Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into tasks/JAL-3033_jalviewjs_ant

// BH 6/24/2018 -- synchronized

synchronized(a = new Object()) {...} ---> ...; only if an assignment or
not a simple function call to Object.getTreeLock()

JMenu/JMenuItem enable/disable

uses

$(node).[add/remove]Class("ui-menu-disabled ui-state-disabled");

Dialog motif:

    // BH 2018 -- providing a callback for SwingJS
    // dialogOption is just a simple way to provide
    // context for the modal-like response.
    // The only requirement is that desktop implement
    // PropertyChangeListener, which is used already in Java
    // for changes in input value and such within the dialogs.

    String dialogOption = "label.input_alignment_from_url";
    desktop.dialogData = new Object[] { dialogOption, viewport, history
};
    desktop.onDialogReturn(
            JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
            MessageManager.getString(dialogOption),
            JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));

    // no code may follow this, as SwingJS will not block
    // callback in JavaScript comes via a property change event,
    // thus going into desktop.onDialogReturn(int) just the same as
    // in Java.

asynchronous modal dialogs using PropertyChangeListener for JavaScript

JFrame fix for Window->JComponent

JAL-3032

Update complete for

- menubar background
- direct running of Jalview.main(args)
- InternalFrame production

AlignmentFrame opacity set to TRUE for JavaScript.

This seems to be some sort of JavaScript fluke, because if you set the
background color of an internal div to opaque but then set the
background color of that div's parent to transparent, then it goes
transparent.

default MenuBar menu background color

set to lighter grey to match Frame color (#EEEEEE) in
HTMLLookAndFeel.java

typo in swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.java

typo in synchronized() fix

org.json.simple

JAL-3032 BrowserLauncher simplified for JS

window.open(url)

moving SwingJS-site.zip to /swingjs/

RELATIVE_URL

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 JDesktop/JInternalFrames support + relative URL file loading

- preliminary
- no minimization to JDesktopIcon
- no maximization
- z-order not checked

See JalviewJS2.java

new SwingJS-site.zip

AlignFrame.java:

JS bypass for addServiceListeners()

AppletFormatAdapter.java:
DataSourceType.java:
FileParse.java:

adds DataSourceType.RELATIVE_URL

for indicating files relative to the HTML page.

Desktop.java:

JS bypass for Console, Dialog Thread, News, Vamsas, and URL links

Jalview.java

JS bypass forparsing h, help, nodisplay, nogui, jabaws, startup example.

JAL-3032 avoid assignments on the same line as synchronized

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3030 size split frame taller

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

fix for no access-control-origin on jalview site

JAL-3033 formatting

JAL-3033 WIP ant tasks for jalviewjs

JAL-3032 more informative failure message

JInternalFrame implemented as such; no need for JSInternalFrame

JAL-3032 adds JSInternalFrame

JSInternalFrame extends JFrame.

Motif involves coercing a JInternalFrame in Java to a JSInternalFrame in
JavaScript:

<code>
JInternalFrame f;

/**
 * @j2sNative
 *
 * f = Clazz.new_('javax.swing.JSInternalFrame');
 *
 */
{
 f = new JInternalFrame();
}
</code>

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 transpiler and runtime fixes

for(final int xxx....)
regex Matcher charSequence.subSequence$I$I

JAL-3030 allow uncaught exceptions (for easier JS debuggin)

JAL-3030 try to open a split frame if file and file2 are supplied

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

ToolTip fixed.

new SwingJS-site.zip
new Transpiler "for var var"

JAL-3032 round Quality score for tooltip (as it becomes double in JalviewJS!)

JAL-3032 new SwingJS-site.zip

JToolTip (still issues with HTML)

core_jalview creation

JAL-3032 for (var var

temporary JSProgressBarUI

fixes menubar closer issue

JS fix for JTooltip popup cache class error - new SwingJS-site.zip

SeqCanvas and OverviewCanvas

It's important for us that these extend JPanel, not JComponent. This is
because we have slipped in a new subclass, JSComponent, that extends
JComponent and is a superclass of all Swing components in SwingJS.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

fixes broken MissingResourceException

new SinwgJS-site.zip

JAL-3032 simplified _LoadFileWaitTillLoaded with no thread

new SwingJS-site.zip

JAL-3032 FileLoader fixes for SwingJS

SwingJS-site.zip for java.util.concurrent.locks.*

swingjs/j2s/java/awt/KeyboardFocusManager.js
was not found. (in JInternalFrame)

add java.util.concurrent.locks

update of javajs package; adds org.apache.harmony, org.xml.sax.helpers

File format identified as Fasta

Bob first commit JAL-3032

- jalview/bin/cache.java
 propsAreReadable true for JS
 authordetails, builddetails "xxx" for JS for now
- org.apache.log4j -> jalview.javascript.log4j (minimal)
- jalview/util/MessageManager switch to org.apache.log4j

JavaScript Status:

jalview.io.FileFormatException: Failed to read data from source: CANNOT
ACCESS DATA AT URL 'http://www.jalview.org/examples/uniref50.fa'
((intermediate value).toBIS$O is not a function

MessageManager logger to log4j

JAL-3032 load properties as "java.properties"

JAL-3030 suppress change that goes with JAL-3031

JAL-3030 reads features file, properties file

JAL-3030 added menu bar

JAL-3030 first cut of JalviewJS.main entry point accepting 'file' parameter

JAL-3026 adding javajs package

adding a general utility package for Java or JavaScript.

JAL-3026 - adding README-BH

first commit

JAL-2755 correct Javadoc and error handling

JAL-3013 ensure Chimera as a symlink gets resolved

JAL-2808 update test for revised treatment of 'mixed type' attribute values

JAL-3019 correctly form toRange of 'traversed' MapList

JAL-3018 updated REST versions to 6.3

JAL-2808 don't capture or report min-max for mixed text/numeric attribute

JAL-2808 pre-fill numeric inequality filter with min/max range value

Merge branch 'bug/JAL-797' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

Conflicts:
src/jalview/io/FeaturesFile.java

JAL-2999 release date for 2.10.4b1 set for 27th May 2018

Merge branch 'documentation/JAL-2999_r2104b1' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-2992panelHeight' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-1460_dragndropWindows' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2992 simpler heuristic for available height

Merge branch 'bug/JAL-2991_exporttosvgwrapview' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-2994chimeraPath' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-1460 clarify release notes - and mention that shortcuts are now handled by Jalview

JAL-2994 add a few future release points for good measure in Chimera path search on Windows

JAL-1460 temp variable for clearer conditional and some extra brackets for readability only


JAL-1460 javadoc

JAL-2995 tooltip on fields with double-click to browse for file

JAL-2994 temporary patch with paths to Chimera for Windows

JAL-2999 issues resolved (or nearly so) for 2.10.4b1

JAL-2997 additional tests

JAL-1460 tidied up the use of windows link file parser

JAL-1460 more complete drag'n'drop debugging info and bugfixes

JAL-1460 process .lnk files dragged to Jalview when on Windows using WindowsShortCutHandler class (thanks to StackOverFlow post..)


JAL-1460 new data flavor for URLs added belt-and-braces URL drop code found in Marinacci and Adamson’s ’Swing Hacks’ (https://books.google.co.uk/books?id=oNbFfcyAtv4C&lpg=PA336&ots=hflsI561Dv&dq=java%20drag%20and%20drop%20url&pg=PA337#v=onepage&q=java%20drag%20and%20drop%20url&f=false ) plus OS X bug workaround.

JAL-2993 AlignFrame listen for keystrokes in OverviewPanel

JAL-2997 unit test

fix for JAL-2991 - we could do better :/

JAL-2997 handle tab-delimited trailing column number when parsing

JAL-2999 release notes and version bump for jalview 2.10.4b1

JAL-2895 replace $$Jalview-Version$$ in help.jhm with build version when indexing built in help pages

JAL-797 Cmd-W act WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW

JAL-2986 corrected findIndex for out of range residue value

JAL-2986 additional asserts for SequenceCursor updates

JAL-2986 failing test added

JAL-2920 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2920_uniprotvariantfeature' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 basic test for Description from features with/out description, variation and original attributes

JAL-2920 simplified logic and added corner cases for missing attributes (probably not needed but..)

JAL-2906 update release date and release notes