JAL-1859 JAL-857 house keeping

JAL-1859 JAL-857 updated all reference of JmolApplet-12.2.4.jar to JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar

another merge from develop

updated examples index page

merge

JAL-793 use default custom export settings for html exports

JAL-857 increased callback timeout to accomodated applet load delay

JAL-1828 lookup table to convert MSE to MET when parsing PDB data

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

merge from develop

JAL-1835 updated documentation in preferences

JAL-1740 migrated BioJSMSAViewer git repo to https://github.com/jalview/exporter-templates/tree/master/biojs

merge

JAL-1805 JAL-1700  house keeping

JAL-1739 reverted BioJSON schema to use one main version for the whole schema and remove every other versioning for different fragments of the schema

JAL-1544 spelling

JAL-1355 User error text externalised to message bundle

JAL-1768 set initial 'enabled' state for id width label as well

JAL-1264 test made i18n robust

JAL-1768 enable fixed width output when auto-width _not_ enabled

JAL-1843 fixed input/add from textbox; added @Override to Desktop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

merge

JAL-1805 JAL-1782 added a draft documentation for TestNG to jalview doc directory

JAL-1853 add test to list for ant task

JAL-1619 additions, standardised menu item symbols

JAL-1681 mention of cDNA consensus added

JAL-535 todo: refactor logic to desktop controller class

JAL-1772 non-functional test added. not doing any more work for 2.9 release

JAL-1673 new test to verify transferRESNUMFeatures()

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'bug/JAL-1853_gapchar_output' into develop

JAL-1853 add test to Functional group

JAL-1853 make getVisibleSeqs more memory efficient by clipping sequences as the sequence vector is populated

JAL-1853 refactor clip routine from getSequenceStrings

patch for JAL-1853 - use given gap character to reconstruct alignment

JAL-1853 test origin of gapChar bug in AlignView method

JAL-1693 split frame opened for get xrefs, translate as cDNA

JAL-1853 test demonstrating bug

JAL-1672 additional assertions added

JAL-1355 user error message text externalised

JAL-1668 house keeping

merge

JAL-1700 updated error handling with suggested improvements after Jim's testing

JAL-1836 temporary workaround for negative resNumIns in PDB file

JAL-1270 comments added regarding required remote service

JAL-1759 updated unit test for removal of trim on Atom.resNumIns

JAL-1830 tests relocated to AlignViewportTest after refactoring

JAL-1627 updated expected tooltip text in unit test

JAL-1830 unit tests for removing (or not) mappings on close frame

JAL-1830 refactored so no jalview.gui references from jalview.structure

JAL-845 compacting duplicated code

JAL-1611 debug sysout suppressed

JAL-1544 message label corrected

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1701 help page for Split Frame view linked in

JAL-1844 adding more missing jars - jersey, other json stuff, jsr311 and also jetty (for JAL-1575 JAL-1725)

JAL-1544 'Jalview' consistently capitalised

JAL-892 JAL-1764 Varna and Chimera also saved to project file

JAL-892 saved to project; external help link updated

JAL-1727 added EBI mirror of DAS registry

JAL-1596 JAL-1725 JAL-1588 updates for selection in Chimera, save to
Project, Windows Firewall

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1725 restrict Jalview's Jetty server to localhost

fix for JAL-1844 add jersey-core,json,client-1.19 to install anywhere config

JAL-1830 dropped reference counts for mappings, instead remove mapping
when no alignment holds a reference to it

JAL-1596 check for null pointer (thread running after viewer closed)

JAL-1270 test separated out of JalviewChimeraView

JAL-1270 corrected path to test properties file

JAL-1270 separated Jmol and Chimera tests to avoid concurrency problems

JAL-1759 updated unit test for removal of trim of Atom.resNumIns

JAL-1840 correct setting status bar for structure mouseover

JAL-1759 added check for null (console 'history')

Fix to use correct resource bundle entry

JAL-1759 corrected syntax for 'atom picked' callback (toggles label
on/off in Jmol)

JAL-1780 just a spelling change

JAL-1674 more correct status bars in splitframe mouseover (applet)

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1759 removed trim() of Atom.resNumIns as not backwards compatible
with saved projects (generates duplicate annotations)

JAL-1641 externalised save_as_biojs_html

JAL-1835 corrected Embbed to Embed

merge

JAL-1834 removed quotes around truncated strings with ellipsis

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-845 error message on syserr if supplied files don't map as cDNA and
protein

remove mentions of non-functional RNAInteraction colourscheme

JAL-1834 capped the tool-tip text at 500. once that is exceeded an ellipsis is added

JAL-1834 disabled action buttons (Back / Ok / Cancel) when in 'Configure Displayed Columns' tab

JAL-1443 bug fix for loading pasted alignments from clipboard via the file loader

JAL-1831 updated json schema doc

clean up

JAL-1780 made the 'Select All' checkbox to be shown for all the setting panels

JAL-1780 changed 'Check All' to 'Select All' and externalised all message labels in export settings window

merge

JAL-1833 revised implementation

JAL-1833 added unit tests (some failing) for wrapToolitp

JAL-1782 don't save TESTNG output summary to git

JAL-1725 log to sysout when listener shuts down

JAL-1742 suppress 'add chain' option for Jmol, pull up shared code for
Jmol/Chimera

JAL-1861 bugfix to allow parsing of stockholm files with missing annotations