Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2069 removed unused and redundant thresholdIsMinMax

JAL-2816 JAL-2835 additional tests to include colour/filter by attribute

JAL-2835 update test for array-valued attribute name

JAL-2835 update test for CSQ data held as a Map

JAL-2835 test updated for colour by 'nested attribute'

JAL-2816 tests for findFeaturesAtColumn

JAL-2816 exclude filtered / thresholded out features when finding

JAL-2835 take all CSQ fields; catch invalid field match patterns

JAL-2835 support filter/colour by nested attribute names

JAL-2835 code tidy (generic type constructors)

JAL-2069 dialog title now 'Variable colour'

JAL- 2835 support filter on nested attribute keys

JAL-2835 add filters for VCF/VEP 'fields of interest'

JAL-1270 add missing "Functional" to tests

JAL-2758 update uniprot retrieval test

JAL-2754 corrected merge conflict

JAL-2758 release notes

JAL-2698 formatting

Merge branch 'features/JAL-2758_shorteruniprot' into develop

JAL-2758 remove configurable behaviour - Uniprot sequences are only assigned IDs derived from Entry name

JAL-2758 typo

JAL-2738 stubs for filtering VEP and VCF fields of interest

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

Conflicts:
.classpath
build.xml
resources/lang/Messages.properties

JAL-2662 tweak README, format code

JAL-2698 what's new...

JAL-2810 release notes

Merge branch 'imp/JAL-2810_ftsIDtab' into develop

JAL-2698 stub for 2.10.3 new known issues entries

JAL-2702 groovy interpreter update and java 9 jnlp release notes

Merge branch 'bug/JAL-2702_groovyconsoleJava9' into develop

JAL-2702 --illegal-access=warn for JVM launch

JAL-2176 removed unused Sequence.index

JAL-2702 update to groovy 2.4.12

JAL-2810 updated help docs for auto search checkbox and retrieve IDs tab

JAL-2810 updated screenshots in documentation

JAL-2810 auto search checkbox state stored as user preference. Enabled by default.

JAL-2679 example accession changed to CAD01290

JAL-2810 mainFramTabs -> tabs

JAL-2810 simpler tooltip (assume user will work out that pressing return will update results)

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

Merge branch 'bug/JAL-2742' into develop

Revert "JAL-2742 release notes - pending confirmation that there was impact to user"
-- no impact so won't include development detail in release notes.

This reverts commit ba70dbddc08876d8d72bb303823f683b65bf13c7.

JAL-2225 release note

Merge branch 'bug/JAL-2225mapMultipleChains' into develop

JAL-2808 i18n, widget state settings

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2225mapMultipleChains

JAL-2069 ensure threshline instantiated to avoid NPE

JAL-2069 (helper method for) italic titled borders

JAL-2698 14 Nov 2017 release date for 2.10.3

JAL-2775 release notes

Merge branch 'imp/JAL-2775' into develop

JAL-2810 i18n tab label

JAL-2810 ‘Close’ is now ‘Cancel’ in SequenceFetcher panel

JAL-2810 working back button shown for bulk ID retrieval tab in FTS search

JAL-2069 choice of no / min / max colour if 'no attribute value'

JAL-2810 bulk fetch for PDB IDs

JAL-2804 clearer tooltip for autosearch checkbox

JAL-2069 corrected overloaded constructor behaviour

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2069 add 'by attribute' options to graduated feature colour

JAL-2069 add attributeName and noValueColour to FeatureColour

JAL-2816 tweaks to feature visibility checks

JAL-2808 tweak to use Iterable for set of matchers

JAL-2069 JAL-2808 utility method to build combobox with tooltips

JAL-2820 limit length of residue tooltip

JAL-2069 cache colours generated from labels

JAL-2820 include attribute value used for feature colour in tooltip

JAL-2756 release notes

JAL-2808 small tweak to getString to quote the pattern value

Merge branch 'bug/JAL-2756sequenceidmessage' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2698_release2103' into develop

JAL-2818 modified README for launching jalview from source build

JAL-2808 attribute description as tooltip in dropdown if known

JAL-2808 JAL-2069 record feature attributes descriptions and min-max

JAL-2808 only initialise AND and OR buttons once

JAL-2808 new Filters tab in Feature Settings

JAL-2808 refactored getColor() checks feature visibility

JAL-2808 feature filters held on FeatureRenderer, getColor(feature)
extracted

JAL-2808 convenience method to get attribute as String

JAL-2808 attribute filtering removed, extract method refactoring left in

JAL-2808 reverted to develop (attribute filters removed)

JAL-2808 toString modified, tests corrected

Merge branch 'develop' into imp/JAL-2775

Merge branch 'bug/JAL-2791selectVisibleFeatures' into
features/JAL-1793VCF

Conflicts:
src/jalview/controller/AlignViewController.java

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2791 select columns by _visible_ features

JAL-2808 revised util.matcher package, 2 filter conditions per feature
type

JAL-2792 test updated for 3 column table

JAL-2810 checkbox label for Autosearch

JAL-2810 default border colour

JAL-2756 update for new EBI https link

JAL-2808 reduce code with WindowAdapter

JAL-2791 check feature visibility when selecting columns

JAL-2808 add attribute filter options to graduate colour dialog

JAL-2792 Javadoc updates

JAL-2808 add attribute filter(s) to FeatureColour

JAL-2808 remember attribute keys by feature type

JAL-2808 classes to support filtering by attribute value

JAL-2810 prototype retrieve ID tab for the Uniprot FTS panel