JAL-2546 JAL-2490 efficient lookup of features, correct handling of
non-positional features

JAL-2490 add non-positional feature case to test prior to refactoring

JAL-2480 always include all non-positional features in getAllFeatures()

JAL-2490 refactored test for 'hasFeatures'

JAL-2544 only include features in selected columns for sort

JAL-2490 performant lookup of features for sorting

JAL-2490 only count sequences where feature overlap is confirmed

JAL-2505 unit test for sort by feature density, Javadoc

JAL-2490 initial unit tests prior to refactoring

JAL-2490 lookup sequence features for "labelClass"

JAL-2490 lookup features at each column position

JAL-2543 html-encode quote characters in feature description

JAL-2490 retrieve visible features only

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2418 release notes

JAL-384 documentation on custom colours groovy examples

JAL-2505 unreachable code (for many years) removed

JAL-384 - groovy scripts for conserved/unconserved colourscheme requests

JAL-2418 release notes

JAL-2505 refactored method removed

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2505 set helix number as feature group in SequenceFeature
constructor

JAL-2418 JAL-2316 added to new features

JAL-2316 tweaking docs and links in help

JAL-2418 release 2.10.2 release notes template

alternative patch for JAL-2339 readability in java-help

JAL-2403 simplify instantiation / configuration of score model for view

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2522 Missed fix to applet

JAL-2505 refactor to set type and group in SequenceFeature constructor

JAL-2525 put in missing "transcript" feature type

JAL-2388 Rationalised hashCode method in HiddenColumns

JAL-2505 additional tests/asserts prior to refactoring

Merge branch 'bug/JAL-2507_rnasecstrstockholm' into develop

JAL-2505 set SequenceFeature group in constructor

JAL-2507 fix test: knockon from capitalisation on secondary structure from stockholm file

Merge branch 'bug/JAL-2507_rnasecstrstockholm' into develop

JAL-2311 disable and relocate Jared service tests to Network (prior to their removal)

JAL-2507 capitalisation for annotation lines generated from stockholm annotation

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2507 case insensitive recognition of annotation type

JAL-2507 - required callers to specify exact ignore flags for StockholmFileTest.testAlignmentEquivalent asserts

JAL-2535 quick hack to implement posterior probabilities parsing. 0-9 parsed as 0..9, ‘*’ or any other non-whitespace symbol parsed as ’10’.

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2388 Add missed optimisation

Merge branch 'features/JAL-2376_add-horizontal-bar' into develop

JAL-2371 create a default ResidueShader when constructing the viewport

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

JAL-2490 use findFeatures() for efficient feature overlap lookup

JAL-2480 redundant code (from merge?) removed

JAL-2480 redundant code removed

JAL-2490 performant findFeaturesAtRes

JAL-2483 efficient lookup of feature types and groups - applet

JAL-2525 get sequence features for Ontology term(s), tidy feature sort
methods

JAL-2480 more efficient contains check on add; tidied comparators

JAL-2480 java.util.RangeComparator renamed IntRangeComparator

Merge branch 'features/JAL-2435splitScreenFont' into develop

JAL-2418 broken help ref

JAL-2435 documentation and what’s new

JAL-2435 mention new checkbox in linked cDNA/Protein view documentation

JAL-2435 mirror antiAlias setting between cDNA and Protein

Merge branch 'features/JAL-2388OverviewWindow' into develop

JAL-2388 mention overview popup in documentation

JAL-2388 checkbox in overview popup for applet

JAL-2480 efficient test for features present on sequence

Merge branch 'features/JAL-2228_efficient_featurecounts' into develop

JAL-2228 updated script in help docs, renamed docs, and added note about non-backwards compatibility of feature counter script

JAL-2480 renamed java.util.RangeComparator to IntRangeComparator

Merge branch 'bug/JAL-2507_rnasecstrstockholm' into develop

JAL-2509 JAL-2507 allow whitespace in GS annotation lines (removed old code for processing GS column annotation into features)

JAL-2507 JAL-2509 allow whitespace==null for annotation row comparison, and test coverage for Annotation equivalence asserts

JAL-2507 test if an annotation is ‘whitespace’

JAL-2507 Annotation.EMPTY_ANNOTATION - non-null whitespace annotation

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2522 Fix to cursor scrolling

JAL-2507 spit out tests for ‘{‘ WUSS io from ‘[‘ WUSS io (which may be causing problems via JAL-1863)

JAL-2509 verify stockholm parser’s bracket regex is working for all WUSS notation

JAL-2509 extend set of brackets recognised by stockholm parser

JAL-2507 JAL-2509 extend test to cover round trip of full range of WUSS RNA secondary structure

JAL-2507 unpaired RNA marked as ‘ ‘ in Stockholm SS line

JAL-2507 output secondary structure regardless of presence of dataset sequence

JAL-2507 simplify round trip test via AppletFormatAdapter

JAL-2507 test for alignment+rna annotation -> Stockholm -> roundtrip.

JAL-1632 correct i18n and NPE

JAL-2403 use preferred factory method to create score model

JAL-2480 include sequenceFeatureStore in createDatasetSequence

JAL-2483 JAL-2481 fixed findAllFeatures to handle null group correctly

JAL-2388 Added checkbox to toggle hidden columns menu & updated text

JAL-2505 use constructors to set (what will be) final fields in
SequenceFeature

JAL-2505 set type,desc,begin,end,group,score in SequenceFeature
constructor

JAL-2505 refactored SequenceFeature construction so type,begin,end,group
are set in constructor

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/appletgui/IdPanel.java
src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

JAL-1933 Spanish tooltips for annotation

JAL-1632 i18n for warning messages

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2515' into develop

JAL-2515 Id panel in applet updated for NPE on urlProvider

JAL-2512 And corresponding test

JAL-2512 And applet

JAL-2512 Fix to show non-gap positions in None colour scheme