JAL-4116 relegate the failed to promote warning to Console.debug so most users won’t even see it (or be slowed down by it).

Merge branch 'new_feature/JAL-4019_ambiguous_base_colourscheme' into develop

JAL-4090 Release 2.11.3.0 release notes and version bump

Merge branch 'merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064' into develop

JAL-4104 JAL-4102 update help docs with script to add jalview command line tool to osx path

JAL-4102 whatsNew for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

JAL-4114 model_page_url not required in v2.0 response

JAL-4102 update date and release notes for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

Merge branch 'patch/Release_2_11_2_6_Branch' into develop

JAL-2353 primary ref candidates that should be promoted should preserve original version string

JAL-4114 missing mock server response

JAL-4114 only rank model qualities that are computed with the same method, and uprank models with pLDDT over other types of models in the same model type category

JAL-4114 alphafold now marked as AB-INITIO so adjust ranking in categories

JAL-4114 additional warnings when PDBe doesn’t return as many responses as queries made to it when adding in additional metadata

JAL-4114 patch REST client for changed JSON schema in 3D beacons v2 API

JAL-4114 formatting

JAL-4114 updated mock tests and responses for v2.0 api

JAL-3416 More explicit setting of FlatLaf macOS theme

JAL-3416 Upgraded FlatLaf to 3.0 and added macOS theme for macOS

JAL-3416 remove a missed panel titlebar icon in TreePanel

JAL-3416 Fix file permissions on bundled macOS JREs

JAL-4102 bump version number

JAL-4102 2.11.2.6 hotfix release notes - JAL-4101 JAL-2353

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-2353 patch for Ensembl refs from uniprot - needs test and checking !

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-4019 Clarification of position on 'X' in help text

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 make flatlaf default for linux

JAL-4019 finalised a boolean option and tidied some comments

JAL-4019 Put original test back

JAL-4019 Make diagnostic message debug level

JAL-4019 small colour fix for X in the documentation

JAL-4019 attribution to Suzanne

JAL-4019 Help pages for Nucleotide Ambiguity colour scheme

JAL-4019 small but important corrections to array order, and X colour

JAL-4019 Added tests for new Nucleotide sequence detection

JAL-4019 improvement to short sequence nucleotide detection, and some tidying of unused parameters

JAL-4019 Nucleotide Ambiguity Colour Scheme added. Test for nucleotide sequence adapted to recognise nucleotide sequences with (more than 15%) ambiguity codes. Two tests fixed.

JAL-3416 Add necessary logo to non-internal Frames

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 Add necessary logo to non-internal Frames

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 Remove all JFrame/JInternalFrame icons (set to null)

Merge branch 'bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-1988 JAL-3772 Test for FORCE_QUIT whilst saving a file

Merge branch 'bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling' into ben-big-merge

JAL-1988 JAL-3776 Formatting JvOptionPane

JAL-1988 JAL-3772 Tests for various quitting scenarios

JAL-1988 JAL-3772 Fixes highlighted by tests

Merge branch 'merge/JAL-4054+JAL-4064' into ben-big-merge

JAL-3416 Added logoIcon to quit (and potentially other) dialogs

JAL-1998 JAL-3772 JAL-3416 Merge conflict resolution of JalviewFileChooser and JvOptionPane

JAL-4064 JAL-4054 Combined install4j10 template with new architectures. Added scheme associations for macOS.

JAL-4054 Altered file association templates and generated install4j xml and Info.plist snippets.

JAL-3416 File Chooser iconified, JvOptionPanes iconified, other internal frames and dialogs iconified

JAL-1988 JAL-3772 Allow other window closing dialogs to cancel quit handling

JAL-3416 More JInternalFrame icons

JAL-1988 JAL-3772 Tidying of unspecified Callable declarations. Use SwingUtilities.getAncestorOfClass()

JAL-3416 Start to add JInternalFrame icons (to replace default java Duke icon in frame decoration)

JAL-1988 JAL-3772 Moving packages to somewhere more obvious (jbgui -> gui)

JAL-3416 set flatlaf default drag mode to LIVE_DRAG_MODE

JAL-1988 JAL-3772 Change default alignmentviewport saved status and set to true when loaded from file

JAL-4064 tidying build.gradle

JAL-4064 re-added bundled macOS JREs as Filesets, which is the only way to get them in the DMG where we want them

JAL-4064 Cleaned up file sets in install4j template. New media installers for AARCH64 JVMs for macOS and Linux in install4j template.  New variables passed to install4j by gradle.

JAL-4064 Download JRE/JDKs from Azul if not os/arch combination not available from Adoptium

JAL-1988 JAL-3772 removed a debugging log line

JAL-1988 JAL-3772 Removed 'Wait' button from waitDialog, no iterations for GUI. Added bulletpoint to files saving list. Added use of passed in button objects to modal JvOptionPane, so buttons can be controlled (e.g. setEnabled, setVisible) outside of JvOptionPane.

JAL-1988 JAL-3772 Fixed wait between waitDialog appearances, ensuring all files saving will quit straight away. Goodbye message to user if waitDialog still visible.

JAL-1988 Allow generic Container object in JvOptionPane showDialog. Fix dynamically saving files in the wait for save dialog

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling

JAL-3416 (and others) increasing number of STDERR lines used for jalview.bin.CommandLineOperations tests for increased robustness

JAL-3772 silly NPE error fixed

JAL-3416 Making FlatLaF default for macs due to a problem with VAqua not starting on macs

JAL-1988 JAL-3772 wait timer working first time but blocking desktop gui updates

JAL-1988 JAL-3772 Non-blocking modal dialogs for unsaved changes and saving files.  Wait timer not working. Wait dialog update/close on files saved not working.

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 final fix for 2.11.2.5 - 5pm BST release

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 revised to avoid a visit from the apostrophe police

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4073 update tests

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-4073 fix PEBCAK failure

JAL-4014 Changed gecos display names to match labels in help

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 revised whatsNew to make sense !

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 release 2.11.2.5 date is 11th Oct

JAL-4065 update citations for Pfam and Rfam and added the Interpro citation

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 2.11.2.5 release version bump

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 release notes and updated release date for 2.11.2.5