with x-seuqenceI's, and bugfixed superposition code(See JAL-583)

revised sequence/structure binding so one structure associated with x-seuqenceI's

patch re issues.jalview.org/browse/JAL-583 : hack to prevent chains being mapped to sequences with different chainspecs

update to Jmol 12.1.5 (will become 12.2.X when released)

applet now requires java 1.5 minimum (jmol 12.1.xx series is 1.5 only).

update to Jmol 12.1.5 (will become 12.2.X when released)

init Jmol with 'SmarterJmolAdapter'

correct initing of JmolViewer to avoid security exception in unsigned applet moed

excluded methods related to broken Jmol applet binding mechanism (JAL-621)

excluded methods related to broken Jmol applet binding mechanism (JAL-621) and implemented default 'search all alignment' mode when opening a new PDB structure view

ensure template InstallAnywhere build file is always copied before file locations are updated

avoid race condition by setting sequence logo flag directly rather than via accessor. See todo for further threadsafety

rollback to 1.58 - since excludes are unnecessary

broken xml ? (could be old ant issue)

complete the sequence-structure mapping details. * JAL-582

refactor jmol api so it doesn't clash with Swing component method. * JAL-582

check that we have mappings before trying to broadcast mouseovers involving them

(probably unnecessary) explicit inclusion of jalview/ext package

refactored external structure viewer binding API calls so they do not reference Jmol classes (re-instate's Jmol free launch of JalviewLite).

wrapped code from URL retrieval tester as a function to determine correct protocol to retrieve data of a certain type from a datasource string. note - not rigourously tested

improved debug output when Jmol viewer creation fails

extend jmol binding handles selection events and add in a 'refreshPdbEntries' step so the list of PDB entries jalview knows about can be updated before a Jmol notifyUpdate event is handled

binding between JalviewLite alignment windows and some external Jmol viewer

JAL-617 - new menu items for exporting current view or complete PCA pointset

output the eigenvector matrix in full: JAL-616

JAL-612 - catch hidden OOM related to filling in cut and paste text boxes

new appletlib path for jars specific to the applet

new appletlib path for jars specific to the applet

source level now 1.5

source level now 1.5

source level now 1.5

new appletlib path for jars specific to the applet

update Jmol to 12.0.6

1.5 annotation removal

update jmol instance

thread safe construction of Jmol instance and hack to translate invalid jmol state statements.

refactor to abstract jmol/jalview binding and applet and application specific sequence structure binding.

code design comment

1.5 annotation fix and thread safe menu update

refactor to jalview.api methods

1.5 annotation fix

colour menu items are in same radiobutton group

cutn'paste fix so rna residue chains are assembled correctly

improved parameter set store/save/rename logic and debugged parameter/option display

jaba ws client revision 2680

reverted dodgy test code

improved dialog layout and flow and fixed switching between presets. No preset save/load support yet.

ask user if they want to run the JabaWS tester on new URLs

render jnlp artefacts for 1G and 2G machines (jalview_1G and jalview_2G.jnlp)

interactive/batch mode test for groovy scripting (See JAL-611)

ensure that both null and undefined colourscheme names resolve to 'None' when the applied colour scheme is reflected in the gui

reorganised colourscheme enumeration to make it easier to add hardwired schemes.

jabaws is the new jaba!

jaba!=jws2

URLs that begin with javascript: are opened in the same window. See
http://issues.jalview.org/browse/JAL-604

less ambiguous feature style description

removed 'method notes' comment in job output.

update to Jaba_r1 minimal client distribution, and resolve issues JAL-602

wrong config string

jaba on classpath

no tooltip and cleaner parameter layout

divide services by host within the menu

jaba is the new name.

default public service URL

jmol 12 patch - ensure we replace the correct filename in the jmol script before it gets executed

upgrading structure/sequence binding so that a structure view can contain many pdb files

new ajax api methods for linking existing jmol viewers with sequences in an alignframe

interfaces implemented by jalview renderers

proxy interface for structure viewers that jalview works with

new abstract proxy for use by applet and application

upgrade to InstallAnywhere 2010 and ensure minimum vm size is 32M, and max is 256M

patch for npe that occurs for importing Jalview projects where group conservation is displayed but no conservation for alignment is displayed - (observed during Jmol patching)

typo bugfix

catch OOM earlier * JAL-595

drop down selection of different parameter sets

edit jws2 job parameters before running job

prototype - implementation in progress JAL-591

set program name to service type (see related issues to JAL-493 re setting provenance correctly)

organisation by host and service type

generic action text method

ensure service menu is rebuilt after update listeners registered, and flatten JWS2 service tree.

2.6 docs

new web services preference tab (JAL-589)

rejigged change support to make it (more) reliable

new jmol/pdb relates api calls

added new jmol to install manifest

update jmol jar version for applet

remove source annotations

update to Jmol series 12 (JAL-582)

NPE in hashtable constructor

update latest version