JAL-4435 Menu option and colouring for sec struct providers

Added menu option in tree panel for the users to choose between coloured
lines or labels or none for secondary structure providers in tree panel.

Code changes for using jcolorbrewer colouring palette

Merge branch 'feature/JAL-4476_reformat_ss_consensus_annotation_labels' into feature/JAL-4386_JAL-4435_reformat_node_labels

Merge branch 'feature/JAL-4386_JAL-4435_coloured_lines_for_providers' into feature/JAL-4386_JAL-4435_reformat_node_labels

JAL-4435 Append numbers to group names if there is a naming conflict

JAL-4435 Added Show Secondary Structure Providers menu in tree panel

THis change is for secondary structure similarity tree panel. Secondary structure providers will be displayed as internal node labels if this menu option is selected. The labels will be displayed only if the node count is greater than 3.

JAL-4435 Added coloured dashed lines for secondary structure providers.

JAL-4476 Reformat secondary structure consensus annotation labels

JAL-4435 Reformatting tree node labels and tree sub group names

Merge branch 'feature/JAL-4386_JAL-4435_trees_from_annotations_on_alignment_2114_update' into trial_merge_JAL-4386

 # Conflicts:
 # src/jalview/analysis/AAFrequency.java
 # src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
 # src/jalview/analysis/PaSiMap.java
 # src/jalview/analysis/ccAnalysis.java
 # src/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModels.java
 # src/jalview/analysis/scoremodels/SecondaryStructureDistanceModel.java
 # src/jalview/api/AlignViewportI.java
 # src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
 # src/jalview/gui/PaSiMapPanel.java
 # src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
 # src/jalview/gui/PopupMenu.java
 # src/jalview/gui/SliderPanel.java
 # src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
 # src/jalview/jbgui/GPaSiMapPanel.java
 # src/jalview/project/Jalview2XML.java
 # src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
 # src/jalview/renderer/ResidueShader.java
 # src/jalview/util/Constants.java
 # src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
 # test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

JAL-4418 sign off JAL-4454 and convert markdown header to html for whatsNew 'experimental'

Merge branch 'bug/JAL-4427_HTML_code_in_sequence_ID_text' into develop

JAL-4418 sign off JAL-4427 JAL-4451 fix

Merge branch 'bug/JAL-4427_HTML_code_in_sequence_ID_text' into develop

 JAL-4454 make sure 2.11.4.0-test is stripped - *for reals*

JAL-4418 release notes for JAL-4460

Merge branch 'bug/JAL-4460_alignment_save_as_format_not_registering' into develop

JAL-4454 make sure 2.11.4.0-test is stripped

JAL-4460 In save as, set format from file extension if a multi-format file filter is selected

JAL-4460 Don't add .aln for an 'All known formats...' filename

JAL-4460 Update currentFileFormat /after/ new format selection

JAL-4418  JAL-4428,JAL-4421,JAL-3393 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4428_osx_codesigning_scripts' into develop

JAL-4428 codesign jnilibs

JAL-4428 informational output (possibly needs verbosity control)

JAL-4428 giving another XXX

JAL-4428 add some XXXX for mktemp -t

JAL-4428 Fixes to -z's and mktemp

Merge branch 'patch/JAL-4428_osx_codesigning_scripts' into develop

JAL-4454 allow channels to pick up most recent 'whatsNew' and releasenotes for their associated version

JAL-4418 initial pasimap documentation and updated release notes for recent merges

JAL-4418 postpone release to Thursday 12th Sept 2024

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

# Conflicts:
# src/jalview/analysis/AAFrequency.java
# src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
# src/jalview/analysis/scoremodels/SecondaryStructureDistanceModel.java
# src/jalview/api/AlignViewportI.java
# src/jalview/datamodel/Profile.java
# src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
# src/jalview/gui/AlignFrame.java
# src/jalview/gui/AlignViewport.java
# src/jalview/gui/PopupMenu.java
# src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
# src/jalview/project/Jalview2XML.java
# src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
# src/jalview/renderer/ResidueShader.java
# src/jalview/renderer/ResidueShaderI.java
# src/jalview/util/Constants.java
# src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
# src/jalview/workers/SecondaryStructureConsensusThread.java
# test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

JAL-4386 remove magic string in registerScoreModel...

JAL-4418 fix linkCheck

JAL-4418 release 10th September

Merge branch 'documentation/JAL-4418_2_11_4_0_docs' into develop

Merge branch 'feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal' into develop

JAL-4418 first pass at updating docs with pasimap, ssconservation, etc

Fix for JAL-4427

Sequence ID text showing html code - protein disorder.

JAL-4436 Colour by secondary structure conservation

Corrected the labels as secondary structure conservation increment.
Added a check for secondary structure in Colour by Above identity
threshold feature.

JAL-4446 improved reporting of progress, and transition between cancelable and non-cancelable phases of pasimap calculation

JAL-4446 refactor progress listener handler code for reuse

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal

JAL-4418 tweak release notes for JAL-4328

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 Allow use of ~/ for unixBinDir specified in response.varfile

JAL-3631 Allow unixBinDir (where a symbolic link gets made) to be set in response.varfile.  If it's not set or empty then the usual (dynamic) default will be ascertained.  Disallow reading in certain variables from the response.varfile that would just mess up the installation if changed.

JAL-3631 Configuration tweaks if using the response.varfile

JAL-3631 Adjustments to allow setting the Advanced options in the response.varfile. Also big improvement on setting sys.fileAssociation.launchers automatically so only sys.fileAssociation.extensions needs to be set in a response.varfile.

JAL-3631 Fix interpolatove quotation marks in grep in jalview.sh.  Fix some folder name trailing slash checks in macos_install_jalview.sh, add ditto -v and more informative output.

JAL-3631 Fix interpolative quotation marks in new grep

Merge branch 'jims/JAL-4420_review_redo' into develop

JAL-3631 When appdir/jre can't be found, look for the installer.appdir found in installer.properties (if it exists) and use jre dir in installer.appdir

JAL-3631 Create an installer.properties file in the userappdir

JAL-4418 JAL-4420 is experimental feature

JAL-4420 new drag'n'drop behaviour is now an 'Experimental Feature'

JAL-4420 report exceptions raised during a drop rather than swallowing them

JAL-4418 release notes for JAL-4398 and rejigged order a bit

Merge branch 'bug/JAL-4398_Window_menu_font_rendering' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4449_ensembl_sequence_retrieval_broken

JAL-4449 signed off and also updated Ensembl REST API version after fixing the EnsemblGene BRAF query test: JAL-3018

JAL-4418 JAL-3064 JAL-4111 release notes

JAL-4449 Changed HttpUtils.followConnection(conn0) to return conn0 unused when there is not a redirect from http to https, otherwise to return a new unused connection directly to the new https URL

JAL-4418 JAL-4450 known issue for 2.11.4 and 2.11.3.3

JAL-4418 JAL-4100 ncrna genbank as known issue

JAL-4428 README.md file for sign_and_stapled_dmg.sh

JAL-789 limit applicable score models to substitution matrix based ones

JAL-3631 Change macos-install-jalview.sh to use ditto instead of  Localise function vars.

JAL-4446 allow progress bar to become indeterminate after pairwise alignment step

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal

JAL-4428 localise function vars. Add -q -q option. Fix detaching volumes for cleanup -C

JAL-4428 More coherent command line options and better 'running command' stdout management

JAL-4428 Added in stapling into (now) sign_and_staple_dmg.sh. Some other small improvements to the script.

JAL-4428 sign_dmg.sh with bells on

JAL-3631 Fix EnvConfig.getUserAppdir() in getdown when running the getdown-launcher.jar update

JAL-3631 Create a jalview_x_update link in appdir/bin alongside jalview_x in install4j wizard

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-4386 JAL-4435 TODO and refactored TreeViewer constructor with added alignmentannotation[]

JAL-1551 spotless

JAL-4111 Remove unnecessary dependency on gradle-imagemagick plugin, as causing problems in repo on Windows

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-3631 Better messaging and a root check on updating the --installation

JAL-3631 Change name of update link in DMGs. Correct wrong message in macos installer script.  Adding build_properties and channel.props into hidden folder on DMG. I'm sure they will be useful!

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-4447 standardised title formula for reporting score model and other parameters for pairwise alignment, PCA, tree, and Pasimap

JAL-4446 reuse lasteta value

JAL-4159 JAL-789 report pasimap and pairwise alignment parameters in window title

JAL-4159 suppress pairwise alignment display options when not available from pasimap

JAL-4446 better reporting of ETA estimation - particularly for large alignments

JAL-3631 Made bespoke command line arguments for console or unattended installs only (i.e. not GUI install mode), and work consistently with macos-install-jalview.sh

JAL-3631 Added install4j installer command line options -a -u -U and -S to match the macos-install-jalview.sh script

JAL-3631 Important change to Execution Level in Windows. Some disabled attempts at File Association Reset.

JAL-3631 Short sleep added to 100% progress on installer wizard

JAL-3631 An attempt to add a Reset to defaults button on the File Associations screen, but no joy (yet). Useful changes to customizedIds left in

JAL-4446 avoid NPE when progress bar message is null

JAL-3631 Some small but important changes to run_other_script.ps1

JAL-3631 JAL-4444 Change way we add the jalview_x and jalview_x_update PS1 and BAT files, moved into build.gradle and removed from install4j. Add title icon to install4j.

JAL-3631 Icons for installer wizard title bar

JAL-3631 update.ps1 has fixed Readlink-f function, works across platforms