JAL-3878 Separate gui elements from operations.

Separation went well for alignment operation but not so much
for the annotations. GUI progress bar needs to be moved outside
the operation and be controlled by the worker listener.
Addition of the results to the frame needs to be moved out from
the #done method, but it's strongly wired to the align frame
code and cannot be nicely packed into AnnotationResult object.

JAL-3878 Make interactive service arguments persistent between starts.

JAL-3878 Create proper menu for interactive services.

JAL-3878 Add methods to get and remove workers by their calc name.

JAL-3878 Create WebServiceMenuBuilder which will replace PreferredServiceRegistry

JAL-3878 Annotation comments and questions

JAL-3878 Add annotation operations to slivka discoverer.

JAL-3878 Fix sequences not being gathered when submitting without gaps.

JAL-3878 Rename annotation provider method to getAnnotations

JAL-3878 Set job status to cancelled on job cancellation.

Despite job cancellation not being implemented in slivka client,
the job status should be updated to cancelled for the event to
be emitted to the ui updater.

JAL-3878 Start interactive job by registering them with calcManager

JAL-3878 Fix progress updater bar to account for cancelled state.

JAL-3878 Refactoring SeqAnnotationServiceCalcWorker.

JAL-3878 Add getCalcName to AlignCalcWorkerI.

getCalcName() can be used to identify services that run the calculator.
when an alternative calculator (different host or parameters) is created
the old ones sharing the name can be stopped.

JAL-3878 Rename web service worker to more generic pollable task.

Update annotation operation WIP

JAL-3878 Add dataset and viewport arguments to ResultSupplier.

JAL-3878 Annotation operation skeleton.

JAL-3878 Fix workers done condition to account for broken jobs.

JAL-3878 Skip getting results of failed jobs.

JAL-3878 Add job log messages reporting.

JAL-3878 Fix null pointer exception when preparing empty sequences for job.

JAL-3878 Fetch sequences for alignment on menu action, not creation.

JAL-3878 Split web services menu entries by programs and hosts.

JAL-3878 Add isInteractive() method to Operation interface.

JAL-3878 Add getName() to Operation interface.

JAL-3878 Wire web services logic to UI elements.

JAL-3878 Fire service changed event after discovery task is done.

JAL-3878 Fix incorrect value of isRunning in SlivkaWSDiscoverer

JAL-3878 Move operation type from WebService to Operation.

JAL-3878 Code reformatting.

JAL-3878 Display results of completed alignment job

JAL-3878 Change SERVER_ERROR.isSubmitted to false.

Some server errors may occur before the job is submitted.
It's safer to associate the error with the job not being
submitted.

JAL-3878 Move WSJob instantiation out of WebService classes.

JAL-3878 Implement AlignmentOperation WIP

JAL-3878 Create interface for web service operations

JAL-3878 Implement slivka web service and discoverer.

JAL-3878 Add web service executor class and instantiate for each alignment viewport.

JAL-3878 Create base interfaces for new web services.

JAL-3878 Remove throws declaration from param store construction.

JAL-3878 Create Slivka Web Service adapter.

JAL-3878 Initial preparation.

Merge branch 'improvement/JAL-3848_slivka_0.8' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'bug/JAL-3807_jpred-with-slivka' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge commit '0b438477b16470202bddfecb54e0587036b37202' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3066 Fix NullPointerException thrown when showing HMMER run dialog

JAL-3854 patched SeqSeqUtils.deUniquify to not use instanceOf - seems to work

JAL-2994 disable tests for FileUtils path search methods on bamboo

JAL-3848 slivka preferences in javascript

JAL-3848 reinstate Fetch DB References submenu

JAL-3848 update jalview core with slivka classes, example file import and structure view

JAL-3848 add compbio and jalview to direct connection list for J2S

JAL-3853 - tweak test again - since failed a few commits after f6cb90d43782ca99cf2b1cbee2dc76bca3d1d466

JAL-3848 update swingJS runtime and transpiler to 3.3.1

Merge branch 'improvement/JAL-3848_slivka_0.8' of https://source.jalview.org/git/jalview into improvement/JAL-3848_slivka_0.8

JAL-3848 Update slivka client javajs library.

JAL-3671 hardwire log4j.root logger to INFO to supress jetty and httpclient log output

JAL-3848 enable slivka services dialog in JalviewJS

JAL-3853 JAL-1870 toggle to enable/disable posterior probability transparency when rendering per sequence annotation row scores .. needs more work

JAL-3853 JAL-1870 patch tests for annotation colour gradient without transparency/per sequence annotation score encoding

JAL-1950 patch groovy bootstrap for importing hmmer3 json

JAL-3853 patch sequence annotation report code and tweak the test. When merging from 2.11.2 develop there will be conflicts that need merging re HTMLXML tags

JAL-3848 ensure annotation from a service gets a calcId so it can be updated and tracked across multiple views - nb - service.getId() probably isn’t the right value to use for this!

JAL-3848 don’t include sequence limits in sequence id as it confuses slivka-0.8’s jalview-feature-file creation script

JAL-3848 - actually test the Slivka and JABAWS disorder services - nb still need asserts to verify the disorder annotation from Slivka looks like Jabaws

JAL-3848 print exception for failed align jobs

JAL-3848 add latest slivka-client fixes.

Merge branch 'jpred-fix' into bug/JAL-3807_jpred-with-slivka

JAL-3807 Fix SlivkaWSInstance not fetching alignments.

Merge branch 'bug/JAL-3849_aacon-parameters' into improvement/JAL-3848_slivka_0.8

JAL-3690 Remove references to old AlignCalcManager.

JAL-3848 SlivkaParamSet: reformat code and add service description.

JAL-3848 Update slivka client library.

JAL-3849 Remove join() which blocked the ui.

JAL-3807 - Add single sequence capabilities to jws2.JPredClient

JAL-3807 - Move new JPred client to the jws2 package.

JAL-3807 - Re-implement results processing.

JAL-3807 JPred can now successfully submit and track the job.

Merge branch 'bug/JAL-3809_ws_params_dialog_fix' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'bug/JAL-3810_annotation_ws_stopping_abruptly' into bug/JAL-3809_ws_params_dialog_fix

JAL-3809 - Fixed param edit dialog for jalviewjs.

Edit settings dialog now works asynchronously.
Annotation services still do not add annotations to the sequences.

Merge branch 'feature/JAL-3690_callback-based-web-services' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'feature/JAL-3690_callback-based-web-services' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3810 - Add trace method to javascript implementation of Logger

JAL-3810 - Replace log.trace() calls with log.debug()

JAL-3690 Introduce AlignCalcManager2 tests.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into feature/JAL-3690_callback-based-web-services

JAL-3690 AlignCalcManager - add full support for oneshot workers

JAL-3690 AACon ws menu entry fix.

JAL-3690 Allow unregistered workers to be run with CalcManager.

JAL-3690 Fix typo in enum name in slivka client.

JAL-3690 Fixed slivka wsmenu categories.

Merge remote-tracking branch 'origin/merge/Jalview-JS/develop_feature/JAL-3690_callback-based-web-services' into feature/JAL-3690_callback-based-web-services

JAL-3789 Use j2s.config.altfileproperty in .j2s for alternative temporary build/jalviewjs/config/j2s settings file when running a headless build in gradle

JAL-3789 New swingjs for Java2Script 3.2.10 with j2s.config.altfileproperty

JAL-3690 recoded AWSThread to use javax.swing.Timer (see https://github.com/BobHanson/java2script/issues/195#issuecomment-747695834 )- web service submission works, but doesn’t seem to be happening as a background task.

JAL-3690 patch out use of java.streams/spliterator not supported in java2script (yet)

JAL-3690 tweak J2S direct DB access registration for jalview, compbio and other sites

JAL-3690 direct access to slivka, compbio, jalview.org and localhost/loopback.

JAL-3690 patch out need for java.time in j2s (see https://github.com/BobHanson/java2script/issues/194 )