Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 Simplification of polygons and adjustments to calculations in secondary structure for vector rendition. Corrected rounding error for line graph with round stroke to give joined up appearance in vector rendition.

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 revert green to bright green

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 Conservative setting of ANTIALIAS and readjustment of glyphs to avoid scrolling artifacts by pixel-out positioned glyphs

JAL-4250 Make secondary structure annotation shapes antialiased and outlined in the same colour for better shape definition.

Merge branch 'improvement/JAL-4206_improve_JalviewFileChooser_for_flatlaf' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'bug/JAL-4214_system_freeze_when_opening_file_using_gui_in_linux' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'improvement/JAL-4212_remove_macos_test_java_icons' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'feature/JAL-244_Automatically_adjust_left_margin_to_avoid_cropping_annotation_labels' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'bug/JAL-4242_exception_when_pressing_escape_in_fetch_from_URL_dialog' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-3416 Remove full height separators between new curved tabs

JAL-3416 flatlaf and flatlaf-extras 3.2 jars

JAL-4242 null check on getValue() return

Merge branch 'feature/JAL-629_--output_-_means_output_to_STDOUT' into improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode

JAL-3830 JAL-4160 Remove --noheadless as --gui does this. Simplifies wrapper scripts

JAL-4090 JAL-4243 bio.tools json file release notes

JAL-3830 JAL-3421 Conda launch script for 2.11.3 and new CLI with OS compatibility from installer launch script

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode

JAL-4160 JAL-3830 Improvements to the jalview.sh bash script especially when not in .app bundle on mac.

JAL-3820 JAL-4189 Use the same LaunchUtils methods to check java executable symlinks in getdown.

JAL-3820 JAL-4189 Move checks for java executable symlinks to LaunchUtils ready for use in getdown

JAL-629 Much better way of dealing with list of filenames/URLs without an --open argument. Added tests for these and fixed multiple STDOUT files.

JAL-629 more tests for stdout

JAL-629 STDOUT documentation.  Opt.STDOUT narrower option.  Fix for subvals and STDOUT detection.

JAL-629 Change all stdout and stderr output to use Console.outPrintln and Console.errPrintln. Fix command line tests.  Add test for STDOUT output file.

JAL-629 Method to use for printStackTrace

JAL-629 Move more stdout messages to stderr when outputting file to stdout

JAL-629 Default to FASTA if no format given for output to STDOUT

JAL-629 Enable output to STDOUT when specifying output filename as '-'.  Must check other output is suppressed.

JAL-244 Fix window size narrow adjustment not becoming a manual adjustment clash

JAL-244 Added light grey marks to indicate regions to resize the margins

JAL-244 Fix mismatched vertical positioning of sequences and their labels in wrap mode with margin adjustment enabled

JAL-244 Avoid working on the Ids Graphics object when we don't mean to

JAL-244 Adjust wrapped alignment widths to always maintain a visible wrapped sequence width (and also avoid zero divisions)

JAL-244 Fix buglet with automatic change in id column width not being recorded. More tests includeing wrapped format.

JAL-244 More control of automatic idWidth adjustments.  Added tests.

Merge branch 'develop' into feature/JAL-244_Automatically_adjust_left_margin_to_avoid_cropping_annotation_labels

JAL-4064 Added more recognisable display names to macOS DMG architectures

Merge branch 'develop' into feature/JAL-244_Automatically_adjust_left_margin_to_avoid_cropping_annotation_labels

JAL-244 Allow wrap manual adjustments to be smaller than the actual id widths.

JAL-244 Allow adjusting Id column width in wrap mode. Set Id column width in gui and image output with --wrap mode.

JAL-244 testing without AlignFrame for --wrap

JAL-4243 Jalview 2.11.2.7’s biotool record as JSON complete with update instructions as a README

JAL-244 Fixed idWidth labels in headless mode for non-wrap alignments

JAL-244 More accurate width calculation, allow increased id width adjustment after manual adjustment

JAL-244 test files

JAL-3855 tree title for PAE matrix tree is PAE Matrix (method) for (structure) (sequence)

JAL-3855 auto select clusters and fix up colouring/propagation on calculation & tree display

JAL-244 Changes to Annotation labels width now adjusts the overall idWidth if larger than the alignment idWidth. Will not shrink the width if a manual adjustment has been made.  Can be overridden by preference.  Also fixed buglet of scroll bar not adjusting with manual changes to idWidth.

Merge branch 'patch/JAL-3855_fixup_pae' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-3855_fixup_pae

JAL-4153 comments re patch incorrectly committed under JAL-4513

JAL-4513 move comments

JAL-4513 now re-add the SwingUtilities.invokeAndWait() with minimal sleep

JAL-3855 PAE matrices are transposed on import from JSON so returned contact vectors correspond to errors predicted when superposing at a given column position

JAL-3855 JAL-4124 test checks asymmetric matrices are stored and restored correctly

JAL-3858 fix off-by-one in matrix visualisation and interactive tooltip

JAL-3858 flip diagonal so matrix visualisation is top left to bottom right

JAL-3858 annotation .height is bigger than graphHeight so adjacent PAE matrices are clearly separated

JAL-4513 reduce wait to invoke fail

JAL-4513 add a SwingUtilities.invokeAndWait() to see what happens

JAL-3599 Updated default eclipse to 'latest' and made jalviewjsLaunchTest timeouts a bit more flexible

JAL-4119 TRACE level console message reporting download URL for sifts. Also more informative message when ‘Sifts Mapping Failed’ is reported as an exception - since this message can be reported when some chains in the PDB file do not match sequences being associated (but others do!!).

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4223 add testdata for test

JAL-4090 mark JAL-4178 and JAL-4142 as known issues

JAL-4217 move Commands.structureImageTest to testTask1

JAL-4223 - test and patch to ensure numbering matches sequence data from RNAML file

Merge branch 'improvement/JAL-4212_remove_macos_test_java_icons' into develop

Merge branch 'improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe' into develop

JAL-4217 JAL-629 built in 25s time out waiting for structure viewer to load data before attempting to grab an image.

JAL-4090 update 2.11.3.0 release notes (with in-progress bits too) and what's new

Merge branch 'patch/JAL-4119_sifts_ftp_split' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe

JAL-4195 add exception handling for all other CommandsTest tests and remove errant class-level @Test tag

JAL-4221 update description when transferring annotation and no description already set

JAL-629 even more console debug for --structureviewer opening arguments

JAL-629 liberal defensive coding, comments about refactoring and DEBUG output for --structureimage

JAL-629 make —structure image work again after threading it off

JAL-4217 catch case when the structure viewer doesn't get added to the desktop window (possible knock on for flatlaf JAL-3416)

JAL-4217 interruptedExceptions should also break any wait loops

JAL-2292 verify mixed case alignment actually aligns

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in a separate thread and hang around until it completes…

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in an invokeAndWait

Merge branch 'patch/JAL-2292_caseSensitivePAE' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4213_addref_with_selection' into develop

Merge branch 'merge/from_2_11_2_7_to_2_11_3_0' into develop

JAL-4117 JAL-1551 source licensing

JAL-4117 Fri June 30th release of 2.11.2.7 with Jalview Plausible analytics

JAL-4217 try really hard to shut down and dispose of Desktop resources and any lurking threads

JAL-4216 release notes

JAL-4216 compute size of annotation using start/end of sequence and given length. This might not work...

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop

JAL-4001 Added a random id to User-Agent to ensure separate visits recorded in Plausible.  Changed default URL to self-hosted site

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop