Merge branch 'bug/JAL-1923_290b2_group_annots' into develop

JAL-1923 formatting

JAL-1923 add groups to codon-complement and notify annotation update for all linked views

JAL-1923 fix: don’t add group twice

JAL-1684 updated fragment alignment for example and added aligned protein and cDNA

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1894 add licensing

JAL-1912 JAL-1896 release notes updated

JAL-1894 update what's new

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1912 JAL-1896 release notes updated

JAL-1544 typo fix

JAL-1894 formatting

JAL-1894 organise imports

merge

JAL-1894 source formatting

JAL-1894 organise imports

JAL-1894 update release date

JAL-1912 added documentation

JAL-1912 formatting

JAL-1912 javadoc for adjustForAlignment stating current behaviour

JAL-1912 efficiency: look up sequenceMapping once per position and only when sequenceMapping!=null

Merge branch 'features/JAL-1912_biojson-per-sequence-annotation' of source.jalview.org/git/jalview into features/JAL-1912_biojson-per-sequence-annotation

JAL-1912 house keeping

JAL-1912 added null check for SequenceMapping variable at the point of reference

JAL-1812 set/return currentAlFrame for Groovy in headless mode

Merge branch 'develop' into features/JAL-1912_biojson-per-sequence-annotation

JAL-1894 note about menu option bugfix JAL-1865 JAL-1864 JAL-1152

JAL-1894 update release notes for JAL-1815 JAL-1860

JAL-1684 JAL-1452 new applet parameters defaultColourNuc
defaultColourProt, used in split frame applet example

merge

JAL-1908 bugfix

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1684 trimmed proteins to just those sequences that are mapped to cDNA fragment

merge

JAL-1726 updated test error msg

JAL-1912 updated AnnotationDisplaySettingPojo

JAL-1815 restore split frame geometry including horizontal scroll
correctly

JAL-1900 JAL-1625 disable iconify button for internal frames on Macs

JAL-1894 release notes update and 6th October release date for 2.9.0b1

JAL-1912 Double.NaN breaks JSON serialization - added check to prevent this

JAL-1912 refactor annotation refsequence assignemnt mechanism

house keeping

JAL-1860 house keeping

JAL-1852 made disabling querying of unpublished PDB entries configurable

JAL-1912 added support of tcoffee annotation and other per sequence annotation for BioJSON

merge

JAL-1852 disable querying of unpublished PDB entries by default

fix for JAL-1883

JAL-1896 fixed NPE for RNA Helice without equivalent annotation

merge

JAL-1896 revised implementation to construct a ColourSchemeI instance after creating an alignment object rather than from within bioJSON parser

JAL-1909 repaint complementary alignment panel after up/down reordering

JAL-1859 try hoverDelay of 0.1s in Jmol for more responsive hover

merge

JAL-1907 bugfix for NPE while parsing a features file

JAL-1815 restore split frame geometry correctly including position

merge

JAL-1860 disabled default enter behaviour on pdb search summary table, and added implementation for backtab

JAL-1905 parse url including & correctly

JAL-1904 parse feature file colours on to alignment sequences

JAL-1860 only allow enter key when valid selection are made and the veiew/ok button is enabled

JAL-1860 keyboard operation of pdb sequence fetcher and pdb structure chooser

merge

JAL-1896 bugfix to enabled Jalview restore clustal, RNA Helices and T-Coffee colour schemes from BioJSON

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1894 update RELEASE for 2.9.0b1 release

JAL-1894 release notes updated

JAL-1424 tidied output

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1774 house keeping

JAL-1859 adding "set hoverDelay 0.001;" to Jmol startup seems to improve
responsiveness of hover

merge

JAL-1774 modifed warning dialog to use JVDialog rather than JOPtionPane

JAL-1892 duplicate entry removed

JAL-1799 update height of annotation labels to match annotations

JAL-1892 Spanish additions for Jalview 2.9

JAL-1152 set initial state of show alignment/sequence annotations menu

JAL-1152 small change to match revised annotation sorting logic

JAL-1619 obsolete help removed

JAL-1270 disable test as not really a test and goes mad on the server

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1805 typo corrected

JAL-1889 wrong clean for buildTest!

JAL-1270 JAL-1889 move the stevesoft test back into stevesoft package. It tests code note required for Jalview.

JAL-1788 typos corrected

JAL-1788 broken href fixed

JAL-1889 remove non-UTF8 characters so we can build on strict-UTF8 platforms

JAL-1774 JAL-1506 revised implementaion for clear highlighted column only when the cut/delete affects the entire sequence and updated the applet version to include a warning if the entire alignment is about to be deleted

merge

JAL-1506 revised implementation to clear only selected columns after a delete operation

JAL-1888 updated documentation for unit testing in jalview

JAL-1888 set verbosity and exclude the 'parallel' attribute so no parallel execution is performed for tests

JAL-1859 reinstated full path to file option (for local server)

JAL-1888 JAL-1551 format XML file (2 spaces, no tabs, align final > in wrapped tags)

JAL-1888 compile tests to separate directory and pass directly as fileset to testNG task

JAL-1888 documentation for testing target

JAL-1888 property to specify which testng groups should run (Functional is default)

JAL-1424 Ant task to report missing language bundle entries

JAL-1774 bugfix for misleading message after trying to delete solid column