lots of tidying in doco.

Moved to new repository

moved to new repository

InstallAnywhere config

better clustalw reference

export moved to its own file.

export alignment
graphics

feredoxin startup alignment with a tree.

more menu doco.

dont add sequence twice to new group

Sort Groups modified

dont convert to uppercase

textarea replaces textfield - can cut and paste sequence from seqpanel

remove gaps applies to selected area

use .jalview.uniprot.xml

Check colours not null

check colourscheme is not null

paintrefresher

add/remove updated

Column selection changed

REmove commented out lines

allow for fastpaint

add / remove editable columns

Tooltip changed

first jalarchive entry.

change name of uniprot file

add version

remove system.out

de-os-specificised some bits. Commented the file association entries
in jnlp for the moment.

removes jarsign.

help file bits.

pad-1 gaps fixed.

slight modification to srs query so it takes both uniprot accessions and names

Arbitrary decision to keep friendly id name when reading in uniprot headered fastA files.

update conservation colours after edit

ToolTip updated

add value to conservation mouseover

if seq is null, dont check pdb

mouse pressed moved to mouseclicked

Deselect sets annotationPanel activeres null

reset if clustalX colouring

Dont delete nextSeq

PaintRefresher must be sent alignment

super.paintComponent

Set background colour of applet RGB

protected now public

Double click to launch file browser

tooltips instant (hopefully)

No spaces allowed in sequence name

Load/Save trees

Returns TreePanel when opening Newick

Saves trees

null pointer fix.

uses paintrefresher

clustal probs

quit saves screen size

Updates checkboxes on load

PaintRefresh changed

protected now public

Quit actionPerformed

Get colourScheme with seqs and width

SeqFetcher modified

remove imports

Fastpaint is false initially

latest

added logs.Castor.level

added castor logger configuration.

Remove imports

set conservation/consensus in constructor

removed exception name from server error state (to not alarm the casual user).

removed

deleted

moved from lib

for obfuscating

needed for applet search

Build Applet added

Monospaced

Warn if Textarea limit has been reached

replace space

group recalc conserve

recalc group conserve

if missing forward slash

Recalc accelerated

style change.

heading

punctuation (sorry ;-)

grammar.

unterminated ul

nicer help.

Sets sequence features

spelling

Spelling

Formatted source

GPL

GPL license added

*** empty log message ***

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more truthful comment.

quickie  build instructions.

very basic code convention. no licensing/stripping yet.