basic Netbeans project files and enriched build documentation: fixes JAL-848

fix to preserve sequence numbering in MSF (JAL-847)

jmb isn't created yet, so use another SSM provider

patch for JAL-846 made targetChain mapping constraint selective so
computed mappings are limited to cases where chain codes were explicitly
supplied

bug for clients using NJTree directly - pwtype should be valid score
matrix or PID, otherwise it is set by default to BLOSUM62

first patch for JAL-838 - allow new typed of PID calcs

example applet and desktop application files that should be published
to website at www.jalview.org/examples (JAL-815)
base version is 2.6.1 release of Jalview

example applet and desktop application files that should be published
to website at www.jalview.org/examples (JAL-815)
base version is 2.6.1 release of Jalview

Revert "just a test"

This reverts commit 0f56a75191c95a02b5f5ee90d9a6a57f72b0433b.

just a test

refactor to allow distinct StructureSelectionManager instances for
each jalview context in a JVM (JAL-621, JAL-569, JAL-731, JAL-735,
JAL-832)

interface for objects at root of a jalview session's
selection/highlighting/colouring message context

interface for handlers of alignmentViewPanel events

cruisecontrol again

another cc test

Merge branch 'master' of https://source.jalview.org/git/jalview

test cruisecontrol

test cruisecontrol

ensure all colour statements added to string set

uncommentable debug message for JAL-771

html tags

improved javascript callback execution thread and provided 'large string' asynchronous retrieval interface (JAL-735)

separation of jmol script command generation from jmol binding

javadoc and informative error message when external binding to PDB fails

ensure feature renderer settings come from the given view

added simple stdout debug function

JAL-824 - additional methods to allow jmol colouring state indicator to be passed in and modified on an instantiated view

JAL-824 - patch to schema to allow jmol colouring state to be stored

toggle of inclusion/exclusion of views for colouring was't working

JAL-824 - ensure Jmol colouring is a radio button

documentation for JAL-824 and JAL-621

documentation for JAL-732

htmlfix

formatting

removed useless flag (was always null for button press) to ensure default view colouring behaviour for JAL-824 when sequence colouring is chosen

JAL-823 and JAL-824 - seqColour no longer the default colouring state unless PDB file opened from alignment window

comments re JAL-823 legacy issue

clarify tooltip

moved loadingFromArchive flag modification to after GUI refreshes are completed and javadoc.

option for enabling Jmol colouring mode JAL-824

JAL-641 patch

patch for JAL-733

patch for JAL-820 and JAL-821

separated alignment annotation height calculation from panel height adjustment

moved to same place as in jalview.gui

save and recover graph height, visibility and row position for autocalculated annotation rows (JAL-785) and column label formatting attributes (JAL-817 and JAL-818).

allow an alignment annotation row to be removed and re-inserted without losing any of its sequence or group associations (JAL-784)

allow an existing alignment annotation row to be bound to a sequenceGroup as its consensus or conservation row (JAL-784)

added graphHeight attribute to schema (JAL-784)

avoid race condition when featureRenderer for structure is updated by its associated view.

patched XML parser to ensure it properly escapes non-html friendly characters prior to tooltip generation (resolves JAL-808)

todo

imported properties via -props should never be overwritten

allow groovy scripts to be run when in headless mode - pass startupAlFrame as context

allow groovy scripts to be run when in headless mode - pass startupAlFrame as context

allow groovy scripts to be run when in headless mode - pass startupAlFrame as context

resolves JAL-805

resolves JAL-804

excess imports

patch for JAL-780

patch for occasional ArrayIndexOutOfBounds

patch for JAL-792

first patch for JAL-774 - ensure end is a valid bound to limit search for last sequence position (at least as long as sequence)

first approximation for JAL-782 - hint that opaque groupName is actually the name

JAL-777/JAL-641 debugging

new alignmentPanel api  + JAL-777/JAL-641 debugging

fix scrolltoposition behaviour and new alignmentPanel api

fix scrolltoposition behaviour

JAL-574

convenience method to discover all Jmols

JAL-779 and some redraw refinements

JAl-574

avoid exceptions for orphaned windows

bugfixing for JAL-778

new multiple multiple view associations JAL-777

call to release any explicit event handler references and fix for occasional arrayIndexOutOfboundsErrors

dynamic alignmentPanel menu class

call to release any explicit event handler references

removed explicit 'linkedAlignmentPanel' flag

fix for occasional race conditions

fixes JAL-778 - flag to indicate binding between an alignment panel and Jmol view for colouring and optionally for superposition as well.

protype api

classCast exception - attempting to update registry to bind jalview object to the VorbaId rather than the actual Vamsas data object the VorbaId refers to.

fix for JAL-776

fixes JAL-775

JAL-769

JAL-564 (annotation panel height adjustment) and alignment annotation popup menu items for JAL-759

JAL-621 (mouseover debugging) and JAL-564 (annotation panel height adjustment)

JAL-621 and JAL-564

JAL-621 - also renamed list of javascript handlers

refactored annotation panel height calculation

JAL-621 - also renamed list of javascript handlers

javadoc

Balascz reported problems - jalview tries to write back to the URL. Fixed this so that Jalview will only write back to properties files, and also ensured properties are modified before potentially failing writes occur.

JAL-761

1.2ish awt methods

java 1.4.2 applet build

1.2ish awt methods and excluding unused code

don't need to retrieve idwidthadjuster

javadoc