Merge branch 'features/JAL-3187_uitweaks' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-3187_uitweaks

JAL-3187 nice to have enabling/disabling of apply/cancel when feature settings have not yet been modified for a view

JAL-3187 i18n

JAL-3187 use the recommended way of catching tab selection change events

JAL-3187 repaint complement after loading on features

JAL-3187 individual feature settings panel has revert/apply when embedded in a tab, and split frame feature settings has an OK and Cancel.

JAL-3187 i18n for titles in windows/tabs

JAL-3535 todo re titles for CDS and Protein views in the feature settings dialog pane

JAL-3187 - tabbed pane is nulled when feature settings is closed but not featureSettingsUI - check both are non-null or reconstruct

JAL-3187 JAL-2764 close feature settings when parent align frame is closed (need to check feature settings is open before closing it :) )

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 Adding .settings/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs file needed for gradle eclipse

Merge branch 'patch/JAL-3538_fontantialiasingbydefault' into develop

JAL-3538 JAL-3407 release notes

JAL-3407 release next week :D

JAL-3538 anti-aliasing enabled by default

JAl-3187 JAL-3535 JAL-3534 update open feature settings when a different view is selected or close when none shown

JAL-3536 failing test and test data

JAL-3534 patch for simple case (Protein or Nucleotide, but not linked): transfer feature settings dialog ref to exploded views, and preserve one of the feature settings dialogs refs when views are gathered again


JAL-3187 fix for JAL-3533 on CDS/Protein tabbed feature settings

JAL-3187 JAL-3533 JAL-3535 set feature settings dialog title from view, and stash geometry for a feature settings dialog when closed, and re-use any existing geometry when dialog re-opened.

JAL-3187 better semantics for feature settings closed event handler

JAL-3187 alternative solution - gather feature settings for CDS/Protein as tabs in a window managed by SplitFrame

JAL-1354 JAL-3528 fix bug from b594d516dac69eebcccdc743933880b00fb6d44c only try to look up message via formatMessage once.

JAL-3187 applet alignFrame needs new api method

JAL-3187 first stab at ‘show CDS/Protein Settings’ for convenient switching between complementary feature settings

JAL-3187 view controller UI api method to show feature settings UI


JAL-3187 convenience method on SplitContainerI to retrieve a complement’s alignFrame

JAL-1354 JAL-3528 report missing keys for MessageManager.format calls

JAL-3407 release notes for JAL-3121

JAL-3289 Updated doc/building.md to explain possible values of the CHANNEL property during building

JAL-3407 release notes for JAL-3375

JAL-3376 highlighted in what’s new

JAL-3407 - JAL-3376 JAL-3377 release notes

JAL-3407 start of whats new for 2.11.1.0

JAL-3376 documentation for standard attributes for variants from VCF

JAL-3407 release notes (JAL-3386 signoff, new-knowns JAL-3523 JAL-3525)

JAL-3407 JAL-3508 move to 2.11.1.0 point release versioning and signed off JAL-3510 JAL-3513 JAL-3388 JAL-3389 JAL-3441 JAL-3473 JAL-3406

Merge branch 'task/JAL-3510-update-clover-to-4.4.1' into develop
fix JAL-3513 and fixes/resolves JAL-3510

JAL-3510 JAL-3153 clover instrumentation for tests

JAL-3510 bump clover version in gradle build dependencies

JAL-3341 Increase number of lines looked at by test. Fixes two tests

JAL-3341 debug for failing unit test

Merge branch 'feature/JAL-3121gffAttributeMap' into develop

JAL-3187 one more obsolete method removed

JAL=3121 more data format validation/tests, help text tweak

JAL-3121 update help page for GFF column 9 nested attributes

JAL-3121 'attributes map' in GFF3 without special 'jvmap_' token

JAL-3474 release notes

Merge branch 'improvement/JAL-3474_lots_of_.cvsignore_files' into develop

JAL-3473 Checked value of def and min. Set def to min if lower than min.

JAL-2305 moved failing CrossRef tests to Functional_Failing group

JAL-3407 update release date for Jalview 2.11.1

JAL-3474 removed all .cvsignore files stored in the repo

JAL-3407 update release date for Jalview 2.11.1

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3407_2.11.1_release

JAL-2481 remove code duplication left by merge

JAL-3441 action double-click in Feature Type column only

JAL-3141 correct cast of spinner value

JAL-3121 slightly cleaner parsing of, and unit test for, map attributes

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3121gffAttributeMap

JAL-3187 case-insensitive codon variant calculation

JAL-3121 round trip GFF attributes including map-valued attributes

JAL-3187 one more obsolete method removed

JAL-3187 minor code tidying, todo removal

JAL-2987 release notes

JAL-3407 update RELEASE and cut new release notes in releaseHistory.html

JAL-3407 JAL-3406 update credits in Jalview 2.11.1

JAL-3187 removal of variant feature (non-virtual) transfer to protein

JAL-3187 (fudge) look in both alignments for stored mappings

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3389 add .py to restored Chimera session filename so it opens!

Merge branch 'bug/JAL-3388structureChooserSorting' into develop

JAL-3198 more efficient Sequence.getDisplayId()

JAL-3388 correct class for column 0 Ref Sequence

JAL-3386 correct wrapped width calculation for headless image export

JAL-3377 more reused of SeqCanvas.computeWrappedGeometry

JAL-3377 add seq-annotations gap to cheight not to hgap

JAL-3377 Javadoc added for getWrappedHeight()

JAL-3377 corrected wrapped widths height for IdCanvas

JAL-3377 include seq-annotation spacing in getWrappedHeight()

Merge branch 'features/JAL-3375vcfValidation' into
feature/JAL-3187linkedFeatures

Conflicts:
src/jalview/io/vcf/VCFLoader.java
test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

JAL-1793 only decode specific special characters in VCF data

JAL-3376 capture VCF POS, ID, QUAL, FILTER as feature attributes

JAL-3375 format validate VCF Integer and Float fields

JAL-3375 ignore '.' values for VCF data

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-2987 tolerate null double values when formatting JTable

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel - fix

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel

JAL-3187 derived peptide variants tweaks and tests

JAL-3187 initial refactoring towards peptide variant in tooltip

JAL-1544 fixed a html encoding of '<' (%lt; -> &lt;) in commandline.html

JAL-1793 apply URL decoding when saving VCF attribute values (%3D -> =)

JAL-3111 correct JVL appbase for 2.10.5 via getdown

Merge branch 'task/JAL-3337-rm-lib-update-sourceDist' into develop

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 round-and-round the process source files again