JAL-1015 new menu items in desktop popup menu for creating annotation report for sequence and sequence selection.

JAL-1015 resolve dataset sequence before searching for annotation

JAL-1157 new window for displaying HTML formatted text with menus for saving to a file, and toggling source/html format display for easy copy/pasting of information.

JAL-1015 refactor tooltip html generation code to jalview.io.SequenceAnnotationReport

JAL-974 - ensure annotation created in local sequence frame, not external accession reference frame

JAL-1064 patch for NPE when registerd database names do not resolve to one or more proxies

JAL-1155 fix panel length calculation for grouped graphs and refactor to alignment view model

JAL-1066 limit available rows to per-sequence when selected and disable if no sequence associated annotation

JAL-974 skip empty rows

JAL-974 set GlobPlot raw/smooth score annotation rows to be hidden by default

formatting

JAL-1153 JAL-1155 improved layout and allowed labels to rescale for grouped linegraphs

JAL-1153 new runtime property set to first non-null annotation element colour

JAL-48 patch NPE when encountering an alignment window on desktop which has not been saved

remove contaminant imports

remove contaminant imports

JAL-676 JAL-1001 - simple menu item to access documentation for services without parameters

formatting

JAL-1066 basic gui and functionality for per-sequence colour by annotation

JAL-1066 - per-sequence colouring with sequence associated alignment annotation

formatting

JAL-1145 patch: sequence associated annotation with graphGroups>-1 have relocated groups in destination alignment

JAL-974 create mixture of sequence features marking disordered regions and sequence associated annotation rows for positional disorder scores

JAL-974 refactored creation of Annotation rows from JABAWS2 services for use by disorder client

JAL-974 JAL-975 try to cope with temporary server errors and timeouts

JAL-1136 sometimes there are no parameters associated with a CalcId key

JAL-1001 - hack to extract the global URL for a service from the 'MORE INFORMATION' url.

javadoc and note about broken semantics for findIndex

JAL-1149 patch

JAL-1148 reinstate sequence references for annotation regardless of whether they are autocalculated or not (patch not checked for regressions!)

JAL-1087 skip processing any of the other command line arguments if no alignment window created
from -open parameter

JAL-1143 - ensure we revalidate annotation panel height in all views after pasting any annotation rows

JAL-975 JAL-951 test class for viewing layout for JABAWS services

JAL-1137 clean up old-style menu code and look

JAL-1137 JAL-975 simpler menu for the AACon service - allows user to switch calculation to different servers for an alignment view.

Debug message associated with TODO for JAL-1136 - re-enable dynamic recalculation when a project with AACon annotation is imported.

JAL-975 JAL-1137 debug messages for web service client and discovery code

JAL-1131 - todos for later versions

JAL-1131 ensure new dataset sequence is created if seuqence replacement results in different non-gap characters

JAL-1136 Ensure asynchronously calculated autoannotation is also added to the alignment in the correct order

JAL-1136 JAL-811 JAL-812 store/recover autocalc alignment annotation based on calcId if present

JAL-1136 fix logic for recovering AACons params

JAL-1136 store ws-parameter list as XML element content after first escaping newlines. TODO: consider revising

JAL-1136 allow parameter sets to be transferred across different JABAWS servers using server-independent JABA service identifier

JAL-1136 less code-dependent formula for creating server-independent JABA service identifier

JAL-1136 - fix abstraction for parameter container class

JAL-1115 reference to List<SequenceI> passed in 'alignment' changeSupport message

JAL-976 better logging/error reporting for disorder/conservation jobs

JAL-976 JAL-958 todo list for release

JAL-976 ensure protein disorder services appears in correct place

JAL-976 don't clear menu out before adding jabaws services so JPred service still shown

JAL-1066 patch regression ac33424148b2a4de29b3ca43f941162e8ba0384c causing exception when feature colourschemes are imported

documentation for PCA calculation parameters and reset button.

a209409239 (JAL-976 - add support for storing service parameter sets in project)

JAL-976 clean out associated annotation

JAL-976 implement additional calcId method

JAL-976 simpler parameter update model

JAL-961 JAL-976 allow access to service URI for parameter recovery

JAL-961 JAL-976 recover current settings from associated viewport

JAL-976 pick an available instance of a service based on server-independent URI string

bugfix - use currently held parameters

JAL-976 - storing service parameters on the view model

JAL-976 test if the sliders have been modified from the service default (where no preset is selected and no sliders changed)

unique URI for service type

JAL-961 JAL-976 abstracted container for dynamic calculation parameters

tidy imports

JAL-976 - add support for storing service parameter sets in project

JAL-961 allow calcId to be specified independently of alignment annotation row label

JAL-974 - broken copy of feature settings

JAL-1129 progress bar - this patch doesn't provide any indication of whether the export was successful.

JAL-968 incremental - PNG/EPS output has annotation overlapping alignment when annotation scroll bar not at top of panel.

tidy imports

JAL-974 create graduated feature colours for annotation with scores.

JAL-974 - use refactored methods on AlignmentPanel

JAL-974 - refactor FeatureRenderer constructor to AlignmentPanel (should probably add to AlignPanel API JAL-966)

JAL-1117 alleviate lock starvation

ensure all annotation dependent rendering gets refreshed

JAL-1065 JAL-1066 ensure non-residue based schemes actually override the new findColor methods

JAL-1065 JAL-1066 allow different lookup tables for nucleotide or amino acid colourschemes

JAL-899 added groovy support to develop branch

formatting

JAL-976 JAL-975 JAL-1119 - pass on any existing parameters to initialise the service parameters dialog box

JAL-975 JAL-1119 - prototype adjustable AACons parameters for the currrent alignment view

JAL-975 - doh! valid result if width matches *ungapped* input data

JAL-975 - bespoke AACons settings object to save current service settings for the AlignViewport

patch for JAL-1172 ensure option's default value is set in widget so it gets saved in paramStore

JAL-961 JAL-975 extend api to support removal of workers no-longer required by the user

JAL-975 - ensure we only submit ungapped, padded alignment data to AACon - otherwise jobs fail.

formatting

JAL-1125 option to switch between Jalview and SeqSpace PCA calculation modes

fix JAL-1122

JAL-1123 - make clear where off-by-one error was occuring (patched problem in previous commit)

JAL-535 - refactored core PCA viewer code to viewmodel
JAL-1013 - port protein/nucleotide settings to applet PCA viewer

JAL-535 refactored core code from PCA viewer to viewmodel.

JAL-1120 patch for desktop

patch for JAL-1121 - reset button and slightly wider default window size

JAL-535 refactoring todo

Extended IProgressIndicator with method to check if any progress bars are currently displayed.

Merge branch 'JAL-1013_pca_rna_dna' into develop

JAL-975 JAL-1002 ensure custom parameters are actually passed to service