Merge branch 'merge/JAL-3285_mchmmer_with_211_develop' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

JAL-2629 can now choose number of jackhmmer iterations

JAL-2629 fix faulty label in a MessageManager.getString() call

JAL-2629 add sort by evalue and bit score

JAL-2629 hmmer searches now read domain rather than full scores

Merge branch 'merge/JAL-3285_mchmmer_with_211_develop' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

JAL-2629 hmmer searches include seqs past inclusion threshold in output

JAL-2629 hmm search UI and structural improvements, inclusion thresholds

JAL-3070 standard way of storing/recovering documentation URL for service

JAL-3070 remove final reference to Jws2Instance

JAL-2629 fix hmmsearch/jackhmmer assigning incorrect evalues and scores

Merge branch 'tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

JAL-2629 fix hmsearch and jackhmmer not being able to search alignment

JAL-2629 hmmsearch # of new sequences now only displayed when specified

JAL-2629 fix incorrect hmmbuild on groups behaviour

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel - fix

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel

Merge branch 'merge/JAL-3285_mchmmer_with_211_develop' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

JAL-2629 fix hmmsearch/jackhmmer being unable to search through DB file

JAL-2629 uniquify all hmmer command sequence outputs

JAL-2629 fix file format issues preventing hmmsearch, jackhmmer running

JAL-1544 fixed a html encoding of '<' (%lt; -> &lt;) in commandline.html

JAL-3111 correct JVL appbase for 2.10.5 via getdown

Merge branch 'task/JAL-3337-rm-lib-update-sourceDist' into develop

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 round-and-round the process source files again

JAL-3337 more includes and excludes

JAL-3337 remove the old lib directory !

JAL-3337 rejig the source distribution generation to process and replace tokens in source files

JAL-3111 replace year in header for help pages and put processed help in build/distributions

JAL-3225 try/catch for non-deprecated/deprecated property in sourceDist which is not available on older eclipses

JAL-3353 Change to build.gradle to use the file:// enabled getdown-launcher-local.jar for LOCAL and ARCHIVELOCAL builds only. Otherwise the getdown-launcher.jar (with no local file enabled) will be used

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3111 help pages minor corrections

JAL-3348 fixed an internal href in help to allow building

JAL-3337 adjusted building doc as sourceDist uses gradle 5.2 or above properties

Merge branch 'task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview' into develop

JAL-3111 JAL-3348 JVL file documentation

JAL-3348 revised bsoares memory settings documentation and updated docs for launching jalview from command line

Merge branch 'develop' into task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview

merging in develop

JAL-3348 memory.html documentation finished for 2.11.0

JAL-3348 jvmmempc in jvl file now works in linux

JAL-3348 jvmmempc multiple values shouldn't be merged

JAL-3111 tidy up lists/indentation for release notes

JAL-3111 Java 11 only and 'onwards'

JAL-3111 more whatsNew tweaks

Merge branch 'task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website' into develop

JAL-3111 more whats new

JAL-3348 start of new memory setting text

JAL-3348 jvmmempc allowed in jvl file

Merge branch 'develop' into task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview

merging in develop

Merge branch 'documentation/JAL-2843_featureFiltersFormat' into develop

JAL-2629 fix search scores being read in incorrectly

JAL-2629 fix hmm on alignment being deleted upon running jackhmmer

JAL-2629 evalues and bit scores now conserved after hmmalign is run

JAL-2629 removed empty line produced under sequence report

JAL-2629 can now filter by sequence e-value or bit score

JAL-3348 prepping getdown to pass JVM command line args

JAL-3111 updated what’s new… still more to come !

JAL-3111 updated privacy statement to remove mention of JNLP version checker JAL-3280

JAL-3111 JAL-3150 revised Jalview archive documentation and noted instructions about converting Jalview project files pre Jalview 2.1.

JAL-3111 JAL-3348 removed pre 2.11 instructions on setting Jalview’s memory settings. Needs information about configuring proportion of memory allocated.

JAL-3111 JAL-3280 hide the version check preference option in ‘Connections’ tab

JAL-3111 tidied up preferences dialog documentation

JAL-3111 fix broken helpTOC link

Merge branch 'tasks/JAL-3311_removeVamsasMenu' into develop

Merge branch 'develop' into tasks/JAL-3311_removeVamsasMenu

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

merging in develop

JAL-3337 Tidied up j8libs in THIRDPARTYLIBS. Replaced jersey-*-1.19.jar with jersey-*-1.19.4.jar in j8lib.  Removed lib/ folder from sourceDist.  Added instructions for running testNG with a specific group of tests to building.md

JAL-3111 release date now 4th July 2019 - codename 'bastille'

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 formatting

JAL-3111 new known defect from JAL-797

JAL-3111 release notes for JAL-2789 JAL-2744 JAL-1889 JAL-3287 JAL-3289 JAL-3288

JAL-3111 whats new and JAL-2738 JAL-2743 expanded help documentation for VCF

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

Merging in develop

JAL-3337 Excluding j11modDir from source distribution (has some older version jars converted to mods and none of these files are used in the build -- jars are all in j11libDir and used as libs not mods).

JAL-3337 Updated the j11lib jars (don't need to be converted to modules) that aren't in j8libs. Added licensing information for these jars to THIRDPARTYLIBS.

JAL-3337 gradle.properties for publish help as html pages

JAL-3337 publish help as html pages with GA tracker (ant task rescued from old build system)

JAL-2629 hmm match score colour scheme now colours by length

JAL-2629 add simple jackhmmer functionality

JAL-3337 starting to add to THIRDPARTYLIBS

JAL-3322 increase concurrent downloads in getdown

JAL-3333 removed unused variable

JAL-3337 Added some more files to source tar.gz file

JAL-3337 added gzip compression. Archive filename now matches the ones in docroot/source/ when using -PJALVIEW_VERSION=...

JAL-3322 getdown jars with network timeouts applied

JAL-3332 Sensible default timeout values for network connections (8s connect_timeout, 15s read_timeout)

JAL-3333 using floats for smoother weighting

JAL-3337 added sourceDist task to gradle.  Creates tar file in builds/distribution/jalview-source-JALVIEW_VERSION.tar

JAL-3337 update to JAVA-11-README to state current Java 11 build

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

update merging develop into this branch

JAL-3333 Sorry couldn't resist adding a bit of weighting to the rotation

JAL-3333 Title text now appears instantly. Altering speed of rotating logo depending on queuing or running status. Rotating logo now 'parks' rather than jumps at completion.

Merge branch 'bug/JAL-3333_Blurry_fonts_in_WebServiceInfo_window_title_in_macOS_mojave' into develop

Merging in simple change from transparent image to white background and removing alpha channel in image model.

JAL-3333 changed RGB model.  Tested in mojave and Windows (works)

JAL-3111 release notes for JAL-3330 JAL-3021 (tweak) and JAL-3333

JAL-2629 add ability to add background frequencies to a HMM

JAL-3337 start of a Tar task