JAL-4446 allow progress bar to become indeterminate after pairwise alignment step

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal

JAL-4111 Remove unnecessary dependency on gradle-imagemagick plugin, as causing problems in repo on Windows

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-4447 standardised title formula for reporting score model and other parameters for pairwise alignment, PCA, tree, and Pasimap

JAL-4446 reuse lasteta value

JAL-4159 JAL-789 report pasimap and pairwise alignment parameters in window title

JAL-4159 suppress pairwise alignment display options when not available from pasimap

JAL-4446 better reporting of ETA estimation - particularly for large alignments

JAL-3631 Made bespoke command line arguments for console or unattended installs only (i.e. not GUI install mode), and work consistently with macos-install-jalview.sh

JAL-3631 Added install4j installer command line options -a -u -U and -S to match the macos-install-jalview.sh script

JAL-3631 Important change to Execution Level in Windows. Some disabled attempts at File Association Reset.

JAL-3631 Short sleep added to 100% progress on installer wizard

JAL-3631 An attempt to add a Reset to defaults button on the File Associations screen, but no joy (yet). Useful changes to customizedIds left in

JAL-4446 avoid NPE when progress bar message is null

JAL-3631 Some small but important changes to run_other_script.ps1

JAL-3631 JAL-4444 Change way we add the jalview_x and jalview_x_update PS1 and BAT files, moved into build.gradle and removed from install4j. Add title icon to install4j.

JAL-3631 Icons for installer wizard title bar

JAL-3631 update.ps1 has fixed Readlink-f function, works across platforms

JAL-3631 Revert the Jalview installer icon back to the Jalview icon

JAL-1551 source formatting and header

JAL-4446 .. missing methods for cancellable pasimap

JAL-4446 cancellable Pasimap - still need to make the actual pasimap CCA calculation cancellable and report progress

JAL-4446 calculate and report PaSiMap ETA in progress bar

JAL-4446 allow progress bar message to be changed whilst progress continues & todo re desktop's custom progress implementation

JAL-1551 apply GPLv3 for source files

JAL-1551 gradle spotlessApply and doc tweaks

JAL-3631 Adjustment to wizard size (was too big in Windows) and add 'Administrator mode' label to installation progress screen

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 made Readlink-f work in powershell.  Need to test once more in Windows\!

JAL-4418 release note for JAL-3063 doc/jalview-projects.md

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 update.sh script fixed to work in Windows (11)

JAL-3631 Administrator mode label on all screens of wizard

JAL-3631 Added a test for a specified update and a usage line. update.ps1 tested on macos

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-3631 Small change to update.sh. update.ps1 NOT COMPLETED YET

JAL-3631 Remove a debug echo

JAL-4445 - increase the fileglob expected counts

JAL-3631 Convert both CLASSPATHS in update.sh

JAL-3631 Separated jalview.sh and update.sh, and included in install4j installer and macos DMG.

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 Changes to bash launcher to allow headless updates to user-space or installation. Added some of this functionality to Powershell (work in progress).  The update functionality is to be separated out to update.sh.

JAL-3631 Add a (by-passable) confirmation and improved output to the macos-install-jalview.sh script, with some corrections

JAL-3631 Changes to Getdown to call getdown-launcher.jar update without launching Jalview for both installation and user-space

JAL-3631 Correction to a comment in build.gradle

JAL-3631 Add --updateuser and --updateinstallation to the jalview.sh script: This runs getdown in headless mode to run update of either user or installation appdir without launching Jalview

JAL-3631 Small corrections

JAL-3631 Getdown acknowledges in output when only performing an update

JAL-3631 Ensure the DMG default vmoptions.txt has the commented properties

JAL-3631 Add PID to console info - only available in Java 9+

JAL-4443 patch out pasimap in GUI for JalviewJS and note some lines causing java2script issues

JAL-3631 Added an --update option to the jalview.sh launcher (does not launch, just updates).  Combining the update script with this as there's a lot of work to make this shell script Linux/macOS/Cygwin/WSL compliant that doesn't need to be duplicated.  PS1 still to do.

JAL-4418 updated release notes and release date to 13 august 2024

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4428_osx_codesigning_scripts' into develop

JAL-3631 Added verbose and quiet options, and matched vmoptions with installer. Provenance of options added.

JAL-3631 Some minor bugfixes to the install4j installer and word changes to match macos-install-jalview.sh

JAL-3631 Comprehensive install shell script for macos

JAL-3631 minor changes - spelling and comment spacing in install4j template

JAL-3063 added a brief description of how to update the jalview project POJO

JAL-3631 Correct some text to add the file separator which is being looked for too in substitutions

JAL-3631 Consolidated repeated code (mainly form verification). Added appdir hash routine. Wizard installer of .app bundle now deprecated, can't be used :(

JAL-3631 Minor fixes to the advanced options scripts

JAL-3631 Made both Advanced options into a group.  Changed visibility scripts to minimum required.  Added a Don't setUserAppdirPath comment.

JAL-3631 Improved tooltip on advanced options. Ensure empty box/border isn't displayed when no advanced options. Add message to clarify no Advanced options will be applied when checkbox not ticked.

JAL-3631 Group/box and simplify visibility of advanced options on additional tasks screen in the install4j installation wizard.

JAL-3631 Consistently and correctly enable/diable/hide elements on the additional tasks screen in the install4j installation wizard.

JAL-3631 Customise the user-space path in the install4j installation wizard.  Not ready yet.

JAL-3631 Tweaks to getdown for updating and user appdir properties

JAL-3631 Allow override of appDataPath with property 'setuserappdirpath' substituting %h, %u and a leading ~/

JAL-3631 Extensive working of options in install4j for allowing/disabling user default appdir updates, and also allowing/disabling installation appdir updates. Appropriate guidance in tooltips and warnings when no updates will occur are given.  A user-space install only allows disabling updates.

shorter hashes - just first seven characters.. like in git

JAL-3631 updated getdown jars

JAL-3631 - report that an additional flag might be needed if we didn't manage to get an appDir

JAL-3631 shorter digest string for the unique user app dir

JAL-3631 check we actually created EnvConfig!

JAL-3631 updated getdown jars

JAL-3631 insert digest of full path to installer.appdir in path for user appdir and add tests to verify nouserdefaultappdir clobbers userdefaultappdir

JAL-3631 rebuild getdown jars after merge to develop

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 Slightly larger wizard

JAL-3631 Harden defence against looping getdown relaunches. Null checked in HttpUtils. Remove unnecessary code in getdown

JAL-3631 JVL file with appbase now relaunches getdown

JAL-3631 Made an isAdmin flag to work in Windows Admin mode installation

JAL-3830 Added some quotation marks to jalview.bat for folders with spaces

JAL-3631 Remove the checkboxes from the Finish screen. Now moved to pre-install screen.

JAL-3631 Group USERSPACE and SYSTEMSPACE tasks (and other groups of tasks) together for neatness

JAL-3631 Change in user path for locally installed Jalview to avoid collision with old installation. Tidy a null check for Java Console output

JAL-3631 Change to Windows user-space default location, now same as default installation location

JAL-3631 Fixed a getdown Exception when launching Jalview in windows

JAL-3631 Adjustments to the Windows installer

JAL-3631 spelling correction

JAL-3631 Installers with separate actions for user/administrator installation

JAL-3631 Add property to let log4j know we're not running in a servlet (or it issues a warning which breaks cli headless output)

JAL-3631 Log4j logging to .jalview.log file when requested. Clean(ish) handover of log file from getdown to jalview.

JAL-3631 JAL-3384 Install4j launch now redirects STDOUT/STDERR to ~/.jalview_develop.log and passes the file on to getdown and Jalview which will also now log to this file.  Single log file.

JAL-3631 Use the icon file passed by install4j if a newer getdown-launcher is relaunched

JAL-3631 Allow icon file name to be passed to launcher by install4j

JAL-3631 Forgot to add this file for 'Change parity of comparison for convention' commit