refactor to jalview.api methods

1.5 annotation fix

colour menu items are in same radiobutton group

cutn'paste fix so rna residue chains are assembled correctly

improved parameter set store/save/rename logic and debugged parameter/option display

jaba ws client revision 2680

reverted dodgy test code

improved dialog layout and flow and fixed switching between presets. No preset save/load support yet.

ask user if they want to run the JabaWS tester on new URLs

render jnlp artefacts for 1G and 2G machines (jalview_1G and jalview_2G.jnlp)

interactive/batch mode test for groovy scripting (See JAL-611)

ensure that both null and undefined colourscheme names resolve to 'None' when the applied colour scheme is reflected in the gui

reorganised colourscheme enumeration to make it easier to add hardwired schemes.

jabaws is the new jaba!

jaba!=jws2

URLs that begin with javascript: are opened in the same window. See
http://issues.jalview.org/browse/JAL-604

less ambiguous feature style description

removed 'method notes' comment in job output.

update to Jaba_r1 minimal client distribution, and resolve issues JAL-602

wrong config string

jaba on classpath

no tooltip and cleaner parameter layout

divide services by host within the menu

jaba is the new name.

default public service URL

jmol 12 patch - ensure we replace the correct filename in the jmol script before it gets executed

upgrading structure/sequence binding so that a structure view can contain many pdb files

new ajax api methods for linking existing jmol viewers with sequences in an alignframe

interfaces implemented by jalview renderers

proxy interface for structure viewers that jalview works with

new abstract proxy for use by applet and application

upgrade to InstallAnywhere 2010 and ensure minimum vm size is 32M, and max is 256M

patch for npe that occurs for importing Jalview projects where group conservation is displayed but no conservation for alignment is displayed - (observed during Jmol patching)

typo bugfix

catch OOM earlier * JAL-595

drop down selection of different parameter sets

edit jws2 job parameters before running job

prototype - implementation in progress JAL-591

set program name to service type (see related issues to JAL-493 re setting provenance correctly)

organisation by host and service type

generic action text method

ensure service menu is rebuilt after update listeners registered, and flatten JWS2 service tree.

2.6 docs

new web services preference tab (JAL-589)

rejigged change support to make it (more) reliable

new jmol/pdb relates api calls

added new jmol to install manifest

update jmol jar version for applet

remove source annotations

update to Jmol series 12 (JAL-582)

NPE in hashtable constructor

update latest version

stop multiple dialogs appearing one after another (in progress for JAL-414)

add patch for JAL-572 to release history

patch for JAL-572

added min-jws2 jar to classpath

JGoogleAnalytics on classpath.

documented the -colour command line argument.

stockholm added as readable format (Lauren Lui commit)

ensure enfin service is started in background when desktop is displayed

jalview 2.5.1 release notes

patch for JAL-556 - more robust mapping of sequence to structure sequence with correct substitution matrix

patch for JAL-556

patched for JAL-531 - only display full symbol distribution stats on tooltip/annotation label when the sequenceLogo is displayed.

patch for JAL-545 - make deep copy of feature settings

patch for JAL-555

paste menu display on OSX Leopard * JAL-557

OSX look and feel JAL-577

followSelections flag now set via user preferences, and disabled for 2.5.1 * JAL-574 and * JAL-576

better test for when to update column selection when receiving a selection message * JAL-574

trim hidden regions outside selection when copying selected region to clipboard * JAL-573

Patch for incorrect column selection when hidden regions are present * JAL-558

patch for JAL-542

Fix for * JAL-541

resolution for * JAL-553

update group annotation for new treegroups (JAL-552)

correct popup menu, ensure panel doesn't disappear when empty (patches for JAL-554 and JAL-570 and JAL-562) and first patch for annotation label redraw (JAL-563)

first patch for JAL-563 - attempt to relayout annotation panel after adjusting heights

ensure panel doesn't disappear when empty (patches for JAL-554 and JAL-570 and JAL-562)

patches for JAL-554 and JAL-570
focus is explicitly handed back to caller (JAL-566)

focus is explicitly handed back to caller (JAL-566)

focus is explicitly handed back to caller (JAL-566)

typo (ahem)

patch re JAL-554

patch ensuring annotation is output correctly re * JAL-554

patch and error reports re JAL-554

javadoc re  JAL-554

fix and warning message in case the JWS2 jar is not available.

patches for # JAL-254 and JAL-548

more robust discovery and preset support

preset and argument support

comment about trapping OOMs

commented out debug code

quick workaround for JAL-537.

status can be null to begin with

pullJobExecutionStats for JAL-493

minor fix for * JAL-537

more robust jws2 service discovery

refactored old jalview service code to its own package.

always pass full web service exception details to the log