JAL-4477 Re-work install4j and getdown to use the installer.appdir first or installer.original_appdir if installer.appdir doesn't exist. Fix FileUtils to workj with getdown.

JAL-4477 missing import ?  not sure how I missed this !

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4477_unmapped_filename_characters

JAL-4490 release notes for JAL-4485 et al.

Merge branch 'improvement/JAL-4485_not_finding_chimerax_on_managed_desktop' into develop

JAL-4490 bump version and release notes

JAL-4485 Tests for FileUtils.getMatchingVersionedFilesTest()

JAL-4485 Not using whitelist, just file glob and blacklist

JAL-4485 Better var name and using FileUtils method in StructureManager

JAL-4485 Extracted the whitelist/blacklist fileglob finding code into FileUtils for more generic use

JAL-4485 Fix the template path for Windows Chimera/X executable. Added more debugging for path finding.

JAL-4487 Escape backslash file separators when looking for file globs. Fixed a CLI and a debugging NPE.

JAL-4485 Path fix for macOS Application*s*

JAL-4485 Initially look for all installations of Chimera/X and add to the pathlist if version is not in the blacklist

JAL-4485 Extra debugging for Chimera/X and PyMol launches

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4477_unmapped_filename_characters

JAL-4477 Forcing UTF-8 system properties through install4j launch and getdown launch. Works with Java 11 when 'Worldwide language' support is set.

JAL-4473 JAL-4467 release notes

Merge branch 'bug/JAL-4467_getdownArchive_task_fails' into develop

JAL-4477 install4j 11 template

JAL-4477 Change to Files.createDirectories(). Adding sun.jnu.encoding=UTF-8 to install4j and getdown launches

JAL-4477 Using FileUtils.mkdirs(file) instead of file.mkdirs() in getdown and FileUtils

JAL-4473 release date 29th Oct 2024

JAL-4473 release notes for JAL-4380

JAL-4380 Improved annotation tooltips especially secondary structure tooltips

JAL-4380 Added information to annotation tooltips when description is not present

Merge branch 'patch/fix_JAL-4470_JAL-4471_for_2_11_4_1' into develop

Changed getdown file.getCanonicalPath() and file.mkdirs to use FileUtils helper methods

JAL-4473 whatsNew 2.11.4.1

JAL-4473 new jalview patch release

fix for JAL-4471 - secondary structure similarity tree can only be computed for sequence-associated annotation(s)

JAL-4470 fix: check for workers!=null before checking its empty...

JAL-4467 Take account of presource and xresource in the getdownArchiveBuild task

JAL-4418 release notes typos

JAL-4418 bump release date to 18th September 2024

JAL-4418 fix up help TOC copypaste error

JAL-4418 more documentation tweaks - getting Jen Fleming's name correct

JAL-4418 JAL-4428 CHANNEL=RELEASE has a different path for the jni jars

JAL-4418 fix link case for linkcheck and window menu documentation update

JAL-4159 pasimap viewer image for docs

JAL-4418 JAL-4090 known defect report for JAL-4349

JAL-4414 JAL-1054 fix irrelevant failing network test for JAL-4418 2.11.4.0 release

Merge branch 'bug/JAL-1054_broken_test' into develop

JAL-4418 documentation for 4461

JAL-4418 documentation for ss annotation row preference and auto show (JAL-4425 JAL-4392)

JAL-4418 JAL-4442 quit racecondition patch

Merge branch 'JAL-4442_cant_quit_jalview_on_windows_11' into develop

JAL-4418 release 2.11.4.0 today!

JAL-4418 JAL-4392 show/hide group associated secondary structure consensus and document autohide of secondary structure consensus
JAL-4464 also knowndefect for not storing/restoring group associated secondary structure consensus

Merge branch 'improvement/JAL-4461_select_format_from_extension' into develop

JAL-4392 JAL-4425 commented out code to allow consensus to be hidden automatically when just one sequence is shown

Merge branch 'patch/JAL-4392_hide_ssconsensus_if_no_data' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4427_HTML_code_in_sequence_ID_text' into develop

JAL-4392 autohide the secondary structure consensus annotation by setting AlignmentAnnotation.hasData to false so it is not displayed in view

JAL-4427 Added test cases and a minor correction

JAL-4392 don't show SS consensus for DNA alignments

JAL-4461 Move SwingUtils to darrylbu.util.SwingUtils, more appropriate

JAL-4418 release notes for JAL-4461 - nb need to document the new option in the built in help

Merge branch 'improvement/JAL-4461_select_format_from_extension' into develop

JAL-4461 Tests for JalviewFileChooser.defaultSaveFileFormat() and a slight fix to the code

JAL-4461 Adding in a number of properties that control the default save_as format. See issue for details.

JAL-4418 sign off JAL-4454 and convert markdown header to html for whatsNew 'experimental'

JAL-4461 Change JalviewFileFilter to use LinkedHashSet for extensions. Add list of extensions to 'By extensions' tooltip.

Merge branch 'bug/JAL-4427_HTML_code_in_sequence_ID_text' into develop

JAL-4418 sign off JAL-4427 JAL-4451 fix

Merge branch 'bug/JAL-4427_HTML_code_in_sequence_ID_text' into develop

JAL-4461 Added a dynamic tooltip to give more information when 'By extension' is the selected File Type.  Utilising MIT licensed SwingUtils.getDescendantsByClass() to delve into the JFileChooser.

JAL-4461 fix up formatting and remove old comment

JAL-4461 after autodetection, update the filechooser dialog and let the user hit OK again to confirm the autodetected format

JAL-4461 Change labelling of All-known-alignment-files to Select-format-from-extension for Save-as file chooser

JAL-4460  Don't display the All-known-alignment-files format when a JalviewFileChooser is made with acceptAny set to false (usually a Save-as dialog)

 JAL-4454 make sure 2.11.4.0-test is stripped - *for reals*

JAL-4418 release notes for JAL-4460

Merge branch 'bug/JAL-4460_alignment_save_as_format_not_registering' into develop

JAL-4454 make sure 2.11.4.0-test is stripped

JAL-4460 In save as, set format from file extension if a multi-format file filter is selected

JAL-4460 Don't add .aln for an 'All known formats...' filename

JAL-4460 Update currentFileFormat /after/ new format selection

JAL-4418  JAL-4428,JAL-4421,JAL-3393 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4428_osx_codesigning_scripts' into develop

JAL-4428 codesign jnilibs

JAL-4428 informational output (possibly needs verbosity control)

JAL-4428 giving another XXX

JAL-4428 add some XXXX for mktemp -t

JAL-4428 Fixes to -z's and mktemp

Merge branch 'patch/JAL-4428_osx_codesigning_scripts' into develop

JAL-4454 allow channels to pick up most recent 'whatsNew' and releasenotes for their associated version

JAL-4418 initial pasimap documentation and updated release notes for recent merges

JAL-4418 postpone release to Thursday 12th Sept 2024

JAL-4386 remove magic string in registerScoreModel...

JAL-4418 fix linkCheck

JAL-4418 release 10th September

Merge branch 'documentation/JAL-4418_2_11_4_0_docs' into develop

Merge branch 'feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal' into develop

JAL-4418 first pass at updating docs with pasimap, ssconservation, etc

JAL-1054 Add option to always follow redirects and not just http->https ones in jalview.util.HttpUtils. Fix tests for HttpUtils.followConnection,openConnection,openStream by checking with the followAnyway flag true and false.

Fix for JAL-4427

Sequence ID text showing html code - protein disorder.

JAL-4446 improved reporting of progress, and transition between cancelable and non-cancelable phases of pasimap calculation

JAL-4446 refactor progress listener handler code for reuse

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal