JAL-3018 updated to Ensembl REST 7.0

JAL-3076 refactor for more efficient scan of 'gene' features

JAL-3076 fetch Ensembl sequence as JSON instead of Fasta

Merge branch 'task/JAL-3047_clovercoverage' into develop

JAL-3047 don't set classes unconditionally (forgot to delete it in earlier patch)

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'task/JAL-3047_clovercoverage' into develop

JAL-3047 don’t let the makedist task complete if a clover build was performed

JAL-3047 ‘cloverclasses’ build directory for instrumented classes (allow incremental compile and avoid releasing instrumented classes in production builds)

JAL-3047 enable clover for testng

JAL-3047 ignore clover output dir

JAL-3047 ant -Dclover.jar=../path/to/clover/lib/clover.jar to enable clover for testng ant task

Merge branch 'task/JAL-3042_remove_SimpleDocument_dependency' into develop

JAL-3042 remove mention of adjustable search box history length from docs

JAL-3042 don't allow user to change default history length for an input box

JAL-3035 removed jdas in libs documentation and noted spring modules as candidates for removal

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 documentation in 2.11 release notes (and 2.11 fictional release date)

JAL-3035 remove DAS UI documentation

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 - jalview-das is no more !
 - jsdas lib removed
 - DAS settings panel deleted (Feature settings pane has no tabs now)
 - all code for wrapping DAS sources and retrieving sequences and features from them is gone
 - test methods/main methods have been de-dasified or removed if their only purpose was to test DAS source discovery
 - fancy sorting code to account for DAS sequence source names has been removed

JAL-3035 (unrelated) random XML error in nbbuild.xml

JAL-2755 correct Javadoc and error handling

JAL-3013 ensure Chimera as a symlink gets resolved

JAL-2808 update test for revised treatment of 'mixed type' attribute values

JAL-3019 correctly form toRange of 'traversed' MapList

JAL-3018 updated REST versions to 6.3

JAL-2808 don't capture or report min-max for mixed text/numeric attribute

JAL-2808 pre-fill numeric inequality filter with min/max range value

Merge branch 'bug/JAL-797' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

Conflicts:
src/jalview/io/FeaturesFile.java

JAL-2999 release date for 2.10.4b1 set for 27th May 2018

Merge branch 'documentation/JAL-2999_r2104b1' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-2992panelHeight' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-1460_dragndropWindows' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2992 simpler heuristic for available height

Merge branch 'bug/JAL-2991_exporttosvgwrapview' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-2994chimeraPath' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-1460 clarify release notes - and mention that shortcuts are now handled by Jalview

JAL-2994 add a few future release points for good measure in Chimera path search on Windows

JAL-1460 temp variable for clearer conditional and some extra brackets for readability only


JAL-1460 javadoc

JAL-2995 tooltip on fields with double-click to browse for file

JAL-2994 temporary patch with paths to Chimera for Windows

JAL-2999 issues resolved (or nearly so) for 2.10.4b1

JAL-2997 additional tests

JAL-1460 tidied up the use of windows link file parser

JAL-1460 more complete drag'n'drop debugging info and bugfixes

JAL-1460 process .lnk files dragged to Jalview when on Windows using WindowsShortCutHandler class (thanks to StackOverFlow post..)


JAL-1460 new data flavor for URLs added belt-and-braces URL drop code found in Marinacci and Adamson’s ’Swing Hacks’ (https://books.google.co.uk/books?id=oNbFfcyAtv4C&lpg=PA336&ots=hflsI561Dv&dq=java%20drag%20and%20drop%20url&pg=PA337#v=onepage&q=java%20drag%20and%20drop%20url&f=false ) plus OS X bug workaround.

JAL-2993 AlignFrame listen for keystrokes in OverviewPanel

JAL-2997 unit test

fix for JAL-2991 - we could do better :/

JAL-2997 handle tab-delimited trailing column number when parsing

JAL-2999 release notes and version bump for jalview 2.10.4b1

JAL-2895 replace $$Jalview-Version$$ in help.jhm with build version when indexing built in help pages

JAL-797 Cmd-W act WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW

JAL-2986 corrected findIndex for out of range residue value

JAL-2986 additional asserts for SequenceCursor updates

JAL-2986 failing test added

JAL-2920 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2920_uniprotvariantfeature' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 basic test for Description from features with/out description, variation and original attributes

JAL-2920 simplified logic and added corner cases for missing attributes (probably not needed but..)

JAL-2906 update release date and release notes

JAL-2931 patch IA paths for new build box

JAL-2984 add pdb as sequence(s) if associate structure is declined

Merge branch 'patch/JAL-2976_vaqua4_fallback' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2976 fixed bad equivalence check and implemented belt-and-braces check for quaqua in class name string of look and feel to decide when to fallback to violetlib-Aqua.

JAL-2321 release notes

Merge branch 'patch/JAL-2321_addsecstrForDroppedPDBFile' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2321 patch test to ensure structures are actually annotated when loaded directly to desktop

JAL-2321 ensure default is ‘parseImmediately=true’

JAL-2321 use configured values for structure derived annotation

JAL-2321 add secondary structure & temp factor if not already present on mapped sequences

JAL-2321 use StructureImportSettings singleton settings when JmolParser.parse() called from constructor

JAL-2321 isParseImmediately() allows the parse() method to determine if it was called by the constructor or after construction

JAL-2321 allow JmolParser to be configured before parsing data

JAL-2808 ensure test setUp/tearDown alwaysRun

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

Conflicts:
.classpath

JAL-2906 apply GPLv3 license source

JAL-2960 don’t override a swing method and create infinite recursion ;) toFront now raiseViewer !

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 small tweaks to release notes

JAL-2906 2.10.4 release for 8th May 2018

Merge branch 'bug/JAL-2899' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 removed mention of experimental features, updated what’s new for 2.10.4 release, and help TOC.

JAL-2976 patch NPE when trying to open Uniprot FTS

JAL-2929 JAL-2922 release notes

JAL-2976 typo in installAnywhere build for VAqua dependency

JAL-2960 release notes

JAL-2948 transfer features/annotation is now available for all users

JAL-2960 raise the structure view after adding structures to it

JAL-2976 Vaqua fallback release notes JAL-2906

Merge branch 'patch/JAL-2976_vaqua4_fallback' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2976 fallback to Vaqua for Macs that don’t work for Quaqua

JAL-2976 Vaqua(4) as a dependency

JAL-2899 release notes

JAL-2973 JAL-2974 known defects for 2.10.4 (JAL-2906)


JAL-2925 release notes