JAL-3261 broken reader - SwingJS issue

- java.util.logging.Logger not fully implemented.

- this fix just removes Logger calls from javax.xml classes.

- see JAL-3461 for full fix TODO

JAL-3368 removed parsing web colours (now on a separate branch)

JAL-3437 Desktop File...Load Project fails in JalviewJS

- just needed to use the File object rather than the file name in the
call to Jalview2XML.loadJalviewAlign

adding SwingJS notes for JAR file source in srcjar/

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3459 org.json code removed

- moved to unused/

- supplied by SwingJS-site.zip

- only differences are in a few JavaScript-specific issues

- this move has NO EFFECT on the JavaScript, as SwingJS-site.zip is
unzipped last, overwriting whatever this code would have placed in
site/swingjs/j2s anyway.

JAL-3261 no save in setColourPropertyNoSave !

JAL-3261 tidy up get/set properties in Cache, Javadoc, tests

JAL-3458 redraw alignment and Overview on Cancel in Feature Settings

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3444 missed commit of removal of object creation test.

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3383 javadoc

JAL-3454 tidy comments

JAL-3444 translucent overview

-  oops, that broke Java!

JAL-3444 translucent overview

- was missing 2nd isJS block
- JS was setting pixel background to white instead of defaultColour
prior to transparent color painting

JAL-3436 debug comments out in JSPopupMenuUI.js

JAL-3453

test to see if the build testing passes this test.

Slight modifications from Mungo's last commit to account for recent
changes in public/private fields, but that is all.

Passing tests on Bob's Windows machine.

JAL-3453 Some tests require different Desktop constructor

even better, simpler idea:

static boolean instanceOnly

  public static Desktop getInstanceOnly()
  {
    instanceOnly = true;
    return getInstance();
  }

JAL-3453 Some tests require different Desktop constructor

better idea:

Desktop.getInstanceOnly()

- creates an instance with no dialog prompting and no frame display,
similar to headless mode, but not fully bypassing the code that
Jalview.headless bypasses.

JAL-3453 better JavaDoc

JAL-2114 just noting where the exo-location error presents itself.

JAL-3454 file loading string-only (testNG) fails for PDB file

JAL-3453 Some tests require different Desktop constructor

JAL-3451 setting dimensions for AlignFrame if embedded

JAL-3451 updated SwingJS-site.zip

updated _j2sclasslist.txt and _j2sclasslist_jmol.txt

JAL-3451 JalviewJS embedded mode not resizing

- adds Platform.getDimIfEmbedded(frame, defaultWidth, defaultHeight)
- implemented for AlignFrame, TreePanel, and PCAPanel

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

Desktop JavaDoc comments for Mungo from gitter discussion

JAL-3451 older embedding test html removed

Current test is site/jalview_embedded_example1.html

JAL-3253 miscellaneous tidying up before merge to JS-develop

JAL-3253 extract methods for getConservation/PIDSlider

JAL-3345 small simplification

JAL-3383 tidy method signature and Javadoc

JAL-3253 one global singleton instance of EnsemblInfo suffices

JAL-3383 code and unit test tweaks

JAL-3444 transparent colour for alignment in JS

JAL-3383 removed FeatureStore.getFeatures() as 'breaks encapsulation'

JAL-3383 unit tests and bug fix for SequenceFeatures.hasFeatures(type)

JAL-3383 tests and fixes for overloaded SequenceFeatures.findFeatures

JAL-3442 removing reinstated code

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253 JAL-3442 just comment tidying

JAL-3444 SwingJS-site.zip fix and renderer.seqfeatures fixes

- BufferedImage implements Image.flush() to clear pixel cache;
- JSGraphics2D check for opacity 1 before clearing HTML5 canvas
AlphaComposite

- FeatureColourFinder applies

ifJS() {
        g.setColor(Color.white);
        g.fillRect(0, 0, 1, 1);
}

so as to clear the HTML5 canvas image before applying any other color.
Also applies

    if (Platform.isJS())
    {
      offscreenImage.flush();
    }

just before offscreenImage.getRGB(0,0) to force the image to recreate
its cached pixel from the HTML5 canvas, which is drawn to directly.

mistakenly uploaded test version

JAL-3437 issue with
System.getProperty("javax.xml.datatype.DatatypeFactory")

1/2 ?

moving 10-poxgenomes.bbb and newer IdentifyFile.java to "unused";
revering IdentifyFile.

reverting FileFormat; moving BSMLFile and related FileFormat to unused
for now.

JAL-3445 preliminary BSML reader

- was missing org.w3c.xml.Node implementation of getTextContent() in
swingjs.xml.JSXMLNode.java

- now working in JavaScript

JAL-3445 preliminary BSML reader

- only dna type
- only GENE class features
- only primary strand reading, not complement
- test file put into examples/testdata
- uses javax.xml.parsers.DocumentBuilder
- seems to work in Java; needs TestNG test
- not tested in JavaScript
- for discussion only

JAL-3383 get color as int options removed (to separate branch 3443)

JAL-3383 removing colour caching (to a separate branch)

JAL-3383 code tidying

JAL-3397 revert loop to forwards order

JAL-3397 skip instanceof check for JS's benefit

JAL-3437 JAL-3253-applet

SwingJS-site update for JVP files scanning using both
PARSE_TOP_LEVEL_ONLY and PARSE_ALL, despite requesting only top level.

clears "JSJAXBUnmarshaller could not associate a field..." message.

JAL-3253-applet JAL-3439 Preferences issues 1/2

minor tab ui changes in SwingJS
JScrollPane peer issue update in SwingJS

still an issue with Preferences Link tab table row height being set to 6
instead of 16 (suspect font size coming in as 0 for some reason -- will
investigate)

SUGGESTED sizing, positioning changes for Visual tab and overall size.
Issues involve Visual tab checkbox overflow, panel overflow, and Link
"double-click" header overflow
at least in Windows Java and JavaScript.

JAL-3140 update intervalstore jar to v1-1 tagged version

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet JAL-4440 overview 1 pixel off in hidden row view

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3383 tidy up NCList and alternatives

JAL-3253-applet SwingJS fix for CardLayout (menus) broken by
ObjectStreamField overlay

JAL-3437 JVP reading broken in JS

updated SwingJS-site.zip

transpiler update just involves enhanced j2s.compiler.mode=debug option

JAL-3436 file...reload not working.

File.isDirectory() returns true in SwingJS.

JAL-3435 AlignFrame not setting JInternalFrameListener in JS

JAL-3253-applet JAL-3397

fixing CrossRef equals broken by reversion of changes relating to
equalsInterval.

adds equalsWithParent

JAL-3253-applet JAL-3397

JAL-3253-applet JAL-3397

- adds IntervalStore0Test
- adds nonc.IntervalStoreImpl
- adds nonc.IntervalStore0Impl
- sets FeatureStore options to these Impl classes in order to override
sameInterval for SequenceFeature and allow drop in of nonc.IntervalStore
without editing.

JAL-3253-applet JAL-3397

updates intervalstore.nonc to not use interval.equals() unnecessarily.

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

test update

JAL-3383 minor code tidying and commenting

JAL-3210 updated IntervalStoreJ classes in srcjar

JAL-3397 updated intervalstore-site from intervalstore-1.1 source

JAL-3397 update eclipse-js classpath for intervalstore v1.1

JAL-3397 timing comparisons for (add then query) IntervalStore

JAL-3397 impl.IntervalStore and nonc.IntervalStore unified api

JAL-3401 reset 'no repaint' flag after New View / copyAlignPanel

JAL-3397 final update

JAL-3429 JAL-3253-applet

OverviewRenderer not implementing hidden column mode using BitSet.

JAL-3253-applet JAL-3397 switch back to original (MC) IS+NCList after
testing complete.

JAL-3253-applet JAL-3423

CacheableInputBox direct update mode for testing removes need for wait.

JalviewJS complete PASS on Windows

(other than the usual three Xref fails)

JAL-3253-applet JAL-3423

AlignFrameTest fixes for timing and lack of ResidueShading conservation
data.

JAL-3253 JAL-3397 adds (original MC) intervalstore code to implement
modified api interfaces

JAL-3253-applet JAL-3423 TestNG/Win

fixes errant debug "return;" in j2sApplet key listener

JalviewJS2 optional headless, output

 commented out unless desired for testing

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

FeatureColourFinderTest error only in batch mode

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

SeqPanelTest error only in batch mode

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

mac CTRL test is only for Macs.

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

Bug found in wrap tool tip (also in Jalview-Develop) due to some
messages having only one of <html> or </html> and some having neither
but still having <br> (potentially)

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

Bob bug found in IntervalStore-noNCList

note that identifier can be null, resulting in a null pointer exception

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

Bob Bug found in boolean testing of FeatureRendererModel

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

CommandLineOperations indicates absolute file path; adding output file
option to JavaScript

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

- PDBEntry file name needs to normalize \ and /.

TestNG find for JAL-3253-applet

JAL-3253-applet JAL-3424 headless fix for Windows